Papers - SASAKI Takeshi
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Genetic Diversity of the Asiatic Black Bear (Ursus thibetanus) in Gunma Prefecture based on Mitochondrial DNA Analysis Reviewed
Sasaki, T., Wakui, R., Waku, D., Yonezawa, T., Anezaki, T.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 2 ) 49 - 56 2013.09
Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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Influence of in vitro culture system on development of quail embryo Reviewed
Fukunaga, I., Sasaki, T., Ando, M., Hashimoto, K., Ogawa, H.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 1 ) 6 - 12 2013.06
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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The different starts and effects of embryo culture system using an artificial vessel on the quail embryo's external measurement, magnesium and calcium contents Reviewed
Fukunaga, I., Sasaki, T., Ando, M., Kimira, Y., Uehara, M., Hashimoto, K. and Ogawa, H.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 1 ) 29 - 35 2013.06
Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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Phylogeny and biogeography of highly diverged freshwater fish species (Leuciscinae, Cyprinidae, Teleostei) inferred from mitochondrial genome analysis Reviewed
J.M. Imoto, K. Saitoh, T. Sasaki, T. Yonezawa, J. Adachi, Y.P. Kartavtsev, M. Miya, M. Nishida, N. Hanzawa
Gene 514 ( 514 ) 112 - 124 2012.11
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はコイ科ウグイ亜科の進化多様性についてミトコンドリアゲノム情報をもとに分子系統解析を行い、その系統関係および地史を推定した。
DOI： 10.1016
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Diurnal variations in plasma testosterone level in the male guinea fowl-chicken hybrids Reviewed
Ichiro Fukunaga, Takeshi Sasaki, Motokazu Ando and Hiroshi Ogawa
J. Agric. Sci., Tokyo Univ. Agric. 57 ( 2 ) 115 - 118 2012.09
Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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A SINE-Derived Element Constitutes a Unique Modular Enhancer for Mammalian Diencephalic Fgf8 Reviewed
Nakanishi A, Kobayashi N, Suzuki-Hirano A, Nishihara H, Sasaki T, Hirakawa M, Sumiyama K, Shimogori T, Okada N
PLoS ONE 7 ( 8 ) e43785 2012.08
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
哺乳類の脳形成におけるFgf8遺伝子の発現はレトロポゾンAmnSINE1の挿入によって転写制御機能を獲得し、それは哺乳類特有の発達した脳をもたらすこととなった。本研究では哺乳類の脳形成におけるFgf8遺伝子の転写調節領域の詳細な解析を行っている。
DOI： 10.1371
Other Link： http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0043785
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The polymorphism screening and association study between activeness-fearfulness discrimination scores and single nucleotide polymorphisms, -72G>A, 60C>A identified in canine brain derived neurotrophic factor (BDNF) gene Reviewed
Manami Kijima, Koji Masuda, Takeshi Sasaki, Asami Tsuchida and Takao Oishi
J. Agric. Sci., Tokyo Univ. Agric. 57 ( 1 ) 71 - 77 2012.06
Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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A mammalian conserved element derived from SINE displays enhancer properties recapitulating Satb2 expression in early-born callosal projection neurons Reviewed
K. Tashiro, A. Teissier, N. Kobayashi, A. Nakanishi, T. Sasaki, K. Yan, V. Tarabykin, L. Vigier, K. Sumiyama, M. Hirakawa, H. Nishihara, A. Pierani, N. Okada
PLoS ONE 6 ( 12 ) e28497 2011.12
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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A genetically distinct coelacanth population off the northern Tanzanian coast Reviewed
Masato Nikaido , Takeshi Sasaki , Wen-Hsiung Li, Norihiro Okada 他７名
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 ( 44 ) 18009 - 18013 2011.11
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はタンザニア産およびコモロ産２３個体のシーラカンスからミトコンドリアゲノム配列を決定し、既存データを加えて計４７個体分のデータで分子進化学的解析を行った。標本の遺伝的分化の程度を検証したところタンザニア産とコモロ産の間には優位な分化が認められたが、南アフリカ産とコモロ産の間には分化はなかった。さらに遺伝的データからタンザニア集団とコモロ集団は少なくとも２０万年前に分化したことが試算された。
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Emergence of mammals by emergency: exaptation Reviewed
Norihiro Okada, Takeshi Sasaki, Tomomi Shimogori, Hidenori Nishihara
Genes to Cells ( 15 ) 801 - 812 2010.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
近年、現生哺乳類の種間で高度に保存された配列の一部が転移因子SINE由来であることが明らかにされ、SINEが哺乳類の進化において遺伝子制御機構において重要な役割を担ったと考えられるようになった。著者らはトランスジェニックマウスを用いたエンハンサー解析を行い、SINE由来配列の２遺伝子座が哺乳類発生期の脳形成に関与する遺伝子の転写調節機能を担っていることを明らかにした。哺乳類の形態進化とそこで起きた分子機構変化に関する最新の知見を述べた論文である。
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Possible involvement of SINEs in mammalian-specific brain formation
Takeshi Sasaki, H Nishihara, M Hirakawa, K Fujimura 他８名
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ( 105 ) 4220 - 4225 2008.03
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
近年、現生哺乳類の種間で高度に保存された配列の一部が転移因子SINE由来であることが明らかにされた。この現象はSINEが哺乳類の遺伝子制御機構において何らかの機能を担っていることを示唆している。そこで本研究はその機能を明らかにすべくトランスジェニックマウスを用いたエンハンサー解析を行った。その結果、我々はSINE由来配列の２遺伝子座が哺乳類発生期の脳形成に関与する遺伝子の転写調節機能を担っていることを明らかにした。
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Genetic Divergence and Phylogenetic Independence of Far Eastern Species in Subfamily Leuciscinae (Pisces: Cyprinidae) Inferred from Mitochondrial DNA Analyses
Takeshi Sasaki, Y P. Kartavtsev, SN. Chiba, N Hanzawa 他2名
Genes & Genetic Systems ( 82 ) 329 - 340 2007.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
ウグイ亜科45種を用いた大規模な分子系統解析を行った。極東地域にはウグイ属、アブラハヤ属などの少数のウグイ亜科魚類が生息するがウグイ亜科全体で考えるとヨーロッパ、北米大陸に多数分布しているため、極東ウグイ亜科の由来はヨーロッパ（ユーラシア大陸）の派生系統と考えられてきた。そのような知見に対し本研究は極東産ウグイ亜科が古くから独立した系統として進化した証拠を遺伝子解析によって明確に示した。
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Mitogenomic analysis for coelacanths (Latimeria chalumnae) caught in Tanzania
Takeshi Sasaki, Tetsu Sato, Seiko Miura, Philip O.J. Bwathondi, Benjamin P. Ngatunga, Norihiro Okada
Gene 2007.03
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はタンザニア産シーラカンス2個体のミトコンドリアゲノムを決定し、同種のコモロ産西インド洋シーラカンスと別種のインドネシア産インドネシアシーラカンスのゲノムと比較した。その結果、タンザニア産とコモロ産は同種程度の遺伝的距離であるが、東アフリカ沿岸特有の遺伝子型（ハプロタイプ）が本研究により発見され、未だ知られていない東アフリカ沿岸におけるシーラカンス大集団の存在の可能性が示唆された。
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Divergent Selection on Opsins Drives Incipient Speciation in Lake Victoria Cichlids
Y Terai, O Seehausen, Takeshi Sasaki, K Takahashi, S Mizoiri, T Sugawara, T Sato and 7 others
PLoS Biology 2006.12
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
アフリカ大地溝帯に位置するヴィクトリア湖には500種にも及ぶ固有のカワスズメ科魚類シクリッドが生息しており、極めて短期間に種分化を起こしてきたと考えられている。本研究はシクリッドの視覚の適応とそれに伴う婚姻色の進化が種の分化形成を引き起こす可能性について検証するため、様々な光環境に生息する多くの種のオプシン遺伝子の種間での差異と機能的な違いについて解析した。その結果、配列解析と機能解析からオプシンが異なる光環境に適応的に進化していることが明らかになった。
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Extensive Morphological Convergence and Rapid Radiation in the Evolutionary History of the family Geoemydidae (Old World Pond Turtle) Revealed by SINE Insertion Analysis
Takeshi Sasaki, Y Yasukawa, K Takahashi, S Miura, A M. Shedlock, N Okada
Systematic Biology 2006.12
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
リクガメ上科はカメ目でもっとも繁栄した分類群で世界各地に分布し多様な形態を示す。それゆえ形態に基づく系統分類は難しく未だに分類体型が確立されていない。そこで本研究はSasaki et al. (2004)の成果（学術論文３）を踏まえSINE挿入パターンによる潜頸亜目リクガメ上科の分子系統解析を行った。その結果リクガメ上科は始新世に急速に種分化し、現存種の基礎となる4系統に分かれたことが示唆された。
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Balaenoptera omurai is a newly discovered baleen whale that represents an ancient evolutionary lineage
Takeshi Sasaki, M Nikaido, S Wada, T K. Yamada, Y Cao, Mi Hasegawa, N Okada
Molecular Phylogenetics and Evolution 2006.10
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
2003年にヒゲクジラ類の新種ツノシマクジラが発見されたのだが、その系統的位置や進化史は不明なままであった。本研究は我々の先行研究で明らかとなったヒゲクジラ類系統に新たにツノシマクジラを加え、ミトコンドリアゲノムと転移因子SINEの挿入パターンに基づき分子系統解析を行った。その結果、ツノシマクジラは1500万年以上前に独立した系統として分化し、独自の進化を遂げた分類群であることが明らかとなった。この貴重な新種ツノシマクジラ保護の観点からも重要な知見を示す論文である。
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Baleen whale phylogeny and a past extensive radiation event revealed by SINE insertion analysis
M Nikaido, H Hamilton, H Makino, Takeshi Sasaki, K Takahashi, M Goto, N Kanda, LA. Pastene, N Okada
Molecular Biology and Evolution 2006.05
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
2005年Sasakiら（学術論文４参照）のミトコンドリア系統解析につづき、本研究は核ゲノムのSINE挿入パターンを指標としたヒゲクジラ類の分子系統解析である。解析の結果、ナガスクジラ科＋コククジラ科主要4系統間でのSINEの挿入パターンに矛盾した関係が見られ（incomplete lineage sorting）、これはナガス＋コクの祖先集団で過去に急速な種分化（適応放散）が起きたことを表していると示唆された。
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Mitochondrial phylogenetics and evolution of mysticete whales
Takeshi Sasaki, M Nikaido, H Hamilton, M Goto, ... RE Fordyce, M Hasegawa, N Okada and 4 others
Systematic Biology 2005.02
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
クジラ目ヒゲクジラ亜目には12種存在することが知られているが、その巨大な体や欧米に見られる保護活動の流れから十分な形態分類がなされず系統分類は停滞していた。本研究ではミトコンドリアゲノム配列に基づき全種の分子系統解析を行いヒゲクジラ類の謎に満ちた系統進化を評価した。解析の結果、ナガスクジラ科＋コククジラ科に主要な４系統が存在し、それらは約2000万年前の海洋環境変化に伴い急速に適応放散したという新しい知見が得られた。クジラ研究、分子系統研究で現在も頻繁に引用される論文の一つである。
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First Application of the SINE (Short Interspersed Repetitive Element) Method to Infer Phylogenetic Relationships in Reptiles: An Example from the Turtle Superfamily Testudinoidea
Takeshi Sasaki, Kazuhiko Takahashi, Masato Nikaido, Seiko Miura, Yuichirou Yasukawa, Norihiro Okada
Molecular Biology and Evolution 2004.04
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
SINEは転移因子の一種である。本研究はカメ目潜頸亜目のゲノムに存在するSINE (tortoise polIII/SINE)について系統内でのSINEの分布とサブファミリーの分類を行った。その結果、潜頸亜目SINEは末端配列の特徴から大きく２つのサブファミリーに分類され、さらに系統進化を反映した小分類（9サブタイプ）の分布が明らかとなった。以上の分類をもとにカメ種間のゲノムにおけるSINEの挿入パターンから系統関係を推定することに成功した。
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Afrotherian phylogeny as inferred from complete mitochondrial genomes
Yumie Murata, Masato Nikaido, Takeshi Sasaki, Ying Cao, Yukio Fukumoto, Masami Hasegawa,他１名
Molecular Phylogenetics and Evolution 2003.04
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
アフロセリアは形態変化に富んだ６つの目（order）の哺乳類が集まった分類群であり、ゴンドワナ大陸の分裂が起きた約1億年前に起源を持つとされている。この6目はその形態変異性から形態学的には遠縁のものと考えられてきたが、近年の分子系統解析によってその近縁性が証明された比較的新しい分類群である。本研究は分子系統解析を行いミトコンドリアゲノムの観点からもアフロセリアの単系統性が指示されることを示した。