論文 - 田中 尚人
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Yuuki Kobayashi, Naoto Tanaka, Minenosuke Matsutani, Yuuna Kurokawa, Keita Aoki, Moriya Ohkuma, Ri-ichiroh Manabe, Masako Takashima
IMA Fungus 16 e141626 2025年05月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Pensoft Publishers
Sporidiobolales is a fungal order of Basidiomycota within the subphylum Pucciniomycotina. This order encompasses significant yeasts, such as the oleaginous species Rhodotorula toruloides and the opportunistic pathogen R. mucilaginosa. We present the sequencing and comparative analysis of 35 Sporidiobolales strains from 27 species, alongside a Leucosporidium strain (Leucosporidiales), and incorporating publicly available genomic data for related fungi. Based on the phylogenomics data, we found that the topologies obtained were relatively similar and in line with previous reports. A comparison between genomic makeup and previously described phenotypes revealed that the ability to utilize nitrate, raffinose, rhamnose, or sucrose clearly correlated with the existence of key enzymes involved in the corresponding metabolic pathways. However, similar associations could not be established for other carbon sources, such as maltose, galactose, or xylose. We further identified orthologs that are specifically present or absent in each taxon. These results and the genomic sequencing data will help in gaining a better understanding of these non-model yeast species.
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Keita Aoki, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, Yuuki Kobayashi, Naoto Tanaka, Masako Takashima
Microbiology Spectrum 2025年02月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
In dimorphic yeasts, hyphal growth is primarily associated with infection and mycosis progression, with Trichosporon asahii causing deep-seated mycosis and summer-type hypersensitivity pneumonitis. Magnesium accelerates hyphal growth in T. asahii, leading to multi-septation, vacuolar expansion, and decreased lipid droplet size. However, the commonality of these phenotypes has not been studied in Trichosporonales yeasts. Therefore, to explore whether similar magnesium-induced phenotypes occur across Trichosporonales yeasts, we examined hyphal growth, multi-septation, vacuolar extension, and lipid droplet size and number in 30 species. Cell length increased with magnesium treatment in 13 yeasts: 5 Trichosporon (T. asahii, Trichosporon aquatile, Trichosporon asteroides, Trichosporon coremiiforme, and Trichosporon ovoides), three Apiotrichum (Apiotrichum brassicae, Apiotrichum montevideense, and Apiotrichum veenhuisii), three Cutaneotrichosporon (Cutaneotrichosporon cavernicola, Cutaneotrichosporon cutaneum, and Cutaneotrichosporon dermatis), Pascua guehoae, and Takashimella koratensis. C. dermatis also underwent pseudo-hyphal growth. Multi-septation increased in seven dimorphic yeasts, including five Trichosporon spp., Trichosporon faecale, and C. dermatis. The vacuolar area was significantly extended in T. asahii, T. aquatile, T. ovoides, and C. dermatis. Lipid droplet size increased only in Trichosporon inkin; however, it decreased in T. asahii, T. coremiiforme, and T. faecale. Additionally, lipid droplet number was preferentially altered in Apiotrichum and Cutaneotrichosporon. These results suggested that magnesium-induced multi-septation and vacuolar area expansion phenotypically distinguish Trichosporon hyphae from Apiotrichum and Cutaneotrichosporon hyphae and distinguish C. dermatis pseudo-hyphae from Cutaneotrichosporon spp. Moreover, differences in lipid droplet size can discriminate species within Trichosporon. Our results suggest that phenotypic alteration via magnesium treatment can contribute to the characterization of Trichosporonales yeasts. These findings provide insights into fungal pathogenesis and may support new treatment strategies.IMPORTANCEMagnesium sulfate considerably affects hyphal growth and cellular organization in Trichosporon asahii. To examine the commonality of this phenotype in Trichosporonales, we treated 30 Trichosporonales yeasts with magnesium sulfate and observed genus-level phenotypic alterations. Using cell length measurement, lipid droplet staining, septum staining, and vacuole staining, considerable hyphal diversity was observed among Trichosporonales. Notably, differences in the multi-septation phenotype and vacuolar size distinguished Trichosporon hyphae from Apiotrichum and Cutaneotrichosporon hyphae and distinguished Cutaneotrichosporon dermatis from other Cutaneotrichosporon spp. Moreover, differences in lipid droplet phenotype divided Trichosporon hyphae into two groups. Our study revealed the relationship between hyphal morphology and phylogenetic systematics in Trichosporonales.
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N. Choovet, T. Jirakanjanasit, P. Subphon, S. Thepsombat, E. Kingkaew, N. Tanaka, Y. Shiwa, S. Tanasupawat, S. Phuengjayaem
ScienceAsia 50 ( 1 ) 1 - 12 2024年05月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Science Society of Thailand
This study aimed to explore bacteriocin-producing lactic acid bacteria (LAB), identify the genes influencing bacteriocin synthesis, and assess their probiotic potential via safety evaluations both in vitro and in silico. The strain ZBK1-5, isolated from pickled ginger, was identified as Lactiplantibacillus plantarum. The bacteriocin ZBK1-5 exhibited the highest antimicrobial activity with 6,400 AU/ml at 18 h, predominantly effective against Gram-positive bacteria and stable within pH 2?9. Significantly, the genome analysis confirmed the existence of bacteriocin synthesis genes, specifically plantaricin KJ, EF, A, and N. Simultaneously, the safety evaluations showed its low risk of antibiotic resistance gene transfer, thereby emphasizing the safety profile of the strain ZBK1-5. The genetic components associated with the ability of L. plantarum ZBK1-5 to survive and adapt in gastrointestinal conditions provide additional evidence (16 genes related to acid stress and 9 genes associated with bile resistance), supporting its potential as a probiotic candidate. These findings were validated through in vitro digestion conditions, where the viability of the cells was observed to be 68.26, 66.62, and 60.91% during transit through the oral, gastrointestinal, and small intestinal phases, respectively. Additionally, the strain ZBK1-5 showed a 90.39% adhesion rate in the Caco-2 cell line. The unique characteristics of plantaricin produced by L. plantarum ZBK1-5 exhibit potent antibacterial activity, rapid time to production compared to other known plantaricins, and strain safety for application and upscaling. This research study offers significant scientific insights into L. plantarum ZBK1-5, a plantaricin producer, emphasizing its promising potential for future applications.
DOI： 10.2306/scienceasia1513-1874.2024.046
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SY7-1 蛍光顕微鏡観察によって明らかになるトリコスポロン酵母の性状 査読あり 国際誌
青木 敬太, 大熊 盛也, 杉田 隆, 小林 裕樹, 田中 尚人, 高島 昌子
日本医真菌学会総会プログラム・抄録集 65.Suppl1 ( 0 ) 86 2024年
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：日本医真菌学会
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Yuuki Kobayashi, Ayane Kayamori, Keita Aoki, Yuh Shiwa, Minenosuke Matsutani, Nobuyuki Fujita, Takashi Sugita, Wataru Iwasaki, Naoto Tanaka & Masako Takashima
BMC Genomics 24 609 2023年10月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Since DNA information was first used in taxonomy, barcode sequences such as the internal transcribed spacer (ITS) region have greatly aided fungal identification; however, a barcode sequence alone is often insufficient. Thus, multi-gene- or whole-genome-based methods were developed. We previously isolated Basidiomycota yeasts classified in the Trichosporonales. Some strains were described as Cutaneotrichosporon cavernicola and C. spelunceum, whereas strain HIS471 remained unidentified. We analysed the genomes of these strains to elucidate their taxonomic relationship and genetic diversity.
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Lyudmila Romanenko, Nadezhda Otstavnykh, Naoto Tanaka, Valeriya Kurilenko, Vasily Svetashev, Liudmila Tekutyeva, Valery Mikhailov, Marina Isaeva
Microorganisms 11 2385 2023年09月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：MDPI journals
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Hyphal growth in Trichosporon asahii is accelerated by the addition of magnesium 査読あり 国際誌
Keita Aoki, Kosuke Yamamoto, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, Naoto Tanaka, and Masako Takashima
Microbiology Spectrum 2023年04月
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Weizmannia acidilactici sp. nov., a lactic acid producing bacterium isolated from soils 査読あり 国際共著 国際誌
Vasana Tolieng, Naoto Tanaka, Yuh Shiwa, Sitanan Thitiprasert, Pawina Kanchanasin, Wongsakorn Phongsopitanun, Auttaporn Booncharoen, Nuttha Thongchul, Somboon Tanasupawat
Syst Appl Microbiol 46 ( 1 ) 2022年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Bacterial Community of Water Yam (Dioscorea alata L.) cv. A-19 査読あり 国際誌
Shunta Kihara, Kosuke Yamamoto, Atsushi Hisatomi, Yuh Shiwa, Chia-Cheng Chu, Kanako Takada, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil, Hidehiko Kikuno, Naoto Tanaka, Hironobu Shiwachi
Microbes and Environments 37 ( 2 ) 2022年05月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
The bacterial community of water yam (Dioscorea alata L.) cv. A-19 is vital because it may promote plant growth without the need for fertilization. However, the influence of fertilization practices on the composition and proportion of the bacterial community of water yam cv. A-19 has not yet been extensively examined. Therefore, we herein investigated the diversity and composition of the bacterial community of water yam cv. A-19 cultivated with and without chemical fertilization using amplicon community profiling based on 16S rRNA gene sequences. No significant difference was detected in the growth of plants cultivated with or without chemical fertilization. Alpha diversity indices were significantly dependent on each compartment, and a decrease was observed in indices from the belowground (rhizosphere and root) to aboveground compartments (stem and leaf). The bacterial composition of each compartment was clustered into three groups: bulk soil, rhizosphere and root, and stem and leaf. Chemical fertilization did not significantly influence the diversity or composition of the water yam cv. A-19 bacterial community. It remained robust in plants cultivated with chemical fertilization. The amplicon community profiling of bacterial communities also revealed the dominance of two bacterial clades, the Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium clade and Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia clade, with and without chemical fertilization. This is the first study to characterize the bacterial community of water yam cv. A-19 cultivated with and without chemical fertilization.
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Antagonism of Bacillus velezensis Isolate from Anaerobically Digested Dairy Slurry against Fusarium Wilt of Spinach 査読あり 国際誌
Tomomi Sugiyama, Keiko T. Natsuaki, Naoto Tanaka, Yuh Shiwa, and Mami Irie
Agronomy 12 1058 2022年04月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Characterization, Genome Analysis and Probiotic Properties of L-Lactic Acid Producing Enterococcus lactis FM11-1 査読あり 国際共著 国際誌
Nuhwa R., Tanaka N., Shiwa Y., Fujita N., Sitdhipol J., Chaiyawan N., Savarajara A., Tanasupawat S.
Current Applied Science and Technology 22 ( 5 ) 1 - 15 2022年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：King Mongkut's Instutute of Technology Ladkrabang
Strain FM11-1 was isolated from flowers of Solanum torvum that were collected in Nakhon Si Thammarat Province, Thailand and was characterized using a polyphasic approach as Gram-positive, facultatively anaerobic with short chains and catalase-negative cocci. This strain produced L-lactic acid from glucose and was closely related to Enterococcus durans NBRC 100479T, Enterococcus faecium NRIC 1145T, Enterococcus hirae ATCC 9790T, Enterococcus lactis LMG 25958T and Enterococcus ratti DSM 15687T (98.92-99.73 %) based on 16S rRNA gene sequence similarity. The draft genome of strain FM11-1 had 2,784,928 bp and contained 2,586 coding sequences, with a genomic G+C content of 38.07 mol%. Values of ANIb, ANIm and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) between strain FM11-1 and the closest strain, E. lactis LMG 25958T were 97.23%, 98.30% and 83.7%, respectively. The predominant cellular fatty acids were C19:0 cyclo w8c and C16:0. This strain was identified as Enterococcus lactis using polyphasic characterization and genome analysis. Strain FM11-1 contained genes involved in carbohydrate fermentation and specialty genes of antibiotic resistance. This strain showed adhesion ability (0.43±0.11) on Caco-2 cells but had no cytotoxicity against Caco-2, HepG2 and Vero cells.
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環境試料へのシデロフォア添加によるバイオフィルム形成 および構成する菌株の特性 査読あり
久富 敦, 志波 優, 藤田 信之, 田中 尚人
日本微生物資源学会誌 38 ( 1 ) 31 - 40 2022年
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：日本微生物資源学会
<p>シデロフォアは鉄飢餓環境で生物が産生する構造が多様なキレート化合物であり，鉄と錯体を形成してその構造特異的なレセプターを有する生物にのみ取り込まれる．細菌ではシデロフォアが鉄の取り込みだけではなく，産生や取り込みがバイオフィルム形成と連動していることも知られている．そのため，細菌の生育に十分な鉄が存在しない環境にシデロフォアを添加することで，一部の細菌の生育およびバイオフィルム形成への影響が考えられる．本研究では土壌と水試料にシデロフォアとして2,3-dihydroxybenzoyl-<span style="font-variant: small-caps;">L</span>-serine（DHBS）を添加し，バイオフィルム形成および構成する菌株の特性を検討した．その結果，土壌および水試料への DHBS の添加はバイオフィルム形成を誘導し，その構成株は <i>Pseudomonas</i> 属の種が大半を占め，DHBS を利用するとともに強くバイオフィルム形成が促進される特性をもつことが明らかとなった．</p>
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Identification and structural characterisation of a catecholate-type siderophore produced by Stenotrophomonas maltophilia K279a 査読あり 国際誌
Atsushi Hisatomi, Yuh Shiwa, Nobuyuki Fujita, Hiroyuki Koshino, Naoto Tanaka
Microbiology 167 ( 7 ) 2021年07月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.1099/mic.0.001071
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Transcriptome profile of carbon catabolite repression in an efficient l-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose 査読あり 国際誌
Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota
PLOS ONE 2020年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Michel Ouyabe1, Naoto Tanaka2, Yuh Shiwa, Nobuyuki Fujita, Hidehiko Kikuno, Pachakkil Babil1 and Hironobu Shiwachi
Int. J. Syst. Evol. Microibol 70 ( 9 ) 5054 - 5062 2020年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Microbiology Society
<jats:p>This study investigated endophytic nitrogen-fixing bacteria isolated from two species of yam (water yam, <jats:italic>Dioscorea alata</jats:italic> L.; lesser yam, <jats:italic>Dioscorea esculenta</jats:italic> L.) grown in nutrient-poor alkaline soil conditions on Miyako Island, Okinawa, Japan. Two bacterial strains of the genus <jats:italic>
<jats:named-content content-type="genus">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.1279" xlink:type="simple">Rhizobium</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic>, S-93<jats:sup>T</jats:sup> and S-62, were isolated. The phylogenetic tree, based on the almost-complete 16S rRNA gene sequences (1476 bp for each strain), placed them in a distinct clade, with <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.13566" xlink:type="simple">Rhizobium miluonense</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> CCBAU 41251<jats:sup>T</jats:sup>, <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.1287" xlink:type="simple">Rhizobium hainanense</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> I66<jats:sup>T</jats:sup>, <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.13567" xlink:type="simple">Rhizobium multihospitium</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> HAMBI 2975<jats:sup>T</jats:sup>, <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.24765" xlink:type="simple">Rhizobium freirei</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> PRF 81<jats:sup>T</jats:sup> and <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.1306" xlink:type="simple">Rhizobium tropici</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> CIAT 899<jats:sup>T</jats:sup> being their closest species. Their bacterial fatty acid profile, with major components of C<jats:sub>19 : 0</jats:sub> cyclo <jats:italic>ω</jats:italic>8<jats:italic>c</jats:italic> and summed feature 8, as well as other phenotypic characteristics and DNA G+C content (59.65 mol%) indicated that the novel strains belong to the genus <jats:italic>
<jats:named-content content-type="genus">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.1279" xlink:type="simple">Rhizobium</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic>. Pairwise average nucleotide identity analyses separated the novel strains from their most closely related species with similarity values of 90.5, 88.9, 88.5, 84.5 and 84.4 % for <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.13567" xlink:type="simple">R. multihospitium</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> HAMBI 2975<jats:sup>T</jats:sup>, <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.1306" xlink:type="simple">R. tropici</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> CIAT 899<jats:sup>T</jats:sup>, <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.1287" xlink:type="simple">R. hainanense</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> CCBAU 57015<jats:sup>T</jats:sup>, <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.13566" xlink:type="simple">R. miluonense</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> HAMBI 2971<jats:sup>T</jats:sup> and <jats:italic>
<jats:named-content content-type="species">
<jats:ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="http://doi.org/10.1601/nm.24765" xlink:type="simple">R. freirei</jats:ext-link>
</jats:named-content>
</jats:italic> PRF 81<jats:sup>T</jats:sup>, respectively; digital DNA–DNA hybridization values were in the range of 26–42 %. Considering the phenotypic characteristics as well as the genomic data, it is suggested that strains S-93<jats:sup>T</jats:sup> and S-62 represent a new species, for which the name <jats:italic>Rhizobium dioscoreae</jats:italic> is proposed. The type strain is S-93<jats:sup>T</jats:sup> (=NRIC 0988<jats:sup>T</jats:sup>=NBRC 114257<jats:sup>T</jats:sup>=DSM 110498<jats:sup>T</jats:sup>).</jats:p> -
Response of Upland Rice (Oryza sativa L.) Inoculated with Non‐Native Plant Growth‐Promoting Bacteria 査読あり 国際誌
Michel Ouyabe, Kenji Irie, Naoto Tanaka, Hidehiko Kikuno, Babil Pachakkil and Hironobu Shiwachi
Agronomy 10 ( 6 ) 903 2020年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：MDPI AG
<jats:p>A deep-rooting upland rice variety (Kinandang Patong) was evaluated for its growth response to bio-fertilization at early stages. Five non-native plant growth-promoting bacteria previously isolated from yams (Dioscorea spp.) were inoculated to upland rice under growth chamber and greenhouse conditions. Effects of the inoculation varied depending on bacterial strains and growing conditions. Growth of 14-day rice seedlings was improved by all tested bacterial strains. Under growth chamber, the strain S-333 increased plant length, shoot dry weight and nitrogen content as compared to the control, but total dry weight, nitrogen uptake, leaf chlorophyll content and number of tillers were higher with N fertilizer application. Under greenhouse conditions, most rice growth parameters were improved by inoculation with the strain S-7. The correlations between the bacterial plant-growth-promoting traits and rice growth parameters under growth chamber conditions were all negative for phosphate solubilization indexes. Our results suggest that bacterial inoculation can replace half (S-343 and S-611) of or the full (S-7) rate of chemical N fertilizer required, depending on bacterial strains and growing environments, although δ15N value in control plants was lower than in inoculated plants under growth chamber conditions, suggesting that the bacteria improve rice growth through mechanisms other than biological nitrogen fixation.</jats:p>
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Isolation of lactic acid bacteria capable of reducing environmental alkyl and fatty acid hydroperoxides, and the effect of their oral administration on oxidative-stressed nematodes and rats 査読あり 国際誌
Akio Watanabe, Takuro Yamaguchi, Kaeko Murota, Tadaaki Ishii, Junji Terao, Sanae Okada, Naoto Tanaka, Shinya Kimata, Akira Abe, Tomonori Suzuki, Masataka Uchino, Youichi Niimura
PLoS One 15 ( 2 ) 2020年02月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.1101/592162
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Changed bacterial community in the river water samples upon introduction of biodegradable poly(3-hydroxybutyrate) 査読あり 国際誌
Ryosuke Kadoya, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Yuh Shiwa, Seiichi Taguchi
Polymer Degradation and Stability 176 2020年
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Infection Route of Endophytic Nitrogen-fixing Bacteria in Water Yam (Dioscorea alata L.) 査読あり 国際誌
Hironobu Shiwachi, Natsumi Miwa, Kanako Takada, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil, Hidehiko Kikuno, and Naoto Tanaka
Trop. Agr. Develop. 64 ( 1 ) 1 - 6 2020年
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.11248/jsta.64.1
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微生物株検索システム KABOO の紹介
田中 尚人, 宮崎 智
日本微生物資源学会誌 36 ( 2 ) 69 - 71 2020年
記述言語：日本語 出版者・発行元：日本微生物資源学会
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Acetobacter sacchari sp. nov., for a plant growth-promoting acetic acid bacterium isolated in Vietnam. 査読あり 国際誌
Huong Thi Lan, VuPattaraporn Yukphan, Van Thi Thu Bui, Piyanat Charoenyingcharoen, Sukunphat Malimas, Linh Khanh Nguyen, Yuki Muramatsu, Naoto Tanaka, Somboon Tanasupawat, Binh Thanh Le, Yasuyoshi Nakagawa, Yuzo Yamada
Ann Microbiol. 69 1155 - 113 2019年07月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Isolation and identification of nitrogen-fixing bacteria associated with Dioscorea alata L. and Dioscorea esculenta L. 査読あり
Michel OUYABE, Hidehiko KIKUNO, Naoto TANAKA, Pachakkil BABIL, Hironobu SHIWACHI
Microb. Resour. Syst. 35 ( 1 ) 3 - 11 2019年06月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Characterization of fermented rice bran from 'Heshiko' and isolation of amylase-producing bacteria 査読あり
Junko Nagaoka, Kanae Wada, Miki Katoh, Naoko Fujita, Naoto Tanaka, Tomohiro Irisawa, Sayuri Akuzawa
Food Preservation Science 45 ( 2 ) 85 - 93 2019年03月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Isolation of Nitrogen-Fixing Bacteria from Water Yam (Dioscorea alata L.) 査読あり 国際誌
Kanako TAKADA, Naoto TANAKA, Hidehiko KIKUNO, Pachakkil BABIL, Michio ONJO, Byoung-Jae PARK, and Hironobu SHIWACHI
Trop. Agr. Develop. 63 ( 4 ) 198 - 203 2019年
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.11248/jsta.63.198
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Contribution of Biological Nitrogen Fixation in lesser yam (Discorea esculenta L.) associated with Endophytic Diazotrophic Bacteria 査読あり 国際誌
Michel OUYABE, Hidehiko KIKUNO, Naoto TANAKA, Pachakkil BABIL, Hironobu SHIWACHI
Tropical Agriculture and Development 63 ( 3 ) 131 - 139 2019年
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.11248/jsta.63.131
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Endophytic Nitrogen-Fixing Bacteria of Water Yam (Dioscorea alata L.) in Relation with Fertilization Practices 査読あり 国際誌
Michel OUYABE, Hidehiko KIKUNO, Naoto TANAKA, Pachakkil BABIL, Hironobu SHIWACHI
Tropical Agriculture and Development 63 ( 3 ) 122 - 130 2019年
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Diversity of bacterial microbiome in rhizosphere and root endosphere of two halophytes: Glaux maritima and Salicornia europaea 査読あり 国際誌
Kosuke Yamamoto, Yuh Shiwa, Taichiro Ishige, Hikaru Sakamoto, Keisuke Tanaka, Masataka Uchino, Naoto Tanaka, Suguru Oguri, Hiromasa Saitoh, Seiya Tsushima
Frontiers in Microbiology 9 2018年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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肥満モデルマウスにおけるLactobacillus paracasei K71加熱死菌体摂取による腸内細菌叢および脂質代謝への影響 査読あり
志波 優、伊藤さとみ、松本雄宇、鈴木司、石毛太一郎、熊谷武久、藤田信之、山本祐司、田中尚人
日本乳酸菌学会誌 29 ( 3 ) 152 - 157 2018年11月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Proposal of Novosphingobium pokkalii sp nov, a novel rhizosphere associated bacterium with plant beneficial properties isolated from saline tolerant pokkali rice 査読あり 国際誌
Ramya Krishnan, Rahul R Menon, Likhitha, Hans-Jürgen Busse, Naoto Tanaka, Srinivasan Krishnamurthi, N. Rameshkumar
Research in microbiology 168 113 - 121 2018年09月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Identification of the hcb gene operon involved in catalyzing aerobic hexachlorobenzene dechlorination in Nocardioides sp. strain PD653 査読あり 国際誌
Koji Ito, Kazuhiro Takagi, Akio Iwasaki, Naoto Tanaka, Yu Kanesaki, Fabrice Martin-Laurent, Shizunobu Igimi
Appl Environ Microbiol. 83 ( 19 ) 2017年10月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.1128/AEM.00824-17
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Sporolactobacillus shoreicorticis sp.nov., a lactic acid-producing bacterium isolated from tree bark 査読あり 国際誌
Tolieng V, Prasirtsak B, Miyashita M, Shibata C, Tanaka N, Thongchul N, Tanasupawat
Int J Syst Evol Microbiol. 67 ( 7 ) 2363 - 2369 2017年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Detection and analysis of Lactobacillus paracasei penicillin-binding proteins revealed the presence of cholate-sensitive penicillin-binding protein 3 and an elongated cell shape in a cholate-sensitive strain 査読あり 国際誌
Masahiro HATTORI, Glaezel Angelique TORRES, Naoto TANAKA, Sanae OKADA, Akihito ENDO, and Junichi NAKAGAWA
Biosci Microbiota Food Health 36 ( 2 ) 65 - 72 2017年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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A rapid NMR-based method for discrimination of strain-specific cell wall teichoic acid structures reveals a third backbone type in Lactobacillus plantarum 査読あり 国際誌
Satoru Tomita, Naoto Tanaka, Sanae Okada
FEMS Microbiol Lett. 364 ( 5 ) 2017年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Nitrogen-fixing Endophytic Bacteria is Involved with the Lesser Yam (Dioscorea esculenta L.) Growth under Low Fertile Soil Condition 査読あり 国際誌
Abdul Qayom REZAEI, Hidehiko KIKUNO, Pachakkil BABIL, Naoto TANAKA, Byoung-Jae PARK, Michio ONJO, Hironobu SHIWACHI
Tropical Agriculture and Development 61 ( 1 ) 40 - 47 2017年
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.11248/jsta.61.40
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タイ産発酵食品由来乳酸菌およびStaphylococcus属分離株の糖発酵性と機能性物質生産能について 査読あり
宮下美香，鎌倉由貴，杉本昌子，柴田千代，Pattaraporn Yukphan， Wanchern Potacharoen，中川恭好，鈴木健一朗，田中尚人
日本微生物資源学会誌 32 147 - 161 2016年12月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Lactobacillus ixorae sp. nov., isolated from flower (West-Indian Jasmine) 査読あり 国際誌
Sujitra Techo, Mika Miyashita, Chiyo Shibata, Naoto Tanaka, Preeyarach Wisetkhan, Wonnop Visessanguan, Somboon Tanasupawat
Int J Syst Evol Microbiol. 66 5500 - 5505 2016年12月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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タイ産発酵食品由来乳酸菌およびStaphylococcus属分離株の環境ストレス耐性の特性 査読あり
宮下美香，杉本昌子，鎌倉由貴，Pattaraporn Yukphan， Wanchern Potacharoen，中川恭好，鈴木健一朗，田中尚人
日本微生物資源学会誌 32 13 - 24 2016年06月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Isolation of lactic acid bacteria exhibiting high scavenging activity for environmental hydrogen peroxide from fermented foods and its two scavenging enzymes for hydrogen peroxide 査読あり 国際誌
Akio Watanabe, Chiaki Kaneko, Yasuhiro Hamada, Kouji Takeda, Shinya Kimata, Takashi Matsumoto, Akira Abe, Naoto Tanaka, Sanae Okada, Masataka Uchino, Junichi Satoh, Junichi Nakagawa, Youichi Niimura
J. Gen. Appl. Microbiol. 62 75 - 82 2016年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Identification of sirtuin and its target as the ribosomal protein S4 in Lactobacillus paracasei 査読あり 国際誌
Hotaka Atarashi, Shinji Kawasaki, Yoichi Niimura, Naoto Tanaka, Sanae Okada, Yuh Shiwa, Akihito Endo, Junichi Nakagawa
J. Gen. Appl. Microbiol. 62 98 - 105 2016年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Bacillus cereus response to proanthocyanidin trimer, a transcriptional and functional analysis 査読あり 国際誌
Tomoko Tamura, Megumi Ozawa, Naoto Tanaka, Soichi Arai, Kiyoshi Mura
Curr. Microbiol. 73 115 - 123 2016年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Arthrobacter pokkalii sp nov, a Novel Plant Associated Actinobacterium with Plant Beneficial Properties, Isolated from Saline Tolerant Pokkali Rice, Kerala, India 査読あり 国際誌
Ramya Krishnan1, Rahul Ravikumar Menon1, Naoto Tanaka, Hans-Jürgen Busse,Srinivasan Krishnamurthi, Natarajan Rameshkumar
PLOS ONE 11 ( 3 ) 2016年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp. 査読あり 国際誌
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M.
BMC Genomics 16 1117 2015年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Flavobacterium maris sp. nov., isolated from shallow sediments of the Sea of Japan. 査読あり 国際誌
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valeriya V. Kurilenko, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 ( 7 ) 941 - 947 2015年09月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Pseudomonas glareae sp. nov., a novel marine sediments-derived bacterium with antagonistic activity. (海洋由来の拮抗作用のある新種 Pseudomonas glareae について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 693 - 699 2015年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Pseudomonas 属の新種であることが明らかとなり、Pseudomonas glareae と命名して提唱した。
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「せんだんご」製造工程中の菌叢解析 査読あり
熊谷 浩一，渡辺 麻衣子，高橋 治男，梶川 揚申，佐藤 英一，田中 尚人，岡田 早苗
日本微生物資源学会誌 31 1 - 9 2015年06月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
長崎県対馬地方の伝統的発酵食品せんだんごは冬季にサツマイモを発酵させ、発酵物に含まれる分解されたデンプンと食物繊維を回収した後に団子状にして乾燥させた保存食品である。団子は水や湯で戻して捏ねた後に麺状などにして茹でて食べられる。その時の物性は弾力のある麺である。この物性をもたらすデンプンや食物繊維の分解に関わる発酵工程中の菌叢を微生物学的アプローチによって調査し、系統進化学的解析によりPenicillium 属の数種が関与していることが明らかとなった。
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「せんだんご」製造工程中に生息する糸状菌のサツマイモの発酵における役割 査読あり
熊谷 浩一，岡 大貴，梶川 揚申，佐藤 英一，田中 尚人，岡田 早苗
Microb. Resour. Syst. 31 15 - 21 2015年06月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
長崎県対馬地方の伝統的発酵食品せんだんごはサツマイモを原料として発酵させ、発酵による分解物を回収して作られるものである。回収した成分はほとんど澱粉と食物繊維であり、これらが低分子化されたものである分解物は水で捏ね茹でると弾力のある独特な物性を有する物質になる。この発酵工程中の分解に関与する糸状菌 Penicillium 属の産生する酵素タンパクの分子生物学的アプローチによりその物性に関わる酵素の基質および分解産物について明らかにした。
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Sphingorhabdus pacificus sp. nov., isolated from sandy sediments of the Sea of Japan seashore. (海洋試料から分離した新種 Sphingorhabdus pacificus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 147 - 153 2015年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Sphingorhabdus属の新種であることが明らかとなり、Sphingorhabdus pacificusと命名して提唱した。
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Rheinheimera japonica sp. nov., a novel bacterium with antimicrobial activity from seashore sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した抗菌活性を有する新種 Rheinheimera japonica pacificus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 613 - 620 2015年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Rheinheimera属の新種であることが明らかとなり、Rheinheimera japonicaと命名して提唱した。
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Phylogenomic analysis of Oenococcus oeni reveals specific domestication of strains to cider and wines. (系統解析によるOenococcus oeni のシードルとワインへの適応化の研究) 査読あり
Hugo Campbell-Sills, Mariette El Khoury, Marion Favier, Andrea Romano, Franco Biasioli, Giuseppe Spano, David J. Sherman, Olivier Bouchez, Emmanuel Coton, Monika Coton, Sanae Okada, Naoto Tanaka, Marguerite Dols-Lafargue and Patrick M. Lucas
Genome Biol. Evol. 7 1506 - 1518 2015年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ブドウジュースやリンゴジュースなどの発酵飲料（ワイン、シャンパン、シードル）に棲息する乳酸菌 Oenococcus oeni の棲息環境と系統進化関係を50株を用いて解析した。解析手法のベースは比較ゲノム解析で、オーソログ解析、一塩基多型解析、MLST 解析である。これらの解析の結果、50株は3グループに分かれ、グループA はワイン棲息株の多くが属し、グループBはシードルに棲息する株の多くが、グループCは一株のみでグループBに近いものであった。これらの結果から O. oeni はアルコール耐性獲得後それぞれの飲料に適合進化したと考えられた。
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Genome sequence of three strains of Lactobacillus paracasei of different origin with different cholate sensitivities. (分離源とコール酸耐性の異なる Lactobacillus paracasei 株のゲノム解析) 査読あり
Yuh Shiwa , Hotaka Atarashi , Naoto Tanaka , Sanae Okada , Hirofumi YOSHIKAWA , Akihito Endo , Tatsuro Miyaji, and Junichi Nakagawa
Genome Announc. 3 e00178-15 2015年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Lactobacillus paracasei はミルクはもとより植物由来の発酵物、動物やヒトの腸管にも棲息する乳酸菌である。同種のなかでもコール酸耐性の異なる3株 NRIC 0644, NRIC 1781, NRIC 1917 のゲノム配列決定を目的とした。Genome Analyzer II を使用し、ドラフトゲノム解析をした結果、2.95-3.15 Mb であることが明らかとなり、コール酸耐性の強さとゲノム構造の関係性について研究する基盤を構築した。
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Alicyclobacillus dauci sp. nov., a novel slightly thermophilic acidophilic bacterium isolated from a spoiled mixed vegetable and fruit juice product. (果汁試料から分離した耐酸耐熱性新種細菌 Alicyclobacillus dauci について) 査読あり
Chisa Nakano, Naoto Takahashi, Naoto Tanaka, Sanae Okada.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 65 716 - 722 2015年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
腐敗野菜ジュースから分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Alicyclobacillus属の新種であることが明らかとなり、Alicyclobacillus dauciと命名して提唱した。
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Description of Vogesella oryzae sp nov, isolated from the rhizosphere of saline tolerant pokkali rice 査読あり 国際誌
N. Rameshkumar, Elke Lang, Naoto Tanaka
Syst. Appl. Microbiol. 39 ( 1 ) 20 - 24 2015年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Lactobacillus plajomi sp. nov. and Lactobacillus modestisalitolerans sp. nov., isolated from traditional fermented foods in Thailand. 査読あり 国際誌
Mika Miyashita, Pattaraporn Yukphan, Winai Chaipitakchonlatarn, Taweesak Malimas, Masako Sugimoto, Mayumi Yoshino, Yuki Kamakura, Wanchern Potacharoen, Somboon Tanasupawat, Naoto Tanaka, Yasuyoshi Nakagawa, and Ken-ichiro Suzuki
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 65 ( 8 ) 2845 - 2490 2015年
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Lactobacillus furfuricola sp. nov., isolated from Nukadoko, ricebran paste for Japanese pickles. (糠床試料から分離した新種 Lactobacillus furfuricola について) 査読あり
Tomohiro Irisawa, Naoto Tanaka, Maki Kitahara, Mitsuo Sakamoto, Moriya Ohkuma, Sanae Okada.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2902 - 2906 2014年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
糠床から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Lactobacillus属の新種であることが明らかとなり、Lactobacillus furfuricolaと命名して提唱した。
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Simiduia litorea sp. nov., isolated from seashore sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Simiduia litorea について) 査読あり
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Vassilii I. Svetashev, and Valery V. Mikhailov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2688 - 2692 2014年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Simiduia属の新種であることが明らかとなり、Simiduia litoreaと命名して提唱した。
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Tamlana sedimentorum sp. nov., isolated from shallow sand sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Tamlana sedimentorum について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Valeriya V. Kurilenko, and Vassilii I. Svetashev
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2891 - 2896 2014年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Tamlana属の新種であることが明らかとなり、Tamlana sedimentorumと命名して提唱した。
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Loktanella maritima sp. nov. isolated from shallow sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Loktanella maritima について) 査読あり
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Valeriya V. Kurilenko, Vassilii I. Svetashev, Natalia I. Kalinovskaya, and Valery V. Mikhailov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2370 - 2375 2014年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Loktanella属の新種であることが明らかとなり、Loktanella maritimaと命名して提唱した。
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Fructophilic characteristics of Fructobacillus spp. may be due to the absence of an alcohol/acetaldehyde dehydrogenase gene (adhE). (Fructobacillus 属の好フルクトース特性は adhE 遺伝子の欠失に由来する) 査読あり
Akihito Endo, Naoto Tanaka, Yo Oikawa, Sanae Okada, Leon M.T. Dicks
Curr Microbiol. 68 531 - 535 2014年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
好フルクトース乳酸菌であるFructobacillus 属は解糖系をスムーズに動かすための酸化還元バランス、いわゆる NAD/NADHサイクルを菌体外の電子受容体を利用して動かしている。これら乳酸菌のゲノム解析によって、代謝経路関連遺伝子の分布を調べた結果、通常は近縁のヘテロ型乳酸菌が有するアルコール脱水素酵素遺伝子が欠失していることが明らかとなった。この結果から、好フルクトース乳酸菌は進化過程でアルコール脱水素酵素によるNADH酸化ではなく菌体外の電子受容体に完全に依存したヘテロ型乳酸菌からの退行進化によるものであると推定した。
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Devosia submarina sp. nov. isolated from deep surface sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Devosia submarina について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63 3079 - 3085 2013年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の深海海底から分離した極限環境由来の新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Devosia属の新種であることが明らかとなり、Devosia submarinaと命名して提唱した。
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Draft Genome Sequences of Porphyromonas crevioricanis JCM 15906T and Porphyromonas cansulci JCM 13913T Isolated from Canine Oral Cavity. (犬虫歯菌Porphyromonas crevioricanis JCM 15906T と Porphyromonas cansulci JCM 13913Tのドラフトゲノム解析) 査読あり
Mitsuo Sakamoto, Naoto Tanaka, Yu Shiwa, Hirofumi Yoshikawa, Moriya Ohkuma
Genome Announc. 1 e00483-13 2013年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
犬の虫歯菌として分離された2株Porphyromonas crevioricanis JCM 15906 and Porphyromonas cansulci JCM13913 は 16S rRNA 遺伝子や hsp60 遺伝子の配列はほぼ同じであり、分類学的に種の識別は難しい。そこでこれらのドラフトゲノム配列を決定し、比較解析下結果、ゲノムの構造において再編成が起きている傾向が認められ、これがこの2種の発生につながったのではないかと推定した。
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Characterization of a Lactobacillus gasseri JCM 1131T Lipoteichoic Acid with a Novel Glycolipid Anchor Structure. (新規糖脂質アンカーを持つ Lactobacillius gasseri JCM 1131T のリポテイコ酸について) 査読あり
Tsukasa Shiraishi, Shin-ichi Yokota, Naoki Morita, Satoru Fukiya, Satoru Tomita, Naoto Tanaka, Sanae Okada, Atsushi Yokota
Appl. Environ. Microbiol. 79 3315 - 3318 2013年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ヒトと関わりの深い乳酸菌のひとつである Lactobacillus gasseri は細胞の表層構造と人の細胞特に免疫細胞との接触が大きなファクターとなる。この表層構造を本研究において調べた結果、L. gasseri JCM 1131 の細胞表層に存在する産生多糖のリポテイコ酸はグリセロールリン酸と2-アラニルグリセロールリン酸の繰り返し構造であり、細胞膜とのアンカー部分はこれまでにないテトラヘキソース構造を取っていることが明らかとなり、新規の構造発見となった。
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Paenibacillus profundus sp. nov., a novel deep sediment bacterium that produces isocumarin and peptide antibiotics. (海洋試料から分離したイソクマリン・抗菌ペプチド産生新種 Paenibacillus profundus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valeriya V. Kurilenko, Valery V. Mikhailov
Arch. of Microbiol. 195 247 - 254 2013年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の深海海底から分離した抗菌活性物質を産生する新規性の高い極限環境に棲息する細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Paenibacillus属の新種であることが明らかとなり、Paenibacillus profundusと命名して提唱した。
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Luteimonas vadosa sp. nov. isolated from shallow sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Luteimonas vadosa について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valeriya V. Kurilenko, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 62 1261 - 1266 2013年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Luteimonas属の新種であることが明らかとなり、Luteimonas vadosaと命名して提唱した。
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Antimicrobial potential of deep surface sediment associated bacteria from the Sea of Japan. (日本海に生息する細菌の抗菌活性評価) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Nataliya I. Kalinovskaya, Valery V. Mikhailov
World J. Microbiol. Biotechnol. 27 1169 - 1177 2013年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の深海海底の堆積物から分離した多数の極限環境細菌が産生する抗菌活性物質の抗菌スペクトについて、Escherichia属, Bacillus属, Staphylococcus属, Candida属, Fusarium属 といった細菌から真菌まで調査した結果、様々なスペクトルの抗菌活性物質があることが明らかとなった。その中でも Paenibacillus 属が広いスペクトルかつ高活性の物質が見つかり、NMR 等によって構造解析をした結果、ペプチドとイソクマリンであることが明らかとなった。
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Cobetia amphilecti sp. nov., Cobetia litoralis sp. nov. and Cobetia pacifica sp. nov., transfer of Halomonas halodurans NBRC 15607T to Cobetia marina and emended descriptions of the genus Cobetia and Cobetia marina. (海洋試料から分離した新種 Cobetia amphilecti, Cobetia litoralis, Cobetia pacifica と Cobetia 属及び Cobetia marina の修正について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Enevold Falsen
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 62 288 - 297 2013年01月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌3株について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はいずれも Cobetia属の新種であることが明らかとなり、Cobetia amphilecti, Cobetia litoralis, Cobetia pacificaと命名して提唱した。また、Halomonas halodurans の基準株 NBRC 15607 は Cobetia 属に再分類することを提唱した。
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Determination of strain-specific wall teichoic acid structures in Lactobacillus plantarum reveals diverse α-D-glucosyl substitutions and high structural uniformity of the repeating units. (Lactobacillus plantarum の細胞壁テイコ酸の構造多様性) 査読あり
Satoru Tomita, Kazuo Furihata, Naoto Tanaka, Eiichi Satoh, Tomoo Nukada, Sanae Okada
Microbiol. 158 2712 - 2723 2012年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Lactobacillus plantarum は細胞表層構成成分にテイコ酸を有する。その構造についての知見は乏しく、機能についても未だ明らかになっていない。そこで本研究では本種の19株の細胞壁テイコ酸の構造を NMR を用いて解析した。その結果、基本構造は糖アルコールとリン酸を単位とする繰り返し構造で、主鎖にグリセロールを含むタイプとリビトールを含むタイプの2種があることが明らかとなり、さらに修飾部分を見るとグルコースが結合する部位が全部で6パターンあり、以上の結果から同種内でもテイコ酸の構造は株レベルで異なることが明らかとなった。
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Gluconacetobacter kakiaceti sp. nov., a novel acetic acid bacterium isolated from kaki vinegar, Japanese traditional fruit vinegar. (柿酢試料から分離した新種 Gluconacetobacter kakiaceti について) 査読あり
Takao Iino, Rei Suzuki, Naoto Tanaka, Yoshimasa Kosako, Moriya Ohkuma, Kazuo Komagata, Tai Uchimura
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 62 1465 - 1469 2012年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
柿酢から分離した新規性の高い酢酸菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Gluconacetobacter属の新種であることが明らかとなり、Gluconacetobacter kakiacetiと命名して提唱した。
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Poseidonocella pacifica gen. nov., sp. nov. and Poseidonocella sedimentorum sp. nov., novel alphaproteobacteria from the shallow sandy sediments. (海洋試料から分離した新種 Poseidonocella pacifica と Poseidonocella sedimentorum について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Anatoly I. Kalinovskaya
Arch. Microbiol. 194 113 - 121 2012年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌2株について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はα-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Poseidonocella pacificaおよび Poseidonocella sedimentorum と命名して提唱した。
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Primorskyibacter sedentarius gen. nov., sp. nov., a novel member of the class Alphaproteobacteria from shallow sediments from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Primorskyibacter sedentarius について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 1572 - 1578 2011年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はα-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Primorskyibacter sedentariusと命名して提唱した。
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Adsorption of mutagenic heterocyclic amines by cellular components of lactic acid bacteria from fermented plant products. (発酵食品由来乳酸菌の変異原物質吸着部位について) 査読あり
Takashi Hatakeyama, Naoto Tanaka, Eiichi Satoh, Tai Uchimura, Sanae Okada
Jpn. J. Lactic Acid Bact. 22 106 - 111 2011年06月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
発ガン性物質である変異原物質を乳酸菌が吸着することは過去に数多く報告があったが、詳細は不明であった。本研究では多くの菌種を用いて、ヘテロサイクリックアミンが吸着する部位について HPLC を用いて調べた。その結果、植物質から分離した多くの菌種はその物質を吸着することがわかり、また、Trp-P-1 はペプチドグリカンに、MeIQとMeIQx はペプチドグリカンだけではない細胞壁に結合することで吸着していることが明らかとなった。
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Pacificibacter maritimus gen. nov., sp. nov., a novel alphaproteobacterium isolated from a shallow sediments from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Pacificibacter maritimus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Nataliya I. Kalinovskaya
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 1375 - 1381 2011年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はα-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Pacificibacter maritimusと命名して提唱した。
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Vadicella arenosi gen. nov., sp. nov., a novel member of the class Alphaproteobacteria isolated from the shallow sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Vadicella arenosi について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vasily I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Curr. Microbiol. 62 1375 - 1381 2011年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はα-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Vadicella arenosiと命名して提唱した。
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Cocleimonas flava gen. nov., sp. nov., a novel gammaproteobacterium isolated from a sandy snail from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Cocleimonas flava について) 査読あり
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Takao Iino, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 416 - 416 2011年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はγ-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Cocleimonas flavaと命名して提唱した。
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Litoreibacter albidus gen. nov., sp. nov. and Litoreibacter janthinus sp. nov., two novel members of the class Alphaproteobacteria isolated from the Sea of Japan seashore. (海洋試料から分離した新種 Litoreibacter albidus と Litoreibacter janthinus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Vassilii I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 148 - 154 2011年01月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌2株について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株の一つはγ-プロテオバクテリアの新属新種Litoreibacter albidusであること、もう1株は新種Litoreibacter janthinusであることが明らかとなり、Cocleimonas flavaと命名して提唱した。
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Ability of lactic acid bacteria isolated from Japanese fermented plant products to bind heterocyclic amines. (植物性乳酸菌の変異原物質吸着能) 査読あり
Takashi Hatakeyama, Naoto Tanaka, Eiichi Satoh, Tai Uchimura, Sanae Okada
Jpn. J. Lactic Acid Bact. 22 49 - 54 2011年01月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
発ガン性物質である変異原物質を乳酸菌が吸着することは過去に数多く報告があったが、詳細は不明であった。本研究では多くの菌種 Lactobacillus plantarum, Latobacillus fermentum, Lactobacillus parabuchneri, Lactobacillus delbrueckii などを用いて、ヘテロサイクリックアミンの吸着について HPLC を用いて調べた。その結果、植物質から分離した多くの菌種はその物質、Trp-P-1, PhIP, MeIQ, MeIQx, AαC を吸着することがわかり、また、生菌体、死菌体に関わらず吸着することを明らかとした。
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Kangiella japonica sp. nov. isolated from marine environments. (海洋試料から分離した新種 Kangiella japonica について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 2583 - 2586 2010年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はKangiella 属の新種であることが明らかとなり、Kangiella japonicaと命名して提唱した。
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ビタミンB12バイオアッセイ用 Lactobacillus delbrueckii 株のスクリーニング 査読あり
田中 尚人，冨田 理，岡田 早苗
ビタミン 84 538 - 542 2010年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis ATCC 7830は日本食品標準成分表に定められたビタミンB12(B12) バイオアッセイ法の指示菌株であり、B12測定はB12濃度と指示菌株の生育との相関に基づいている。しかし、本菌株はしばしばB12感度が不安定であり、安定した検量線作成が困難である。我々は発酵野菜すんき由来のL. delbrueckii株がB12要求性が高く、また生育がB12（シアノコバラミン）濃度と高い相関性を示す傾向にあることを見いだした。本研究では、L.delbrueckii株の中から統計的手法を用いてに新規のB12バイオアッセイ株を選抜した。その結果、NRIC 0700 が最も優れたB12バイオアッセイの指示菌株であった。さらに、試料の調整条件や検量線作成の回帰モデルを改良することで、B12バイオアッセイの確度が向上した。
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Arenicella xantha gen. nov., sp. nov., a novel gammaproteobacterium isolated from a marine sandy sediment from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Arenicella xantha について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 1832 - 1836 2010年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はγ-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Arenicella xanthaと命名して提唱した。
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Marinicella litoralis gen. nov., sp. nov., a novel gammaproteobacterium isolated from coastal seawater. (海洋試料から分離した新種 Marinicella litoraliss について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 1613 - 1619 2010年07月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はγ-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Marinicella litoralisと命名して提唱した。
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Comparison of components and synthesis genes of cell wall teichoic acid among Lactobacillus plantarum strains. (Lactobacillus plantarum 種内の細胞壁テイコ酸の構造と合成関連遺伝子の関係性) 査読あり
Satoru Tomita, Tomohiro Irisawa, Naoto Tanaka, Tomoo Nukada, Eiichi Satoh, Tai Uchimura, Sanae Okada
Biosci. Biotechnol. Biochem. 74 928 - 933 2010年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Lactobacillus plantarum は株間で細胞壁テイコ酸の構造が異なり多様化している。その構造の違いは糖アルコールの種類と糖修飾の位置である。本研究ではL. plantarum のゲノム情報をもとに数多くの糖修飾遺伝子が存在することに注目し、18株における各合成遺伝子の分布と細胞壁テイコ酸の構造に相関があるか比較検討した。その結果、tagD1-tagF2 遺伝子はグリセロール型、lp_1816-tagB2遺伝子はリビトール型テイコ酸のL. platarum がそれぞれ保有していることが明らかとなった。
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Umboniibacter marinipuniceus gen. nov., sp. nov., a novel marine gammaproteobacterium isolated from the mollusk Umbonium costatum from the Sea of Japan. (海洋試料巻貝から分離した新種 Umboniibacter marinipuniceus について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 30 603 - 609 2010年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はγ-プロテオバクテリアの新属新種であることが明らかとなり、Umboniibacter marinipuniceusと命名して提唱した。
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かぶらずしに生息する乳酸菌の分離と同定 査読あり
入澤 友啓、田中 尚人、高野 克己、岡田 早苗
日本食品保蔵科学会誌 36 83 - 87 2010年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
富山県から石川県にかけての平野部には伝統的な発酵食品の一つとして日本海で捕れた魚（主にブリ）を塩漬けにし、スライスした蕪（かぶら）の間に挟み込み、さらにそれらを米麹とともに漬け込む『かぶらずし』がある。かぶらずしは11月から翌年1月にかけての最も寒い時期に漬け込みが行われる。本研究ではかぶらずしに生息する乳酸菌の分離・同定と分離菌株の特性を明らかにすることを目的とした。富山県にて採取したかぶらずしから39株の乳酸菌を分離した。さらに分離菌株の16S rRNA遺伝子塩基配列のシークエンス解析し簡易同定を行った。分離菌株はLactobacillus sakeiやLeuconostoc gasicomitatum、Leu. mesenteroidesなどの乳酸菌が主体であり、それらの多くが低温を好む低温性の乳酸菌であることを明らかにした。これはかぶらずしの漬け込みが冬であることや低温で発酵が行われるためであると考えられた。
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Aestuariibacter litoralis sp. nov., isolated from a sandy sediment from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Aestuariibacter litoralis について) 査読あり
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 317 - 320 2010年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はAestuariibacter属の新種であることが明らかとなり、Aestuariibacter litoralisと命名して提唱した。
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First Case of Human Infection Due to Pseudomonas fulva, an Environmental Bacterium Isolated from Cerebrospinal Fluid. (髄膜炎患者からの Pseudomonas fulva の初の分離報告) 査読あり
Marisa N. Almuzara, Miryam Vazquez, Naoto Tanaka, Marisa Turco, Maria S. Ramirez, Eduardo L. Lopez, Fernando Pasteran, Melina Rapoport, Adriana Procopio, Carlos A. Vay
J. Clin. Microbiol. 48 660 - 664 2010年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
髄液から分離した細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し、さらに生理生化学的性状や化学分類学的性状そしてこれらの結果推定された種の基準株との DNA-DNA 相同性について調査した結果、分離株はPseudomonas fulvaであることが明らかとなり、本種の髄液からの分離はこれまでにない初めての臨床ケースとして報告した。
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Marinomonas arenicola sp. nov. isolated from marine sediments from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Marinomonas arenicola について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 2834 - 2838 2009年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はMarinomonas属の新種であることが明らかとなり、Marinomonas arenicolaと命名して提唱した。
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Psychrobacter fulvigenes sp. nov., isolated from marine crustacean from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Psychrobacter fulvigenes について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 1480 - 1486 2009年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の甲殻類から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はPsychrobacter 属の新種であることが明らかとなり、Psychrobacter fulvigenesと命名して提唱した。
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Winogradskyella arenosi sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae isolated from marine sediments from the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Winogradskyella arenosi について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 1443 - 1446 2009年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はFlavobacteriaceae 科のWinogradskyella属の新種であることが明らかとなり、Winogradskyella arenosiと命名して提唱した。
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Sphingomonas japonica sp. nov., isolated from marine crustacean Paralithodes camtschatica from the Sea of Japan. (海洋試料カニから分離した新種 Sphingomonas japonica について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 1179 - 1182 2009年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の甲殻類から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はSphingomonas属の新種であることが明らかとなり、Sphingomonas japonicaと命名して提唱した。
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Diversity and antagonistic activity of coastal sea-ice bacteria isolated from the Sea of Japan. (流氷から分離した細菌のこう菌活性の多様性) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Microbes and Environments 23 209 - 214 2008年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
流氷から分離した38株の多様性を16S rRNA 遺伝子の塩基配列に基づいて評価した。その結果、Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria が主たる系統群であり、Alphaproteobacteria はマイナーな系統群であった。そして分離株の99%は既知種として同定されたが、他は新種として提唱した。これら分離株の抗菌活性を調べたところ、抗真菌作用や抗殺菌作用など多様な活性が存在することが明らかとなった。この発見はこれまでにない知見である事実として報告した。
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Occurrence and antagonistic potential of Stenotrophomonas strains isolated from deep-sea invertebrates. (深海から分離した Stenotrophomonas maltophilia の抗菌活性について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Natalia N. Slinkina, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 189 337 - 344 2008年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Stenotrophomonas maltophilia は日和見感染菌として、また根圏や土にも棲息し、バイオレメディエーションの菌種としても知られる幅広い性質をもつ菌種である。本研究では本種の分離源として報告のない深海環境である深海の海綿、ウニ、海ヘビそれぞれフィリピン海やフィジー海などに棲息する生物から分離され、16S rRNA 遺伝子に基づく簡易同定で本種とされた6株の性質について検討した。その結果、耐塩性や生育温度、炭素源資化能など生理生化学的性状が他環境の株と異なり、また多くの真菌やグラム陽性細菌への抗菌活性を有することが初めて明らかとなった。ただ、Candida albicans には活性がなかった。
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Pseudomonas marincola sp. nov., isolated from marine environments. (海洋試料から分離した新種 Pseudomonas marincola について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Bradley M. Tebo, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58 706 - 710 2008年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はPseudomonas 属の新種であることが明らかとなり、Pseudomonas marincolaと命名して提唱した。
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Lysobacter spongiicola sp. nov., isolated from a deep-sea sponge. (海洋試料から分離した新種 Lysobacter spongiicola について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Bradley M. Tebo, Naoto Tanaka, Galina M. Frolova, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 58 706 - 710 2008年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の深海に棲息する海綿から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はLysobacter 属の新種であることが明らかとなり、Lysobacter spongiicolaと命名して提唱した。
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Identification of discriminative characteristics for clusters from biologic data with InforBIO software. (InforBIO に搭載したクラスタ間分別性状解析) 査読あり
Naoto Tanaka, Masataka Uchino, Satoru Miyazaki, Hideaki Sugawara
BMC Bioinformatics 8 281 2007年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
性状データを有する OTU をグループ化したとき、そのグループ間を識別するのに適した性状データを統計的に抽出するためのアルゴリズムを開発した。グループ内のバラツキはシャノンエントロピーで、グループ間の違いは相対エントロピーで評価する。このアルゴリズムは微生物分類同定支援ソフト InforBIO に搭載し、情生物情報のデータマイニング手法の開発とその解析例について報告した。特に、系統解析に基づくクラスタ間の分別性状を表現データから導き出す手法として有効である。
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Distribution, diversity and regulation of alcohol oxidase isozymes, and phylogenetic relationships of methylotrophic yeasts. (酵母のアルコールオキシダーゼの多様性について) 査読あり
Takashi Ito, Shuki Fujimura, Masataka Uchino, Naoto Tanaka, Yoshimi Matsufuji, Tatsuro Miyaji, Katsumi Takano, Tomoyuki Nakagawa, andNoboru Tomizuka
Yeast 24 523 - 532 2007年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
C1化合物資化性酵母の多様性をアルコールオキシダーゼ(AOD)のザイモグラムパターンおよびアミノ酸配列に基づく進化系統関係により評価した。ザイモグラムパターンでは、１つのAODを有するタイプと9つのアイソザイムを有するタイプの2グループがあった。進化系統的には5グループにわかれ、D1/D2の系統と同じトポロジーを示すもの、それ以外はグループによって基質に多様性が見られた。例えば、メタノールの他にグリセロールやペクチンに活性のあるものである。これらのことからC1化合物の資化能は様々な環境適応で得られて多様化したものと考えられる。
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Sphingomonas molluscorum sp. nov., a novel marine isolate with antimicrobial activity. (海洋試料から分離した抗菌活性を有する新種 Sphingomonas molluscorum について) 査読あり
Lyudmila A. Romanenko, Masataka Uchino, Galina M. Frolova, Naoto Tanaka, Natalia I. Kalinovskaya, Nicolai Latyshev, Valery V. Mikhailov
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57 358 - 363 2007年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
日本海の海綿から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株はSphingomonas属の新種であることが明らかとなり、Sphingomonas molluscorumと命名して提唱した。
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Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): Database for comparative analysis of virus genomes. (ウィルスゲノムデータベース GIB-V について) 査読あり
Masaki Hirahata, Takashi Abe, Naoto Tanaka, Yoshikazu Kuwana, Yasumasa Shigemoto, Satoru Miyazaki, Yoshiyuki Suzuki, Hideaki Sugawara
Nuc. Acid Res. 35 D339 - D342 2007年01月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されている18,418本のウィルスの完全長ゲノムをデータベース化した。このGIB-Vゲノムデータはウィルスの分類体系に基づいて階層的に整理し、生物学的情報やアノテーション情報に対してキーワード検索を可能とした。さらに、ブラストによる相同性検索を可能として、その検索結果はテーブル表示のみならず、ゲノムを図にしてシンテニー解析などを可能とするためにグラフィカル表示も実装した。また、ブラストヒットした配列データセットの系統関係も解析できるようにした。
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Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS). (統一プロトコルによるゲノムアノテーション手法, GTPS について) 査読あり
akehide Kosuge1, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka, Masaki Hirahata, Yutaka Maruyama, Jun Mashima, Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno, Hideaki Sugawara
DNA Res. 13 245 - 254 2006年12月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されているゲノムアノテーション情報は登録者によって記載が異なり、比較解析が困難である。そこで本研究は登録ゲノムデータ183件に対して共通プロトコルl(Gene Trek in Prokaryote Space, GTPS)でコード領域予測から注釈付けまで行い、記載を統一したデータベース構築を行った。注釈付けのためにはブラストおよびインタープロスキャンによる相同性及びドメイン解析を行った。
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G-InforBIO: Integrated system for microbial genomics. (ゲノム解析ツール G-InforBIO について) 査読あり
田中 尚人、阿部 貴志、宮崎 智、菅原 秀明
BMC Bioinformatics 7 368 2006年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されているゲノムおよび研究者で得られたゲノムを比較解析するためのツールとして G-InforBIO を開発した。スタンドアローンで解析が可能で、データはフラットファイルの他に XML形式ファイルも扱い可能で、項目の管理が容易である。ゲノムの解析はシンテニーなどの構造解析、対ゲノムのブラストによる相同性解析またゲノム対ゲノムの同解析、系統解析など必要な機能を網羅的に装備したツールである。その機能の紹介。
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Useful Bioinformatics Suite for Retrieving and Analyzing Microbial Genome Data (G-InforBIO). (ゲノム解析ツール G-InforBIO について) 査読あり
田中 尚人、阿部 貴志、宮崎 智、菅原 秀明
J. Comput. Aided Chem. 7 87 - 93 2006年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
国際塩基配列データベースに登録されているゲノムおよび研究者で得られたゲノムを比較解析するためのツールとして G-InforBIO を開発した。スタンドアローンで解析が可能で、データはフラットファイルの他に XML形式ファイルも扱い可能で、項目の管理が容易である。ゲノムの解析はシンテニーなどの構造解析、対ゲノムのブラストによる相同性解析またゲノム対ゲノムの同解析、系統解析など必要な機能を網羅的に装備したツールである。
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The status quo of microbial genomic data available in the public domain: archaea and bacteria 2003. (2003 年度公開ゲノムの統計)
田中 尚人、平畠 壮規、宮崎 智、菅原 秀明
WFCC Newsletter 38 12 - 18 2004年01月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
2003年に国際塩基配列データベース (INSDC: DDBJ/GenBank/EMBL) に登録されている細菌およびアーキアのゲノムデータの統計情報についての報告。報告内容は登録菌種の系統解析を行い、対象微生物の系統群を調査し、また分離源の種類、例えば臨床株、自然環境株など、ゲノム解析の目的についての考察を記載し、微生物ゲノムの研究の今後の方向性について考察した。
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An e-Workbench for the study of microbial diversity: the system design and basic functions. (微生物多様性解析ツール InforBIO) 査読あり
菅原 秀明、宮崎 智、田中 尚人
Microbiol. Cult. Coll. 19 59 - 67 2003年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
微生物分類のためのあらゆる生物情報をデータベース化及び解析を可能としたスタンドアローンの微生物分類同定支援ツール InforBIO の開発についての報告。微生物の生理生化学的性状や化学分類学的性状、遺伝子配列データの管理を可能とし、CSV や XML 形式での出力を可能とした。これらのデータに基づいて数値分類解析、系統解析など様々な分類学的に必要な機能を装備した。
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The status quo of microbial genomic data available in the public domain: archaea and bacteria. (公開ゲノムの統計)
田中 尚人、平畠 壮規、宮崎 智、菅原 秀明
WFCC Newsletter 36 13 - 18 2002年12月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
2002年に国際塩基配列データベース (INSDC: DDBJ/GenBank/EMBL) に登録されている細菌およびアーキアのゲノムデータの統計情報についての報告。報告内容は登録菌種の系統解析を行い、対象微生物の系統群を調査し、また分離源の種類、例えば臨床株、自然環境株など、ゲノム解析の目的についての考察を記載し、微生物ゲノムの研究の今後の方向性について考察した。
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Isolation of Arthrobacter strains with their cystite formation. (Cystites 形成能を利用した Arthrobacter 属細菌の分離) 査読あり
田中 尚人、内村 泰、駒形 和男
J. Gen. Appl. Microbiol. 48 167 - 171 2002年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
系統的に cystites を形成するのは Arthrobacter 属の中でも A. globiformis group に含まれる種のみで、他属においてもそのような形成は見られない。また、形成条件の栄養ストレスはかなり生育に厳しい条件である。この条件で分離を行うと、cystites 形成能を有する Arthrobacter 属細菌が高頻度で得られることを本論文で報告した。
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The formation and structures of cystites of Arthrobacter ureafaciens NRIC 0157T induced by antibiotics. (Arthrobacter ureafaciens NRIC 0157T の cystites 形成と構造変化) 査読あり
田中 尚人、内村 泰、駒形 和男
J. Gen. Appl. Microbiol. 47 85 - 97 2001年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Arthrobacter ureafaciens NRIC 0157 が栄養的ストレスに加えて、テトラサイクリンなどタンパク合成阻害抗生物質によっても cystites を形成することを明らかにした。また、通常の細胞と cystites の状態の細胞構造を電子顕微鏡観察および成分分析により比較したところ、細胞壁成分のペプチドグリカン合成が遅延することで細胞壁が薄くなり細胞内容物の物理的圧力に耐えられず膨らんだ異常細胞であることが推定された。
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「Arthrobacter 属細菌のcystites形成について (博士論文)」
田中 尚人
東京農業大学 2001年03月
記述言語：日本語 掲載種別：学位論文（その他）
Arthrobacter ureafaciens NRIC 0157 が栄養的ストレスに加えて、テトラサイクリンなどタンパク合成阻害抗生物質によっても cystites を形成する現象を明らかにした。そして、通常の細胞と cystites の状態の細胞構造を電子顕微鏡観察および成分分析により比較したところ、細胞壁成分のペプチドグリカン合成が遅延することで細胞壁が薄くなり細胞内容物の物理的圧力に耐えられず膨らんだ異常細胞であることが推定された。
系統的に cystites を形成するのは Arthrobacter 属の中でも A. globiformis group に含まれる種のみで、他属においてもそのような形成は見られない。また、形成条件の栄養ストレスはかなり生育に厳しい条件である。
しかし、形成条件で分離を行うと、cystites 形成能を有する Arthrobacter 属細菌が高頻度で得られることも報告した。 -
The cystite formation of Arthrobacter ureafaciens NRIC 0157T. (Artheobacter ureafaciens NRIC 0157T の cystites 形成について) 査読あり
田中 尚人、内村 泰、駒形 和男
J. Gen. Appl. Microbiol. 46 167 - 178 2000年09月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Arthrobacter 属細菌は生活環で多型性を示すが、長期培養などにより偶発的に数倍の大きさの細胞の cystites といわれる状態になることが知られていた。本研究では窒素源とミネラルのアンバランスによる栄養的ストレスがその cystites 形成を誘導することを明らかにし、形成率を100%にすることを可能とした。また、本属の中でも細胞壁ペプチドグリカン組成が A3αタイプのみが形成し、進化系統的関係を反映した現象であることを明らかにした。
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「Arthrobacter 属細菌のcystites形成に関する研究 (修士論文)」
田中 尚人
東京農業大学 1998年03月
記述言語：日本語 掲載種別：学位論文（その他）
Arthrobacter 属細菌は生活環で多型性を示すが、長期培養などにより偶発的に数倍の大きさの細胞の cystites といわれる状態になることが知られていた。本研究では窒素源とミネラルのアンバランスによる栄養的ストレスがその cystites 形成を誘導することを明らかにし、形成率を100%にすることを可能とした。また、本属の中でも細胞壁ペプチドグリカン組成が A3αタイプのみが形成し、進化系統的関係を反映した現象であることを明らかにした。