論文 - 佐々木 剛
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アズマモグラおよびコウベモグラ（真無盲腸目：モグラ科）の D-loop 領域に基づく遺伝的多様性の評価
世取山 結菜, 佐々木 剛
神奈川自然誌資料 2024 ( 45 ) 39 - 45 2024年03月
記述言語：日本語 出版者・発行元：神奈川県立生命の星・地球博物館（旧神奈川県立博物館）
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3. アズマモグラおよびコウベモグラの舌乳頭の味蕾 査読あり
世取山結菜、佐々木剛
東京農大農学集報 3 ( 68 ) 84 - 91 2023年12月
担当区分：最終著者, 責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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2. Massive horizontal gene transfer and the evolution of nematomorph-driven behavioral manipulation of mandis 査読あり
Tappei Mishina, Ming-Chung Chiu, Yasuyuki Hashiguchi, Sayumi Oishi, Atsunari Sasaki, Ryuichi Okada, Hironobu Uchiyama, Takeshi Sasaki, Midori Sakura, Hirohiko Takeshima, Takuya Sato
( 33 ) 1 - 7 2023年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Distribution of the Eurasian otter (<i>Lutra lutra</i>) on isolated islands of Korea
KIM Hyeon-jin, HAN Sung-yong, SASAKI Takeshi, OGAWA Hiroshi, YAMAMOTO Kayoko, ANDO Motokazu
Environmental Information Science 2022 ( 2 ) 23 - 34 2023年05月
記述言語：英語 出版者・発行元：Center for Environmental Information Science
<p>For a species reintroduction to be successful, understanding the minimum viable population number is important. We examined the occurrence of Eurasian otters (<i>Lutra lutra</i>) on isolated islands to assess whether they can survive in small, isolated habitats. Spraints were investigated, and DNA analysis of the cytochrome <i>b</i> region was conducted, to determine if genetic differences existed between the island and mainland otter populations. Moreover, people living on 13 islands were interviewed for a questionnaire survey. Of the 13 islands, otters were confirmed to occur on nine. Three of these islands seemed too far (≥18 km) for otters to reach by swimming across the sea. Huksan Island is most isolated, with a straight distance of 65 km from the mainland, a sea-crossing distance of 31 km. Yeoseo Island is smallest of the islands, an area of 2.5 km<sup>2</sup>. Our results validated that otter populations inhabited some of these islands. The genetic analyses of otter spraints detected four haplotypes. Furthermore, one type was found in feces from a river on the mainland, 60 km away from the coast. Isolated islands must be considered when establishing a plan to protect the otter population.</p>
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Endo H., Tsunekawa N., Kudo K., Oshida T., Motokawa M., Sonoe M., Wanghongsa S., Tirawattanawanich C., Phimphachanhvongsod V., Sasaki T., Yonezawa T., Akishinonomiya F.
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution 8 ( 338 ) 542 - 551 2022年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：WILEY
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Yonezawa Takahiro, Nishibori Masahide, Yamamoto Yoshio, Sasaki Takeshi, Kudo Kohei, Ogawa Hiroshi, Endo Hideki, Akishinonomiya Fumihito
The Journal of Poultry Science 59 ( 4 ) 316 - 322 2022年
記述言語：英語 出版者・発行元：Japan Poultry Science Association
<p>Japanese native chickens (JNCs) comprise approximately 50 breeds, making Japan a diversity hotspot for native chicken breeds. JNCs were established through the repeated introduction of chickens from foreign countries. Jidori, which is the generic name of JNC breeds whose ancestral morphology resembles that of their wild progenitor (red junglefowls), is generally thought to have propagated from north East Asia (Korea and north China) to ancient Japan. However, mitochondrial haplogroup D, which is abundant in Island Southeast Asia (ISEA) as well as the Pacific but relatively rare in other regions, can be observed in some Jidori breeds (e.g., Tosa-Jidori, Tokuji-Jidori) with high frequency, leading to speculation that chickens from ISEA or the Pacific also contributed genetically to JNCs. To test this hypothesis, we sequenced the mitochondrial genomes of Jidori breeds and conducted phylogeographic analysis. Our results indicate that the JNC Haplogroup D belongs to Sub-haplogroup D2, which is currently only observed in Xinjiang, northwest China, and not to Sub-haplogroup D1, which is widely distributed in the ISEA-Pacific region. The other mitochondrial haplogroups of Jidori examined in this study also showed affinity to those of chickens native to north East Asia. Therefore, our findings support the north East Asian origin hypothesis for Jidori.</p>
DOI： 10.2141/jpsa.0220027
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Tappei Mishina, Hirohiko Takeshima, Mikumi Takada, Kei’ichiro Iguchi, Chunguang Zhang, Yahui Zhao, Ryouka Kawahara-Miki, Yasuyuki Hashiguchi, Ryoichi Tabata, Takeshi Sasaki, Mutsumi Nishida & Katsutoshi Watanabe
Scientific Reports 11 ( 11 ) 22485 2021年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Springer Nature
ミトコンドリアDNA塩基配列、次世代シーケンサーによる核ゲノムシーケンスおよびRNA-seq、マイクロサテライト多型解析から雌だけで繁殖するフナの起源を明らかにし、またクローン繁殖であるにも関わらず、大きな遺伝的多様性をもつ理由を明らかにした。
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八重山諸島の農業生態系における 両生爬虫類相に関する研究 査読あり
芳賀沙也花・佐々木剛
東京農大農学集報 2 ( 66 ) 36 - 43 2021年09月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
農地は食料生産のみならず生物多様性の保全効果があるなど，農地の多面的機能には近年注目が高まっている。石垣島、西表島の農地（水田とサトウキビ畑）６地点と森林２地点に生息する両生爬虫類相を調査し、農地における生物相の特徴を評価した。その結果、多くの森林依存性の両生類・爬虫類が両島の農地で確認され，農地間で生物相に違いが見られた。この違いは農地が立地する周辺の森林環境の差異によるものと示唆された。本研究による石垣島と西表島の農地に生息する両生類・爬虫類相調査はこれらの島の農地が琉球列島の生物多様性を維持する機能を有した農業生態系である可能性を示した。
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Morphological characteristics and embryogenesis of the vomeronasal organ and associated structures in the Japanese grass lizard, Takydromus tachydromoides (Squamata: Lacertoidea: Lacertidae) 査読あり
Kentaro Okuyama and Takeshi Sasaki
Ichthyology & Herpetology 3 ( 109 ) 691 - 704 2021年08月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.1643/h2020163
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Kentaro Okuyama, Yume Sakuma, and Takeshi Sasaki
Current Herpetology 40 ( 1 ) 66 - 76 2021年02月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：日本爬虫両棲類学会
本研究はニホンカナヘビ産卵後から孵化までの胚発生過程を247個の標本を用いて観察した。その結果、産卵後17の連続した発生段階を特定することができた。産卵日の最も若い胚は咽頭期のステージ26に該当し、幼体は産卵後約30日でステージ42で孵化した。本研究はカナヘビ科の卵生種の産卵後の連続した発生段階を報告した最初の研究であり、今後の進化発生学的研究に有用な情報を提供する。
DOI： 10.5358/hsj.40.66
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The origin and history of native Japanese chickens based on the mitochondrial DNA
Takahiro Yonezawa, Masaoki Tsudzuki, Yasutaka Imamura, Masaharu Matsuzaki, Shogo Matsunaga, Satoru Fukagawa, Hiroshi Ogawa, Takeshi Sasaki, Fumihito Akishinonomiya and Yoshio Yamamoto
Archivio per l'Antropologia e la Etnologia ( CL ) 67 - 89 2021年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究は149個体13の在来日本鶏のミトコンドリアDループ配列を用いて、日本で確立された在来鶏品種の起源と歴史の解明を試みた。先行研究で報告された5563個体のアジア産鶏のDループ配列とともに系統地理学および集団遺伝学的分析を行った。その結果、在来の日本鶏の遺伝的要素は東アジア北部地域のものに近縁であることが示唆された。地鶏とされる品種は４つのグループに分けられ、それらがおそらく中国と韓国から日本へ複数の起源をもって由来したと考えられた。
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マイクロサテライト遺伝子座を利用した日本産ハーバーシールの個体識別法 査読あり
水野米利子、小林万里、佐々木剛
東京農大農学集報 65 ( 1 ) 33 - 38 2020年06月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Mitochondrial DNA reveals secondary contact in Japanese harbor seals, the southernmost population in the western Pacific
Mariko Mizuno, Takeshi Sasaki, Mari Kobayashi, Takayuki Haneda and Takahito Masubuchi
PLOS ONE 13 ( 1 ) e0191329 2018年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Geographical variation in the skeletal morphology of Red Jungle Fowl
Endo H, Tsunekawa N, Sonoe M, Sasaki T, Ogawa H, Amano T, Son NT, Phimphachanhvongsod V, Kudo K, Yonezawa T, Akishinonomiya F
British Poultry Science 4 ( 58 ) 348 - 357 2017年
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Coordinately Co-opted Multiple Transposable Elements Constitute an Enhancer for wnt5a Expression in the Mammalian Secondary Palate 査読あり
Hidenori Nishihara, Naoki Kobayashi, Chiharu Kimura-Yoshida, Kuo Yan, Olga Bormuth, Qiong Ding, Akiko Nakanishi, Takeshi Sasaki, Mika Hirakawa, Kenta Sumiyama, Yasuhide Furuta, Victor Tarabykin, Isao Matsuo, Norihiro Okada
PLOS Genetics 12 ( 10 ) e1006380 2016年10月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Evolutionary History of the Extinct Otter Lived in Japanese Islands 査読あり
Daisuke Waku and Takeshi Sasaki
Advanced Techniques in Biology & Medicine 4 ( 4 ) - 2016年09月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Evaluating the phylogenetic status of the extinct Japanese otter on the basis of mitochondrial genome analysis 査読あり
Daisuke Waku, Takahiro Segawa, Takahiro Yonezawa, Takeshi Sasaki 他7名
PLOS ONE 3 ( 11 ) e0149341 2016年02月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究はニホンカワウソが日本固有の種もしくは亜種だった可能性が高いことをDNA解析により明らかにした。本研究では絶滅したニホンカワウソの剥製からDNAを抽出し、次世代シーケンサーを用いてミトコンドリアゲノム配列を決定し、分子系統解析を行った。その結果ニホンカワウソは約127万年前に大陸から日本に渡って来た日本固有の系統であることを明らかにした。本研究は絶滅してしまった日本固有種の価値を見直すとともに、日本の生物多様性を理解するうえで重要な発見である。
DOI： 10.1371/journal.pone.0149341
その他リンク： http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0149341
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日本動物園水族館協会の管理するユーラシアカワウソの遺伝的多様性と繁殖計画 査読あり
和久大介, 穴田美佳, 小川 博, 安藤元一, 佐々木剛
東京農大農学集報 60 ( 3 ) 144 - 150 2015年
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
日本の動物園のユーラシアカワウソにはA-line（欧州亜種系統）とB-line（欧州亜種・東南アジア亜種交雑系統）が存在する。本研究はミトコンドリアDNAのcyt b遺伝子配列（1140 bp）をA-line，B-line 各1 個体，中国亜種2 個体から決定し，先行研究の配列を加えて系統解析をおこなった。その結果，先行研究と同様にB-line は中国亜種、A-line は欧州亜種とクレイドを形成した。本研究の成果は動物園における本種の今後の繁殖計画策定に貢献するものである。
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群馬県に生息するツキノワグマの遺伝的集団構造 査読あり
佐々木剛, 和久井諒,米澤隆弘, 姉崎智子 他３名
群馬県立自然史博物館研究報告 18 157 - 164 2014年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
本研究は33個体の群馬県産ツキノワグマのミトコンドリアDNA調節領域配列を決定し、先行研究の30個体とともにハプロタイプ分析を行った。その結果、南西部集団の存在が改めて確認され、嬬恋村と中之条町の間に分布の境界線が存在する可能性が示唆された。本研究の成果はクマによる人的被害の解決に向けて保全を軸とした管理に重要な知見を与えるとともに、ツキノワグマの生態の理解に寄与するものである。
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Phylogeography and demography of the red junglefowl and its domestication process revealed by mitochondrial DNA sequences
Takeshi Sasaki, Takahiro Yonezawa and Kaori Wada
The Proceeding of Human-Chicken Multi-Relationships (HCMR) Symposium 37 - 47 2014年
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
東南アジアに生息するセキショクヤケイ４０個体のミトコンドリアDNA調節領域配列を決定し、既存のデータ（87個体）とともに分子系統解析を行った。その結果、G.g.bankivaとスマトラ産G.g.gallusを除いたセキショクヤケイは大陸クレイドとして１つの系統群を形成した。しかしながら、形態に基づく５亜種の違いは遺伝子解析では反映されなかった。ニワトリ家畜化の起源を明らかにする目的で262品種とともに系統解析を行なったところ、セキショクヤケイは複数のクレイドでニワトリ品種と単系統群を形成した。これによりニワトリの起源は複数あることが確認された。
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ミトコンドリアDNAハプロタイプ分析による群馬県ツキノワグマ集団の遺伝的多様性 査読あり
佐々木剛, 和久井諒,米澤隆弘, 姉崎智子 他１名
東京農大農学集報 58 ( 2 ) 49 - 56 2013年09月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
群馬県ツキノワグマの遺伝的多様性を明らかにするため、ツキノワグマ30個体のミトコンドリアDNA配列部分を決定し、ハプロタイプ分析を行った。その結果、群馬県のツキノワグマは3つの集団（南西部、中之条、北東部）に分かれることが示唆された。これらは適正管理計画で人為的に設定された地域個体群（越後・三国地域個体群と関東山地個体群）とは異なった。今後ツキノワグマの適切な保全計画を実施するためにも現在の分布境界線を見直していく必要がある。
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Influence of in vitro culture system on development of quail embryo 査読あり
Fukunaga, I., Sasaki, T., Ando, M., Hashimoto, K., Ogawa, H.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 1 ) 6 - 12 2013年06月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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人工容器での培養開始時期がニホンウズラ胚の外部計測値とカルシウム及びマグネシウムの含有量に与える影響 査読あり
福永一朗,佐々木剛,橋本光一郎,小川博 他3名
東京農業大学農学集報 58 ( 1 ) 29 - 35 2013年06月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
人工容器を用いた鳥類胚の培養から孵化までの技術を確立する目的で、人工容器で培養したニホンウズラ胚における形態変化、カルシウム(Ca)およびマグネシウム(Mg)含有量を調べた。人工容器による培養では、培養を開始する時期に関係なく、乳酸カルシウムや卵殻粉末を添加しても胚成長に必要なカルシウムやマグネシウムが十分吸収されないことが明らかとなった。
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Phylogeny and biogeography of highly diverged freshwater fish species (Leuciscinae, Cyprinidae, Teleostei) inferred from mitochondrial genome analysis 査読あり
J.M. Imoto, K. Saitoh, T. Sasaki, T. Yonezawa, J. Adachi, Y.P. Kartavtsev, M. Miya, M. Nishida, N. Hanzawa
Gene 514 ( 514 ) 112 - 124 2012年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究はコイ科ウグイ亜科の進化多様性についてミトコンドリアゲノム情報をもとに分子系統解析を行い、その系統関係および地史を推定した。
DOI： 10.1016
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ホロホロチョウ雄とニワトリ雌の異種間交雑雑種における血漿テストステロン濃度の日内変動 査読あり
福永一朗、佐々木剛、安藤元一、小川博
東京農大農学集報 57 ( 2 ) 115 - 118 2012年09月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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A SINE-Derived Element Constitutes a Unique Modular Enhancer for Mammalian Diencephalic Fgf8 査読あり
Nakanishi A, Kobayashi N, Suzuki-Hirano A, Nishihara H, Sasaki T, Hirakawa M, Sumiyama K, Shimogori T, Okada N
PLoS ONE 7 ( 8 ) e43785 2012年08月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
哺乳類の脳形成におけるFgf8遺伝子の発現はレトロポゾンAmnSINE1の挿入によって転写制御機能を獲得し、それは哺乳類特有の発達した脳をもたらすこととなった。本研究では哺乳類の脳形成におけるFgf8遺伝子の転写調節領域の詳細な解析を行っている。
DOI： 10.1371
その他リンク： http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0043785
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イヌ脳由来神経栄養因子（BDNF）遺伝子の多型検索および一塩基多型（-72G>A, 60C>A）と活動性ー恐怖性スコアとの関連性 査読あり
木島愛美、増田宏司、佐々木剛、土田あさみ、大石孝雄
東京農大農学集報 57 ( 1 ) 71 - 77 2012年06月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
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A mammalian conserved element derived from SINE displays enhancer properties recapitulating Satb2 expression in early-born callosal projection neurons 査読あり
K. Tashiro, A. Teissier, N. Kobayashi, A. Nakanishi, T. Sasaki, K. Yan, V. Tarabykin, L. Vigier, K. Sumiyama, M. Hirakawa, H. Nishihara, A. Pierani, N. Okada
PLoS ONE 6 ( 12 ) e28497 2011年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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A genetically distinct coelacanth population off the northern Tanzanian coast 査読あり
Masato Nikaido , Takeshi Sasaki , Wen-Hsiung Li, Norihiro Okada 他７名
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 ( 44 ) 18009 - 18013 2011年11月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究はタンザニア産およびコモロ産２３個体のシーラカンスからミトコンドリアゲノム配列を決定し、既存データを加えて計４７個体分のデータで分子進化学的解析を行った。標本の遺伝的分化の程度を検証したところタンザニア産とコモロ産の間には優位な分化が認められたが、南アフリカ産とコモロ産の間には分化はなかった。さらに遺伝的データからタンザニア集団とコモロ集団は少なくとも２０万年前に分化したことが試算された。
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Emergence of mammals by emergency: exaptation 査読あり
Norihiro Okada, Takeshi Sasaki, Tomomi Shimogori, Hidenori Nishihara
Genes to Cells ( 15 ) 801 - 812 2010年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
近年、現生哺乳類の種間で高度に保存された配列の一部が転移因子SINE由来であることが明らかにされ、SINEが哺乳類の進化において遺伝子制御機構において重要な役割を担ったと考えられるようになった。著者らはトランスジェニックマウスを用いたエンハンサー解析を行い、SINE由来配列の２遺伝子座が哺乳類発生期の脳形成に関与する遺伝子の転写調節機能を担っていることを明らかにした。哺乳類の形態進化とそこで起きた分子機構変化に関する最新の知見を述べた論文である。
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Possible involvement of SINEs in mammalian-specific brain formation
Takeshi Sasaki, H Nishihara, M Hirakawa, K Fujimura 他８名
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ( 105 ) 4220 - 4225 2008年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
近年、現生哺乳類の種間で高度に保存された配列の一部が転移因子SINE由来であることが明らかにされた。この現象はSINEが哺乳類の遺伝子制御機構において何らかの機能を担っていることを示唆している。そこで本研究はその機能を明らかにすべくトランスジェニックマウスを用いたエンハンサー解析を行った。その結果、我々はSINE由来配列の２遺伝子座が哺乳類発生期の脳形成に関与する遺伝子の転写調節機能を担っていることを明らかにした。
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Genetic Divergence and Phylogenetic Independence of Far Eastern Species in Subfamily Leuciscinae (Pisces: Cyprinidae) Inferred from Mitochondrial DNA Analyses
Takeshi Sasaki, Y P. Kartavtsev, SN. Chiba, N Hanzawa 他2名
Genes & Genetic Systems ( 82 ) 329 - 340 2007年08月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ウグイ亜科45種を用いた大規模な分子系統解析を行った。極東地域にはウグイ属、アブラハヤ属などの少数のウグイ亜科魚類が生息するがウグイ亜科全体で考えるとヨーロッパ、北米大陸に多数分布しているため、極東ウグイ亜科の由来はヨーロッパ（ユーラシア大陸）の派生系統と考えられてきた。そのような知見に対し本研究は極東産ウグイ亜科が古くから独立した系統として進化した証拠を遺伝子解析によって明確に示した。
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Mitogenomic analysis for coelacanths (Latimeria chalumnae) caught in Tanzania
Takeshi Sasaki, Tetsu Sato, Seiko Miura, Philip O.J. Bwathondi, Benjamin P. Ngatunga, Norihiro Okada
Gene 2007年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究はタンザニア産シーラカンス2個体のミトコンドリアゲノムを決定し、同種のコモロ産西インド洋シーラカンスと別種のインドネシア産インドネシアシーラカンスのゲノムと比較した。その結果、タンザニア産とコモロ産は同種程度の遺伝的距離であるが、東アフリカ沿岸特有の遺伝子型（ハプロタイプ）が本研究により発見され、未だ知られていない東アフリカ沿岸におけるシーラカンス大集団の存在の可能性が示唆された。
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Divergent Selection on Opsins Drives Incipient Speciation in Lake Victoria Cichlids
Y Terai, O Seehausen, Takeshi Sasaki, K Takahashi, S Mizoiri, T Sugawara, T Sato and 7 others
PLoS Biology 2006年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
アフリカ大地溝帯に位置するヴィクトリア湖には500種にも及ぶ固有のカワスズメ科魚類シクリッドが生息しており、極めて短期間に種分化を起こしてきたと考えられている。本研究はシクリッドの視覚の適応とそれに伴う婚姻色の進化が種の分化形成を引き起こす可能性について検証するため、様々な光環境に生息する多くの種のオプシン遺伝子の種間での差異と機能的な違いについて解析した。その結果、配列解析と機能解析からオプシンが異なる光環境に適応的に進化していることが明らかになった。
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Extensive Morphological Convergence and Rapid Radiation in the Evolutionary History of the family Geoemydidae (Old World Pond Turtle) Revealed by SINE Insertion Analysis
Takeshi Sasaki, Y Yasukawa, K Takahashi, S Miura, A M. Shedlock, N Okada
Systematic Biology 2006年12月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
リクガメ上科はカメ目でもっとも繁栄した分類群で世界各地に分布し多様な形態を示す。それゆえ形態に基づく系統分類は難しく未だに分類体型が確立されていない。そこで本研究はSasaki et al. (2004)の成果（学術論文３）を踏まえSINE挿入パターンによる潜頸亜目リクガメ上科の分子系統解析を行った。その結果リクガメ上科は始新世に急速に種分化し、現存種の基礎となる4系統に分かれたことが示唆された。
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Balaenoptera omurai is a newly discovered baleen whale that represents an ancient evolutionary lineage
Takeshi Sasaki, M Nikaido, S Wada, T K. Yamada, Y Cao, Mi Hasegawa, N Okada
Molecular Phylogenetics and Evolution 2006年10月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
2003年にヒゲクジラ類の新種ツノシマクジラが発見されたのだが、その系統的位置や進化史は不明なままであった。本研究は我々の先行研究で明らかとなったヒゲクジラ類系統に新たにツノシマクジラを加え、ミトコンドリアゲノムと転移因子SINEの挿入パターンに基づき分子系統解析を行った。その結果、ツノシマクジラは1500万年以上前に独立した系統として分化し、独自の進化を遂げた分類群であることが明らかとなった。この貴重な新種ツノシマクジラ保護の観点からも重要な知見を示す論文である。
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Baleen whale phylogeny and a past extensive radiation event revealed by SINE insertion analysis
M Nikaido, H Hamilton, H Makino, Takeshi Sasaki, K Takahashi, M Goto, N Kanda, LA. Pastene, N Okada
Molecular Biology and Evolution 2006年05月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
2005年Sasakiら（学術論文４参照）のミトコンドリア系統解析につづき、本研究は核ゲノムのSINE挿入パターンを指標としたヒゲクジラ類の分子系統解析である。解析の結果、ナガスクジラ科＋コククジラ科主要4系統間でのSINEの挿入パターンに矛盾した関係が見られ（incomplete lineage sorting）、これはナガス＋コクの祖先集団で過去に急速な種分化（適応放散）が起きたことを表していると示唆された。
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Mitochondrial phylogenetics and evolution of mysticete whales
Takeshi Sasaki, M Nikaido, H Hamilton, M Goto, ... RE Fordyce, M Hasegawa, N Okada and 4 others
Systematic Biology 2005年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
クジラ目ヒゲクジラ亜目には12種存在することが知られているが、その巨大な体や欧米に見られる保護活動の流れから十分な形態分類がなされず系統分類は停滞していた。本研究ではミトコンドリアゲノム配列に基づき全種の分子系統解析を行いヒゲクジラ類の謎に満ちた系統進化を評価した。解析の結果、ナガスクジラ科＋コククジラ科に主要な４系統が存在し、それらは約2000万年前の海洋環境変化に伴い急速に適応放散したという新しい知見が得られた。クジラ研究、分子系統研究で現在も頻繁に引用される論文の一つである。
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First Application of the SINE (Short Interspersed Repetitive Element) Method to Infer Phylogenetic Relationships in Reptiles: An Example from the Turtle Superfamily Testudinoidea
Takeshi Sasaki, Kazuhiko Takahashi, Masato Nikaido, Seiko Miura, Yuichirou Yasukawa, Norihiro Okada
Molecular Biology and Evolution 2004年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
SINEは転移因子の一種である。本研究はカメ目潜頸亜目のゲノムに存在するSINE (tortoise polIII/SINE)について系統内でのSINEの分布とサブファミリーの分類を行った。その結果、潜頸亜目SINEは末端配列の特徴から大きく２つのサブファミリーに分類され、さらに系統進化を反映した小分類（9サブタイプ）の分布が明らかとなった。以上の分類をもとにカメ種間のゲノムにおけるSINEの挿入パターンから系統関係を推定することに成功した。
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Afrotherian phylogeny as inferred from complete mitochondrial genomes
Yumie Murata, Masato Nikaido, Takeshi Sasaki, Ying Cao, Yukio Fukumoto, Masami Hasegawa,他１名
Molecular Phylogenetics and Evolution 2003年04月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
アフロセリアは形態変化に富んだ６つの目（order）の哺乳類が集まった分類群であり、ゴンドワナ大陸の分裂が起きた約1億年前に起源を持つとされている。この6目はその形態変異性から形態学的には遠縁のものと考えられてきたが、近年の分子系統解析によってその近縁性が証明された比較的新しい分類群である。本研究は分子系統解析を行いミトコンドリアゲノムの観点からもアフロセリアの単系統性が指示されることを示した。
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Genetic divergence of far-eastern dace species belonging to the genus Tribolodon (Pisces, Cyprinidae)
Yuri P. Kartavtsev, Vladimir V. Sviridov, Naoto Hanzawa, Takeshi Sasaki
Russian Journal of Genetics, 2002年04月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
極東産ウグイ属Tribolodonは現在4種に分類されているが、非常に似通った形態を示すことからその分類体系は混乱している。本研究ではウグイ属4種の遺伝的分化を検証するため、種間の遺伝的分化の指標として広く用いられているアロザイムマーカーの分析を行いウグイ属4種が極東地域全体で種ごとに遺伝的に分化していることを分子生物学的手法で証明した。