論文 - 田中 尚人
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Umboniibacter marinipuniceus gen. nov., sp. nov., a novel marine gammaproteobacterium isolated from the mollusk Umbonium costatum from the Sea of Japan. (海洋試料巻貝から分離した新種 Umboniibacter marinipuniceus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 30 603 - 609 2010年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はγ-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Umboniibacter marinipuniceusと命名して提唱した。
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かぶらずしに生息する乳酸菌の分離と同定 査読あり
入澤 友啓、田中 尚人、高野 克己、岡田 早苗
日本食品保蔵科学会誌 36 83 - 87 2010年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
富山県から石川県にかけての平野部には伝統的な発酵食品の一つとして日本海で捕れた魚（主にブリ）を塩漬けにし、スライスした蕪（かぶら）の間に挟み込み、さらにそれらを米麹とともに漬け込む『かぶらずし』がある。かぶらずしは11月から翌年1月にかけての最も寒い時期に漬け込みが行われる。本研究ではかぶらずしに生息する乳酸菌の分離・同定と分離菌株の特性を明らかにすることを目的とした。富山県にて採取したかぶらずしから39株の乳酸菌を分離した。さらに分離菌株の16S rRNA遺伝子塩基配列のシークエンス解析し簡易同定を行った。分離菌株はLactobacillus sakeiやLeuconostoc gasicomitatum、Leu. mesenteroidesなどの乳酸菌が主体であり、それらの多くが低温を好む低温性の乳酸菌であることを明らかにした。これはかぶらずしの漬け込みが冬であることや低温で発酵が行われるためであると考えられた。
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Aestuariibacter litoralis sp. nov., isolated from a sandy sediment from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Aestuariibacter litoralis について) 査読あり
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 317 - 320 2010年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はAestuariibacter属の新種であることが明らかとなり、Aestuariibacter litoralisと命名して提唱した。
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First Case of Human Infection Due to Pseudomonas fulva, an Environmental Bacterium Isolated from Cerebrospinal Fluid. (髄膜炎患者からの Pseudomonas fulva の初の分離報告) 査読あり
Marisa N. Almuzara, Miryam Vazquez, Naoto Tanaka, Marisa Turco, Maria S. Ramirez, Eduardo L. Lopez, Fernando Pasteran, Melina Rapoport, Adriana Procopio, Carlos A. Vay
J. Clin. Microbiol. 48 660 - 664 2010年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
髄液から分離した細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し、さらに生理生化学的性状や化学分類学的性状そしてこれらの結果推定された種の基準株との DNA-DNA 相同性について調査した結果、分離株はPseudomonas fulvaであることが明らかとなり、本種の髄液からの分離はこれまでにない初めての臨床ケースとして報告した。
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Marinomonas arenicola sp. nov. isolated from marine sediments from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Marinomonas arenicola について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 2834 - 2838 2009年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はMarinomonas属の新種であることが明らかとなり、Marinomonas arenicolaと命名して提唱した。
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Psychrobacter fulvigenes sp. nov., isolated from marine crustacean from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Psychrobacter fulvigenes について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 1480 - 1486 2009年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の甲殻類から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はPsychrobacter 属の新種であることが明らかとなり、Psychrobacter fulvigenesと命名して提唱した。
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Winogradskyella arenosi sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae isolated from marine sediments from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Winogradskyella arenosi について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 1443 - 1446 2009年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はFlavobacteriaceae 科のWinogradskyella属の新種であることが明らかとなり、Winogradskyella arenosiと命名して提唱した。
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Sphingomonas japonica sp. nov., isolated from marine crustacean Paralithodes camtschatica from the Sea of Japan. (海洋試料カニから分離した新種 Sphingomonas japonica について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 1179 - 1182 2009年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の甲殻類から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はSphingomonas属の新種であることが明らかとなり、Sphingomonas japonicaと命名して提唱した。
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Diversity and antagonistic activity of coastal sea-ice bacteria isolated from the Sea of Japan. (流氷から分離した細菌のこう菌活性の多様性) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Microbes and Environments 23 209 - 214 2008年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
流氷から分離した38株の多様性を16S rRNA 遺伝子の塩基配列に基づいて評価した。その結果、Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria が主たる系統群であり、Alphaproteobacteria はマイナーな系統群であった。そして分離株の99%は既知種として同定されたが、他は新種として提唱した。これら分離株の抗菌活性を調べたところ、抗真菌作用や抗殺菌作用など多様な活性が存在することが明らかとなった。この発見はこれまでにない知見である事実として報告した。
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Occurrence and antagonistic potential of Stenotrophomonas strains isolated from deep-sea invertebrates. (深海から分離した Stenotrophomonas maltophilia の抗菌活性について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Natalia N. Slinkina, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 189 337 - 344 2008年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Stenotrophomonas maltophilia は日和見感染菌として、また根圏や土にも棲息し、バイオレメディエーションの菌種としても知られる幅広い性質をもつ菌種である。本研究では本種の分離源として報告のない深海環境である深海の海綿、ウニ、海ヘビそれぞれフィリピン海やフィジー海などに棲息する生物から分離され、16S rRNA 遺伝子に基づく簡易同定で本種とされた6株の性質について検討した。その結果、耐塩性や生育温度、炭素源資化能など生理生化学的性状が他環境の株と異なり、また多くの真菌やグラム陽性細菌への抗菌活性を有することが初めて明らかとなった。ただ、Candida albicans には活性がなかった。
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Pseudomonas marincola sp. nov., isolated from marine environments. (海洋試料から分離した新種 Pseudomonas marincola について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Bradley M. Tebo, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58 706 - 710 2008年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はPseudomonas 属の新種であることが明らかとなり、Pseudomonas marincolaと命名して提唱した。
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Lysobacter spongiicola sp. nov., isolated from a deep-sea sponge. (海洋試料から分離した新種 Lysobacter spongiicola について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Bradley M. Tebo, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58 706 - 710 2008年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の深海に棲息する海綿から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はLysobacter 属の新種であることが明らかとなり、Lysobacter spongiicolaと命名して提唱した。
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Identification of discriminative characteristics for clusters from biologic data with InforBIO software. (InforBIO に搭載したクラスタ間分別性状解析) 査読あり
Naoto Tanaka, Masataka Uchino, Satoru Miyazaki, Hideaki Sugawara
BMC Bioinformatics 8 281 2007年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
性状データを有する OTU をグループ化したとき、そのグループ間を識別するのに適した性状データを統計的に抽出するためのアルゴリズムを開発した。グループ内のバラツキはシャノンエントロピーで、グループ間の違いは相対エントロピーで評価する。このアルゴリズムは微生物分類同定支援ソフト InforBIO に搭載し、情生物情報のデータマイニング手法の開発とその解析例について報告した。特に、系統解析に基づくクラスタ間の分別性状を表現データから導き出す手法として有効である。
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Distribution, diversity and regulation of alcohol oxidase isozymes, and phylogenetic relationships of methylotrophic yeasts. (酵母のアルコールオキシダーゼの多様性について) 査読あり
Takashi Ito, Shuki Fujimura, Masataka Uchino, Naoto Tanaka, Yoshimi Matsufuji, Tatsuro Miyaji, Katsumi Takano, Tomoyuki Nakagawa, andNoboru Tomizuka
Yeast 24 523 - 532 2007年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
C1化合物資化性酵母の多様性をアルコールオキシダーゼ(AOD)のザイモグラムパターンおよびアミノ酸配列に基づく進化系統関係により評価した。ザイモグラムパターンでは、１つのAODを有するタイプと9つのアイソザイムを有するタイプの2グループがあった。進化系統的には5グループにわかれ、D1/D2の系統と同じトポロジーを示すもの、それ以外はグループによって基質に多様性が見られた。例えば、メタノールの他にグリセロールやペクチンに活性のあるものである。これらのことからC1化合物の資化能は様々な環境適応で得られて多様化したものと考えられる。
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Sphingomonas molluscorum sp. nov., a novel marine isolate with antimicrobial activity. (海洋試料から分離した抗菌活性を有する新種 Sphingomonas molluscorum について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Galina M. Frolova, Naoto Tanaka, Natalia I. Kalinovskaya, Nicolai Latyshev, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57 358 - 363 2007年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の海綿から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はSphingomonas属の新種であることが明らかとなり、Sphingomonas molluscorumと命名して提唱した。
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Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): Database for comparative analysis of virus genomes. (ウィルスゲノムデータベース GIB-V について) 査読あり
Masaki Hirahata, Takashi Abe, Naoto Tanaka, Yoshikazu Kuwana, Yasumasa Shigemoto, Satoru Miyazaki, Yoshiyuki Suzuki, Hideaki Sugawara
Nuc. Acid Res. 35 D339 - D342 2007年01月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されている18,418本のウィルスの完全長ゲノムをデータベース化した。このGIB-Vゲノムデータはウィルスの分類体系に基づいて階層的に整理し、生物学的情報やアノテーション情報に対してキーワード検索を可能とした。さらに、ブラストによる相同性検索を可能として、その検索結果はテーブル表示のみならず、ゲノムを図にしてシンテニー解析などを可能とするためにグラフィカル表示も実装した。また、ブラストヒットした配列データセットの系統関係も解析できるようにした。
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Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS). (統一プロトコルによるゲノムアノテーション手法, GTPS について) 査読あり
akehide Kosuge1, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka, Masaki Hirahata, Yutaka Maruyama, Jun Mashima, Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno, Hideaki Sugawara
DNA Res. 13 245 - 254 2006年12月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されているゲノムアノテーション情報は登録者によって記載が異なり、比較解析が困難である。そこで本研究は登録ゲノムデータ183件に対して共通プロトコルl(Gene Trek in Prokaryote Space, GTPS)でコード領域予測から注釈付けまで行い、記載を統一したデータベース構築を行った。注釈付けのためにはブラストおよびインタープロスキャンによる相同性及びドメイン解析を行った。
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G-InforBIO: Integrated system for microbial genomics. (ゲノム解析ツール G-InforBIO について) 査読あり
田中 尚人、阿部 貴志、宮崎 智、菅原 秀明
BMC Bioinformatics 7 368 2006年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されているゲノムおよび研究者で得られたゲノムを比較解析するためのツールとして G-InforBIO を開発した。スタンドアローンで解析が可能で、データはフラットファイルの他に XML形式ファイルも扱い可能で、項目の管理が容易である。ゲノムの解析はシンテニーなどの構造解析、対ゲノムのブラストによる相同性解析またゲノム対ゲノムの同解析、系統解析など必要な機能を網羅的に装備したツールである。その機能の紹介。
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Useful Bioinformatics Suite for Retrieving and Analyzing Microbial Genome Data (G-InforBIO). (ゲノム解析ツール G-InforBIO について) 査読あり
田中 尚人、阿部 貴志、宮崎 智、菅原 秀明
J. Comput. Aided Chem. 7 87 - 93 2006年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されているゲノムおよび研究者で得られたゲノムを比較解析するためのツールとして G-InforBIO を開発した。スタンドアローンで解析が可能で、データはフラットファイルの他に XML形式ファイルも扱い可能で、項目の管理が容易である。ゲノムの解析はシンテニーなどの構造解析、対ゲノムのブラストによる相同性解析またゲノム対ゲノムの同解析、系統解析など必要な機能を網羅的に装備したツールである。
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The status quo of microbial genomic data available in the public domain: archaea and bacteria 2003. (2003 年度公開ゲノムの統計)
田中 尚人、平畠 壮規、宮崎 智、菅原 秀明
WFCC Newsletter 38 12 - 18 2004年01月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
2003年に国際塩基配列データベース (INSDC: DDBJ/GenBank/EMBL) に登録されている細菌およびアーキアのゲノムデータの統計情報についての報告。報告内容は登録菌種の系統解析を行い、対象微生物の系統群を調査し、また分離源の種類、例えば臨床株、自然環境株など、ゲノム解析の目的についての考察を記載し、微生物ゲノムの研究の今後の方向性について考察した。