論文 - 佐々木 剛
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アズマモグラおよびコウベモグラ（真無盲腸目：モグラ科）の D-loop 領域に基づく遺伝的多様性の評価
世取山 結菜, 佐々木 剛
神奈川自然誌資料 2024 ( 45 ) 39 - 45 2024年03月
記述言語：日本語 出版者・発行元：神奈川県立生命の星・地球博物館（旧神奈川県立博物館）
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3. アズマモグラおよびコウベモグラの舌乳頭の味蕾 査読あり
世取山結菜、佐々木剛
東京農大農学集報 3 ( 68 ) 84 - 91 2023年12月
担当区分：最終著者, 責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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2. Massive horizontal gene transfer and the evolution of nematomorph-driven behavioral manipulation of mandis 査読あり
Tappei Mishina, Ming-Chung Chiu, Yasuyuki Hashiguchi, Sayumi Oishi, Atsunari Sasaki, Ryuichi Okada, Hironobu Uchiyama, Takeshi Sasaki, Midori Sakura, Hirohiko Takeshima, Takuya Sato
( 33 ) 1 - 7 2023年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Distribution of the Eurasian otter (<i>Lutra lutra</i>) on isolated islands of Korea
KIM Hyeon-jin, HAN Sung-yong, SASAKI Takeshi, OGAWA Hiroshi, YAMAMOTO Kayoko, ANDO Motokazu
Environmental Information Science 2022 ( 2 ) 23 - 34 2023年05月
記述言語：英語 出版者・発行元：Center for Environmental Information Science
<p>For a species reintroduction to be successful, understanding the minimum viable population number is important. We examined the occurrence of Eurasian otters (<i>Lutra lutra</i>) on isolated islands to assess whether they can survive in small, isolated habitats. Spraints were investigated, and DNA analysis of the cytochrome <i>b</i> region was conducted, to determine if genetic differences existed between the island and mainland otter populations. Moreover, people living on 13 islands were interviewed for a questionnaire survey. Of the 13 islands, otters were confirmed to occur on nine. Three of these islands seemed too far (≥18 km) for otters to reach by swimming across the sea. Huksan Island is most isolated, with a straight distance of 65 km from the mainland, a sea-crossing distance of 31 km. Yeoseo Island is smallest of the islands, an area of 2.5 km<sup>2</sup>. Our results validated that otter populations inhabited some of these islands. The genetic analyses of otter spraints detected four haplotypes. Furthermore, one type was found in feces from a river on the mainland, 60 km away from the coast. Isolated islands must be considered when establishing a plan to protect the otter population.</p>
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Endo H., Tsunekawa N., Kudo K., Oshida T., Motokawa M., Sonoe M., Wanghongsa S., Tirawattanawanich C., Phimphachanhvongsod V., Sasaki T., Yonezawa T., Akishinonomiya F.
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution 8 ( 338 ) 542 - 551 2022年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：WILEY
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Yonezawa Takahiro, Nishibori Masahide, Yamamoto Yoshio, Sasaki Takeshi, Kudo Kohei, Ogawa Hiroshi, Endo Hideki, Akishinonomiya Fumihito
The Journal of Poultry Science 59 ( 4 ) 316 - 322 2022年
記述言語：英語 出版者・発行元：Japan Poultry Science Association
<p>Japanese native chickens (JNCs) comprise approximately 50 breeds, making Japan a diversity hotspot for native chicken breeds. JNCs were established through the repeated introduction of chickens from foreign countries. Jidori, which is the generic name of JNC breeds whose ancestral morphology resembles that of their wild progenitor (red junglefowls), is generally thought to have propagated from north East Asia (Korea and north China) to ancient Japan. However, mitochondrial haplogroup D, which is abundant in Island Southeast Asia (ISEA) as well as the Pacific but relatively rare in other regions, can be observed in some Jidori breeds (e.g., Tosa-Jidori, Tokuji-Jidori) with high frequency, leading to speculation that chickens from ISEA or the Pacific also contributed genetically to JNCs. To test this hypothesis, we sequenced the mitochondrial genomes of Jidori breeds and conducted phylogeographic analysis. Our results indicate that the JNC Haplogroup D belongs to Sub-haplogroup D2, which is currently only observed in Xinjiang, northwest China, and not to Sub-haplogroup D1, which is widely distributed in the ISEA-Pacific region. The other mitochondrial haplogroups of Jidori examined in this study also showed affinity to those of chickens native to north East Asia. Therefore, our findings support the north East Asian origin hypothesis for Jidori.</p>
DOI： 10.2141/jpsa.0220027
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Tappei Mishina, Hirohiko Takeshima, Mikumi Takada, Kei’ichiro Iguchi, Chunguang Zhang, Yahui Zhao, Ryouka Kawahara-Miki, Yasuyuki Hashiguchi, Ryoichi Tabata, Takeshi Sasaki, Mutsumi Nishida & Katsutoshi Watanabe
Scientific Reports 11 ( 11 ) 22485 2021年11月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Springer Nature
ミトコンドリアDNA塩基配列、次世代シーケンサーによる核ゲノムシーケンスおよびRNA-seq、マイクロサテライト多型解析から雌だけで繁殖するフナの起源を明らかにし、またクローン繁殖であるにも関わらず、大きな遺伝的多様性をもつ理由を明らかにした。
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八重山諸島の農業生態系における 両生爬虫類相に関する研究 査読あり
芳賀沙也花・佐々木剛
東京農大農学集報 2 ( 66 ) 36 - 43 2021年09月
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
農地は食料生産のみならず生物多様性の保全効果があるなど，農地の多面的機能には近年注目が高まっている。石垣島、西表島の農地（水田とサトウキビ畑）６地点と森林２地点に生息する両生爬虫類相を調査し、農地における生物相の特徴を評価した。その結果、多くの森林依存性の両生類・爬虫類が両島の農地で確認され，農地間で生物相に違いが見られた。この違いは農地が立地する周辺の森林環境の差異によるものと示唆された。本研究による石垣島と西表島の農地に生息する両生類・爬虫類相調査はこれらの島の農地が琉球列島の生物多様性を維持する機能を有した農業生態系である可能性を示した。
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Morphological characteristics and embryogenesis of the vomeronasal organ and associated structures in the Japanese grass lizard, Takydromus tachydromoides (Squamata: Lacertoidea: Lacertidae) 査読あり
Kentaro Okuyama and Takeshi Sasaki
Ichthyology & Herpetology 3 ( 109 ) 691 - 704 2021年08月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DOI： 10.1643/h2020163
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Kentaro Okuyama, Yume Sakuma, and Takeshi Sasaki
Current Herpetology 40 ( 1 ) 66 - 76 2021年02月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：日本爬虫両棲類学会
本研究はニホンカナヘビ産卵後から孵化までの胚発生過程を247個の標本を用いて観察した。その結果、産卵後17の連続した発生段階を特定することができた。産卵日の最も若い胚は咽頭期のステージ26に該当し、幼体は産卵後約30日でステージ42で孵化した。本研究はカナヘビ科の卵生種の産卵後の連続した発生段階を報告した最初の研究であり、今後の進化発生学的研究に有用な情報を提供する。
DOI： 10.5358/hsj.40.66
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The origin and history of native Japanese chickens based on the mitochondrial DNA
Takahiro Yonezawa, Masaoki Tsudzuki, Yasutaka Imamura, Masaharu Matsuzaki, Shogo Matsunaga, Satoru Fukagawa, Hiroshi Ogawa, Takeshi Sasaki, Fumihito Akishinonomiya and Yoshio Yamamoto
Archivio per l'Antropologia e la Etnologia ( CL ) 67 - 89 2021年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究は149個体13の在来日本鶏のミトコンドリアDループ配列を用いて、日本で確立された在来鶏品種の起源と歴史の解明を試みた。先行研究で報告された5563個体のアジア産鶏のDループ配列とともに系統地理学および集団遺伝学的分析を行った。その結果、在来の日本鶏の遺伝的要素は東アジア北部地域のものに近縁であることが示唆された。地鶏とされる品種は４つのグループに分けられ、それらがおそらく中国と韓国から日本へ複数の起源をもって由来したと考えられた。
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マイクロサテライト遺伝子座を利用した日本産ハーバーシールの個体識別法 査読あり
水野米利子、小林万里、佐々木剛
東京農大農学集報 65 ( 1 ) 33 - 38 2020年06月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Mitochondrial DNA reveals secondary contact in Japanese harbor seals, the southernmost population in the western Pacific
Mariko Mizuno, Takeshi Sasaki, Mari Kobayashi, Takayuki Haneda and Takahito Masubuchi
PLOS ONE 13 ( 1 ) e0191329 2018年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Geographical variation in the skeletal morphology of Red Jungle Fowl
Endo H, Tsunekawa N, Sonoe M, Sasaki T, Ogawa H, Amano T, Son NT, Phimphachanhvongsod V, Kudo K, Yonezawa T, Akishinonomiya F
British Poultry Science 4 ( 58 ) 348 - 357 2017年
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Coordinately Co-opted Multiple Transposable Elements Constitute an Enhancer for wnt5a Expression in the Mammalian Secondary Palate 査読あり
Hidenori Nishihara, Naoki Kobayashi, Chiharu Kimura-Yoshida, Kuo Yan, Olga Bormuth, Qiong Ding, Akiko Nakanishi, Takeshi Sasaki, Mika Hirakawa, Kenta Sumiyama, Yasuhide Furuta, Victor Tarabykin, Isao Matsuo, Norihiro Okada
PLOS Genetics 12 ( 10 ) e1006380 2016年10月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Evolutionary History of the Extinct Otter Lived in Japanese Islands 査読あり
Daisuke Waku and Takeshi Sasaki
Advanced Techniques in Biology & Medicine 4 ( 4 ) - 2016年09月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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Evaluating the phylogenetic status of the extinct Japanese otter on the basis of mitochondrial genome analysis 査読あり
Daisuke Waku, Takahiro Segawa, Takahiro Yonezawa, Takeshi Sasaki 他7名
PLOS ONE 3 ( 11 ) e0149341 2016年02月
担当区分：責任著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
本研究はニホンカワウソが日本固有の種もしくは亜種だった可能性が高いことをDNA解析により明らかにした。本研究では絶滅したニホンカワウソの剥製からDNAを抽出し、次世代シーケンサーを用いてミトコンドリアゲノム配列を決定し、分子系統解析を行った。その結果ニホンカワウソは約127万年前に大陸から日本に渡って来た日本固有の系統であることを明らかにした。本研究は絶滅してしまった日本固有種の価値を見直すとともに、日本の生物多様性を理解するうえで重要な発見である。
DOI： 10.1371/journal.pone.0149341
その他リンク： http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0149341
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日本動物園水族館協会の管理するユーラシアカワウソの遺伝的多様性と繁殖計画 査読あり
和久大介, 穴田美佳, 小川 博, 安藤元一, 佐々木剛
東京農大農学集報 60 ( 3 ) 144 - 150 2015年
担当区分：責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
日本の動物園のユーラシアカワウソにはA-line（欧州亜種系統）とB-line（欧州亜種・東南アジア亜種交雑系統）が存在する。本研究はミトコンドリアDNAのcyt b遺伝子配列（1140 bp）をA-line，B-line 各1 個体，中国亜種2 個体から決定し，先行研究の配列を加えて系統解析をおこなった。その結果，先行研究と同様にB-line は中国亜種、A-line は欧州亜種とクレイドを形成した。本研究の成果は動物園における本種の今後の繁殖計画策定に貢献するものである。
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群馬県に生息するツキノワグマの遺伝的集団構造 査読あり
佐々木剛, 和久井諒,米澤隆弘, 姉崎智子 他３名
群馬県立自然史博物館研究報告 18 157 - 164 2014年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（大学，研究機関等紀要）
本研究は33個体の群馬県産ツキノワグマのミトコンドリアDNA調節領域配列を決定し、先行研究の30個体とともにハプロタイプ分析を行った。その結果、南西部集団の存在が改めて確認され、嬬恋村と中之条町の間に分布の境界線が存在する可能性が示唆された。本研究の成果はクマによる人的被害の解決に向けて保全を軸とした管理に重要な知見を与えるとともに、ツキノワグマの生態の理解に寄与するものである。
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Phylogeography and demography of the red junglefowl and its domestication process revealed by mitochondrial DNA sequences
Takeshi Sasaki, Takahiro Yonezawa and Kaori Wada
The Proceeding of Human-Chicken Multi-Relationships (HCMR) Symposium 37 - 47 2014年
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
東南アジアに生息するセキショクヤケイ４０個体のミトコンドリアDNA調節領域配列を決定し、既存のデータ（87個体）とともに分子系統解析を行った。その結果、G.g.bankivaとスマトラ産G.g.gallusを除いたセキショクヤケイは大陸クレイドとして１つの系統群を形成した。しかしながら、形態に基づく５亜種の違いは遺伝子解析では反映されなかった。ニワトリ家畜化の起源を明らかにする目的で262品種とともに系統解析を行なったところ、セキショクヤケイは複数のクレイドでニワトリ品種と単系統群を形成した。これによりニワトリの起源は複数あることが確認された。