Papers - SASAKI Takeshi
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Evaluation of genetic diversity based on the D-loop regions of the lesser Japanese mole and the large Japanese mole (Eulipotyphla: Talpidae)
Seshuyama Yuina, Sasaki Takeshi
Natural History Report of Kanagawa 2024 ( 45 ) 39 - 45 2024.03
Language：Japanese Publisher：Kanagawa Prefectural Museum of Natural History (Kanagawa Prefectural Museum)
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3. アズマモグラおよびコウベモグラの舌乳頭の味蕾 Reviewed
世取山結菜、佐々木剛
東京農大農学集報 3 ( 68 ) 84 - 91 2023.12
Authorship：Last author, Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
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2. Massive horizontal gene transfer and the evolution of nematomorph-driven behavioral manipulation of mandis Reviewed
Tappei Mishina, Ming-Chung Chiu, Yasuyuki Hashiguchi, Sayumi Oishi, Atsunari Sasaki, Ryuichi Okada, Hironobu Uchiyama, Takeshi Sasaki, Midori Sakura, Hirohiko Takeshima, Takuya Sato
( 33 ) 1 - 7 2023.11
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Distribution of the Eurasian otter (<i>Lutra lutra</i>) on isolated islands of Korea
KIM Hyeon-jin, HAN Sung-yong, SASAKI Takeshi, OGAWA Hiroshi, YAMAMOTO Kayoko, ANDO Motokazu
Environmental Information Science 2022 ( 2 ) 23 - 34 2023.05
Language：English Publisher：Center for Environmental Information Science
<p>For a species reintroduction to be successful, understanding the minimum viable population number is important. We examined the occurrence of Eurasian otters (<i>Lutra lutra</i>) on isolated islands to assess whether they can survive in small, isolated habitats. Spraints were investigated, and DNA analysis of the cytochrome <i>b</i> region was conducted, to determine if genetic differences existed between the island and mainland otter populations. Moreover, people living on 13 islands were interviewed for a questionnaire survey. Of the 13 islands, otters were confirmed to occur on nine. Three of these islands seemed too far (≥18 km) for otters to reach by swimming across the sea. Huksan Island is most isolated, with a straight distance of 65 km from the mainland, a sea-crossing distance of 31 km. Yeoseo Island is smallest of the islands, an area of 2.5 km<sup>2</sup>. Our results validated that otter populations inhabited some of these islands. The genetic analyses of otter spraints detected four haplotypes. Furthermore, one type was found in feces from a river on the mainland, 60 km away from the coast. Isolated islands must be considered when establishing a plan to protect the otter population.</p>
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Comparative morphological study of skeletal muscle weight among the red jungle fowl (Gallus gallus) and various fowl breeds (Gallus domesticus) Reviewed International coauthorship
Endo H., Tsunekawa N., Kudo K., Oshida T., Motokawa M., Sonoe M., Wanghongsa S., Tirawattanawanich C., Phimphachanhvongsod V., Sasaki T., Yonezawa T., Akishinonomiya F.
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution 8 ( 338 ) 542 - 551 2022.11
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal) Publisher：WILEY
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Yonezawa Takahiro, Nishibori Masahide, Yamamoto Yoshio, Sasaki Takeshi, Kudo Kohei, Ogawa Hiroshi, Endo Hideki, Akishinonomiya Fumihito
The Journal of Poultry Science 59 ( 4 ) 316 - 322 2022
Language：English Publisher：Japan Poultry Science Association
<p>Japanese native chickens (JNCs) comprise approximately 50 breeds, making Japan a diversity hotspot for native chicken breeds. JNCs were established through the repeated introduction of chickens from foreign countries. Jidori, which is the generic name of JNC breeds whose ancestral morphology resembles that of their wild progenitor (red junglefowls), is generally thought to have propagated from north East Asia (Korea and north China) to ancient Japan. However, mitochondrial haplogroup D, which is abundant in Island Southeast Asia (ISEA) as well as the Pacific but relatively rare in other regions, can be observed in some Jidori breeds (e.g., Tosa-Jidori, Tokuji-Jidori) with high frequency, leading to speculation that chickens from ISEA or the Pacific also contributed genetically to JNCs. To test this hypothesis, we sequenced the mitochondrial genomes of Jidori breeds and conducted phylogeographic analysis. Our results indicate that the JNC Haplogroup D belongs to Sub-haplogroup D2, which is currently only observed in Xinjiang, northwest China, and not to Sub-haplogroup D1, which is widely distributed in the ISEA-Pacific region. The other mitochondrial haplogroups of Jidori examined in this study also showed affinity to those of chickens native to north East Asia. Therefore, our findings support the north East Asian origin hypothesis for Jidori.</p>
DOI： 10.2141/jpsa.0220027
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Mishina Tappei, Takeshima Hirohiko, Takada Mikumi, Iguchi Kei’ichiro, Zhang Chunguang, Zhao Yahui, Kawahara-Miki Ryouka, Hashiguchi Yasuyuki, Tabata Ryoichi, Sasaki Takeshi, Nishida Mutsumi, Watanabe Katsutoshi
Scientific Reports 11 ( 11 ) 22485 2021.11
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Asexual vertebrates are rare and at risk of extinction due to their restricted adaptability through the loss of genetic recombination. We explore the mechanisms behind the generation and maintenance of genetic diversity in triploid asexual (gynogenetic) Carassius auratus fish, which is widespread in East Asian fresh waters and exhibits one of the most extensive distribution among asexual vertebrates despite its dependence on host sperm. Our analyses of genetic composition using dozens of genetic markers and genome-wide transcriptome sequencing uncover admixed genetic composition of Japanese asexual triploid Carassius consisting of both the diverged Japanese and Eurasian alleles, suggesting the involvement of Eurasian lineages in its origin. However, coexisting sexual diploid relatives and asexual triploids in Japan show regional genetic similarity in both mitochondrial and nuclear markers. These results are attributed to a unique unidirectional gene flow from diploids to sympatric triploids, with the involvement of occasional sexual reproduction. Additionally, the asexual triploid shows a weaker population structure than the sexual diploid, and multiple triploid lineages coexist in most Japanese rivers. The generated diversity via repeated interploidy gene flow as well as an increased establishment of immigrants is assumed to offset the cost of asexual reproduction and might contribute to the successful broad distribution of this asexual vertebrate.
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八重山諸島の農業生態系における 両生爬虫類相に関する研究 Reviewed
芳賀沙也花・佐々木剛
東京農大農学集報 2 ( 66 ) 36 - 43 2021.09
Authorship：Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
農地は食料生産のみならず生物多様性の保全効果があるなど，農地の多面的機能には近年注目が高まっている。石垣島、西表島の農地（水田とサトウキビ畑）６地点と森林２地点に生息する両生爬虫類相を調査し、農地における生物相の特徴を評価した。その結果、多くの森林依存性の両生類・爬虫類が両島の農地で確認され，農地間で生物相に違いが見られた。この違いは農地が立地する周辺の森林環境の差異によるものと示唆された。本研究による石垣島と西表島の農地に生息する両生類・爬虫類相調査はこれらの島の農地が琉球列島の生物多様性を維持する機能を有した農業生態系である可能性を示した。
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Morphological characteristics and embryogenesis of the vomeronasal organ and associated structures in the Japanese grass lizard, Takydromus tachydromoides (Squamata: Lacertoidea: Lacertidae) Reviewed
Kentaro Okuyama and Takeshi Sasaki
Ichthyology & Herpetology 3 ( 109 ) 691 - 704 2021.08
Authorship：Corresponding author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
DOI： 10.1643/h2020163
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OKUYAMA Kentaro, SAKUMA Yume, SASAKI Takeshi
Current Herpetology 40 ( 1 ) 66 - 76 2021.02
Authorship：Corresponding author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal) Publisher：The Herpetological Society of Japan
<p>The Japanese grass lizard, <i>Takydromus tachydromoides</i>, is a species endemic to Japan. While several studies have investigated the reproductive ecology of <i>T. tachydromoides</i>, the embryogenesis of this species has not been reported in detail. In the current study, we observed the external morphological characteristics of 247 embryo specimens that developed under a constant temperature (28°C) throughout the duration from oviposition to hatching. We identified 17 consecutive developmental stages for the post-ovipositional developmental process of this species based on the staging criteria that have been widely used for the description of embryogenesis of lizards. The youngest embryos on the day of oviposition corresponded to stage 26, which is a relatively early period in pharyngula stages, and juveniles hatched at stage 42, approximately 30 days after oviposition. The entire developmental sequence of key morphological features was shared with other species of Lacertidae, except for the timing of the beginning of the first body pigmentation. This is the first description of the complete sequence of post-ovipositional developmental stages for the oviparous species of Lacertidae, providing valuable information for further evolutionary developmental studies.</p>
DOI： 10.5358/hsj.40.66
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The origin and history of native Japanese chickens based on the mitochondrial DNA
Takahiro Yonezawa, Masaoki Tsudzuki, Yasutaka Imamura, Masaharu Matsuzaki, Shogo Matsunaga, Satoru Fukagawa, Hiroshi Ogawa, Takeshi Sasaki, Fumihito Akishinonomiya and Yoshio Yamamoto
Archivio per l'Antropologia e la Etnologia ( CL ) 67 - 89 2021.01
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究は149個体13の在来日本鶏のミトコンドリアDループ配列を用いて、日本で確立された在来鶏品種の起源と歴史の解明を試みた。先行研究で報告された5563個体のアジア産鶏のDループ配列とともに系統地理学および集団遺伝学的分析を行った。その結果、在来の日本鶏の遺伝的要素は東アジア北部地域のものに近縁であることが示唆された。地鶏とされる品種は４つのグループに分けられ、それらがおそらく中国と韓国から日本へ複数の起源をもって由来したと考えられた。
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Individual identification of Japanese harbour seals using nuclear micro satellite loci Reviewed
Mariko Mizuno, Mari Kobayashi and Takeshi Sasaki
J. Agric. Sci. Tokyo Univ. Agric. 65 ( 1 ) 33 - 38 2020.06
Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Mitochondrial DNA reveals secondary contact in Japanese harbor seals, the southernmost population in the western Pacific
Mariko Mizuno, Takeshi Sasaki, Mari Kobayashi, Takayuki Haneda and Takahito Masubuchi
PLOS ONE 13 ( 1 ) e0191329 2018.01
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Geographical variation in the skeletal morphology of Red Jungle Fowl
Endo H, Tsunekawa N, Sonoe M, Sasaki T, Ogawa H, Amano T, Son NT, Phimphachanhvongsod V, Kudo K, Yonezawa T, Akishinonomiya F
British Poultry Science 4 ( 58 ) 348 - 357 2017
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Coordinately Co-opted Multiple Transposable Elements Constitute an Enhancer for wnt5a Expression in the Mammalian Secondary Palate Reviewed
Hidenori Nishihara, Naoki Kobayashi, Chiharu Kimura-Yoshida, Kuo Yan, Olga Bormuth, Qiong Ding, Akiko Nakanishi, Takeshi Sasaki, Mika Hirakawa, Kenta Sumiyama, Yasuhide Furuta, Victor Tarabykin, Isao Matsuo, Norihiro Okada
PLOS Genetics 12 ( 10 ) e1006380 2016.10
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Evolutionary History of the Extinct Otter Lived in Japanese Islands Reviewed
Daisuke Waku and Takeshi Sasaki
Advanced Techniques in Biology & Medicine 4 ( 4 ) - 2016.09
Authorship：Corresponding author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Evaluating the phylogenetic status of the extinct Japanese otter on the basis of mitochondrial genome analysis Reviewed
Daisuke Waku, Takahiro Segawa, Takahiro Yonezawa, Takeshi Sasaki 他7名
PLOS ONE 3 ( 11 ) e0149341 2016.02
Authorship：Corresponding author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はニホンカワウソが日本固有の種もしくは亜種だった可能性が高いことをDNA解析により明らかにした。本研究では絶滅したニホンカワウソの剥製からDNAを抽出し、次世代シーケンサーを用いてミトコンドリアゲノム配列を決定し、分子系統解析を行った。その結果ニホンカワウソは約127万年前に大陸から日本に渡って来た日本固有の系統であることを明らかにした。本研究は絶滅してしまった日本固有種の価値を見直すとともに、日本の生物多様性を理解するうえで重要な発見である。
DOI： 10.1371/journal.pone.0149341
Other Link： http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0149341
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Genetic variation and breeding program of Eurasian otters in Japanese zoos and aquariums Reviewed
Daisuke Waku, Mika Anada, Hiroshi Ogawa, Motokazu Ando, Takeshi Sasaki
J. Agric. Sci. Tokyo Univ. Agric. 60 ( 3 ) 144 - 150 2015
Authorship：Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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Genetic population structure of Japanese black bear living in Gunma Prefecture Reviewed
SASAKI Takeshi, WAKUI Ryo, OZAWA Sakumi, WATANABE Chiaki, OOI Akito, YONEZAWA Takahiro, ANEZAKI Tomoko
Bull.Gunma Mus.Natu.Hist. 18 157 - 164 2014.03
Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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Phylogeography and demography of the red junglefowl and its domestication process revealed by mitochondrial DNA sequences
Takeshi Sasaki, Takahiro Yonezawa and Kaori Wada
The Proceeding of Human-Chicken Multi-Relationships (HCMR) Symposium 37 - 47 2014
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (international conference proceedings)
東南アジアに生息するセキショクヤケイ４０個体のミトコンドリアDNA調節領域配列を決定し、既存のデータ（87個体）とともに分子系統解析を行った。その結果、G.g.bankivaとスマトラ産G.g.gallusを除いたセキショクヤケイは大陸クレイドとして１つの系統群を形成した。しかしながら、形態に基づく５亜種の違いは遺伝子解析では反映されなかった。ニワトリ家畜化の起源を明らかにする目的で262品種とともに系統解析を行なったところ、セキショクヤケイは複数のクレイドでニワトリ品種と単系統群を形成した。これによりニワトリの起源は複数あることが確認された。
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Genetic Diversity of the Asiatic Black Bear (Ursus thibetanus) in Gunma Prefecture based on Mitochondrial DNA Analysis Reviewed
Sasaki, T., Wakui, R., Waku, D., Yonezawa, T., Anezaki, T.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 2 ) 49 - 56 2013.09
Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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Influence of in vitro culture system on development of quail embryo Reviewed
Fukunaga, I., Sasaki, T., Ando, M., Hashimoto, K., Ogawa, H.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 1 ) 6 - 12 2013.06
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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The different starts and effects of embryo culture system using an artificial vessel on the quail embryo's external measurement, magnesium and calcium contents Reviewed
Fukunaga, I., Sasaki, T., Ando, M., Kimira, Y., Uehara, M., Hashimoto, K. and Ogawa, H.
Journal of Agriculture Science, Tokyo University of Agriculture 58 ( 1 ) 29 - 35 2013.06
Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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Phylogeny and biogeography of highly diverged freshwater fish species (Leuciscinae, Cyprinidae, Teleostei) inferred from mitochondrial genome analysis Reviewed
J.M. Imoto, K. Saitoh, T. Sasaki, T. Yonezawa, J. Adachi, Y.P. Kartavtsev, M. Miya, M. Nishida, N. Hanzawa
Gene 514 ( 514 ) 112 - 124 2012.11
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はコイ科ウグイ亜科の進化多様性についてミトコンドリアゲノム情報をもとに分子系統解析を行い、その系統関係および地史を推定した。
DOI： 10.1016
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Diurnal variations in plasma testosterone level in the male guinea fowl-chicken hybrids Reviewed
Ichiro Fukunaga, Takeshi Sasaki, Motokazu Ando and Hiroshi Ogawa
J. Agric. Sci., Tokyo Univ. Agric. 57 ( 2 ) 115 - 118 2012.09
Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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A SINE-Derived Element Constitutes a Unique Modular Enhancer for Mammalian Diencephalic Fgf8 Reviewed
Nakanishi A, Kobayashi N, Suzuki-Hirano A, Nishihara H, Sasaki T, Hirakawa M, Sumiyama K, Shimogori T, Okada N
PLoS ONE 7 ( 8 ) e43785 2012.08
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
哺乳類の脳形成におけるFgf8遺伝子の発現はレトロポゾンAmnSINE1の挿入によって転写制御機能を獲得し、それは哺乳類特有の発達した脳をもたらすこととなった。本研究では哺乳類の脳形成におけるFgf8遺伝子の転写調節領域の詳細な解析を行っている。
DOI： 10.1371
Other Link： http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0043785
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The polymorphism screening and association study between activeness-fearfulness discrimination scores and single nucleotide polymorphisms, -72G>A, 60C>A identified in canine brain derived neurotrophic factor (BDNF) gene Reviewed
Manami Kijima, Koji Masuda, Takeshi Sasaki, Asami Tsuchida and Takao Oishi
J. Agric. Sci., Tokyo Univ. Agric. 57 ( 1 ) 71 - 77 2012.06
Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
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A mammalian conserved element derived from SINE displays enhancer properties recapitulating Satb2 expression in early-born callosal projection neurons Reviewed
K. Tashiro, A. Teissier, N. Kobayashi, A. Nakanishi, T. Sasaki, K. Yan, V. Tarabykin, L. Vigier, K. Sumiyama, M. Hirakawa, H. Nishihara, A. Pierani, N. Okada
PLoS ONE 6 ( 12 ) e28497 2011.12
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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A genetically distinct coelacanth population off the northern Tanzanian coast Reviewed
Masato Nikaido , Takeshi Sasaki , Wen-Hsiung Li, Norihiro Okada 他７名
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 ( 44 ) 18009 - 18013 2011.11
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はタンザニア産およびコモロ産２３個体のシーラカンスからミトコンドリアゲノム配列を決定し、既存データを加えて計４７個体分のデータで分子進化学的解析を行った。標本の遺伝的分化の程度を検証したところタンザニア産とコモロ産の間には優位な分化が認められたが、南アフリカ産とコモロ産の間には分化はなかった。さらに遺伝的データからタンザニア集団とコモロ集団は少なくとも２０万年前に分化したことが試算された。
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Emergence of mammals by emergency: exaptation Reviewed
Norihiro Okada, Takeshi Sasaki, Tomomi Shimogori, Hidenori Nishihara
Genes to Cells ( 15 ) 801 - 812 2010.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
近年、現生哺乳類の種間で高度に保存された配列の一部が転移因子SINE由来であることが明らかにされ、SINEが哺乳類の進化において遺伝子制御機構において重要な役割を担ったと考えられるようになった。著者らはトランスジェニックマウスを用いたエンハンサー解析を行い、SINE由来配列の２遺伝子座が哺乳類発生期の脳形成に関与する遺伝子の転写調節機能を担っていることを明らかにした。哺乳類の形態進化とそこで起きた分子機構変化に関する最新の知見を述べた論文である。
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Possible involvement of SINEs in mammalian-specific brain formation
Takeshi Sasaki, H Nishihara, M Hirakawa, K Fujimura 他８名
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ( 105 ) 4220 - 4225 2008.03
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
近年、現生哺乳類の種間で高度に保存された配列の一部が転移因子SINE由来であることが明らかにされた。この現象はSINEが哺乳類の遺伝子制御機構において何らかの機能を担っていることを示唆している。そこで本研究はその機能を明らかにすべくトランスジェニックマウスを用いたエンハンサー解析を行った。その結果、我々はSINE由来配列の２遺伝子座が哺乳類発生期の脳形成に関与する遺伝子の転写調節機能を担っていることを明らかにした。
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Genetic Divergence and Phylogenetic Independence of Far Eastern Species in Subfamily Leuciscinae (Pisces: Cyprinidae) Inferred from Mitochondrial DNA Analyses
Takeshi Sasaki, Y P. Kartavtsev, SN. Chiba, N Hanzawa 他2名
Genes & Genetic Systems ( 82 ) 329 - 340 2007.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
ウグイ亜科45種を用いた大規模な分子系統解析を行った。極東地域にはウグイ属、アブラハヤ属などの少数のウグイ亜科魚類が生息するがウグイ亜科全体で考えるとヨーロッパ、北米大陸に多数分布しているため、極東ウグイ亜科の由来はヨーロッパ（ユーラシア大陸）の派生系統と考えられてきた。そのような知見に対し本研究は極東産ウグイ亜科が古くから独立した系統として進化した証拠を遺伝子解析によって明確に示した。
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Mitogenomic analysis for coelacanths (Latimeria chalumnae) caught in Tanzania
Takeshi Sasaki, Tetsu Sato, Seiko Miura, Philip O.J. Bwathondi, Benjamin P. Ngatunga, Norihiro Okada
Gene 2007.03
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
本研究はタンザニア産シーラカンス2個体のミトコンドリアゲノムを決定し、同種のコモロ産西インド洋シーラカンスと別種のインドネシア産インドネシアシーラカンスのゲノムと比較した。その結果、タンザニア産とコモロ産は同種程度の遺伝的距離であるが、東アフリカ沿岸特有の遺伝子型（ハプロタイプ）が本研究により発見され、未だ知られていない東アフリカ沿岸におけるシーラカンス大集団の存在の可能性が示唆された。
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Divergent Selection on Opsins Drives Incipient Speciation in Lake Victoria Cichlids
Y Terai, O Seehausen, Takeshi Sasaki, K Takahashi, S Mizoiri, T Sugawara, T Sato and 7 others
PLoS Biology 2006.12
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
アフリカ大地溝帯に位置するヴィクトリア湖には500種にも及ぶ固有のカワスズメ科魚類シクリッドが生息しており、極めて短期間に種分化を起こしてきたと考えられている。本研究はシクリッドの視覚の適応とそれに伴う婚姻色の進化が種の分化形成を引き起こす可能性について検証するため、様々な光環境に生息する多くの種のオプシン遺伝子の種間での差異と機能的な違いについて解析した。その結果、配列解析と機能解析からオプシンが異なる光環境に適応的に進化していることが明らかになった。
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Extensive Morphological Convergence and Rapid Radiation in the Evolutionary History of the family Geoemydidae (Old World Pond Turtle) Revealed by SINE Insertion Analysis
Takeshi Sasaki, Y Yasukawa, K Takahashi, S Miura, A M. Shedlock, N Okada
Systematic Biology 2006.12
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
リクガメ上科はカメ目でもっとも繁栄した分類群で世界各地に分布し多様な形態を示す。それゆえ形態に基づく系統分類は難しく未だに分類体型が確立されていない。そこで本研究はSasaki et al. (2004)の成果（学術論文３）を踏まえSINE挿入パターンによる潜頸亜目リクガメ上科の分子系統解析を行った。その結果リクガメ上科は始新世に急速に種分化し、現存種の基礎となる4系統に分かれたことが示唆された。
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Balaenoptera omurai is a newly discovered baleen whale that represents an ancient evolutionary lineage
Takeshi Sasaki, M Nikaido, S Wada, T K. Yamada, Y Cao, Mi Hasegawa, N Okada
Molecular Phylogenetics and Evolution 2006.10
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
2003年にヒゲクジラ類の新種ツノシマクジラが発見されたのだが、その系統的位置や進化史は不明なままであった。本研究は我々の先行研究で明らかとなったヒゲクジラ類系統に新たにツノシマクジラを加え、ミトコンドリアゲノムと転移因子SINEの挿入パターンに基づき分子系統解析を行った。その結果、ツノシマクジラは1500万年以上前に独立した系統として分化し、独自の進化を遂げた分類群であることが明らかとなった。この貴重な新種ツノシマクジラ保護の観点からも重要な知見を示す論文である。
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Baleen whale phylogeny and a past extensive radiation event revealed by SINE insertion analysis
M Nikaido, H Hamilton, H Makino, Takeshi Sasaki, K Takahashi, M Goto, N Kanda, LA. Pastene, N Okada
Molecular Biology and Evolution 2006.05
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
2005年Sasakiら（学術論文４参照）のミトコンドリア系統解析につづき、本研究は核ゲノムのSINE挿入パターンを指標としたヒゲクジラ類の分子系統解析である。解析の結果、ナガスクジラ科＋コククジラ科主要4系統間でのSINEの挿入パターンに矛盾した関係が見られ（incomplete lineage sorting）、これはナガス＋コクの祖先集団で過去に急速な種分化（適応放散）が起きたことを表していると示唆された。
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Mitochondrial phylogenetics and evolution of mysticete whales
Takeshi Sasaki, M Nikaido, H Hamilton, M Goto, ... RE Fordyce, M Hasegawa, N Okada and 4 others
Systematic Biology 2005.02
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
クジラ目ヒゲクジラ亜目には12種存在することが知られているが、その巨大な体や欧米に見られる保護活動の流れから十分な形態分類がなされず系統分類は停滞していた。本研究ではミトコンドリアゲノム配列に基づき全種の分子系統解析を行いヒゲクジラ類の謎に満ちた系統進化を評価した。解析の結果、ナガスクジラ科＋コククジラ科に主要な４系統が存在し、それらは約2000万年前の海洋環境変化に伴い急速に適応放散したという新しい知見が得られた。クジラ研究、分子系統研究で現在も頻繁に引用される論文の一つである。
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First Application of the SINE (Short Interspersed Repetitive Element) Method to Infer Phylogenetic Relationships in Reptiles: An Example from the Turtle Superfamily Testudinoidea
Takeshi Sasaki, Kazuhiko Takahashi, Masato Nikaido, Seiko Miura, Yuichirou Yasukawa, Norihiro Okada
Molecular Biology and Evolution 2004.04
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
SINEは転移因子の一種である。本研究はカメ目潜頸亜目のゲノムに存在するSINE (tortoise polIII/SINE)について系統内でのSINEの分布とサブファミリーの分類を行った。その結果、潜頸亜目SINEは末端配列の特徴から大きく２つのサブファミリーに分類され、さらに系統進化を反映した小分類（9サブタイプ）の分布が明らかとなった。以上の分類をもとにカメ種間のゲノムにおけるSINEの挿入パターンから系統関係を推定することに成功した。
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Afrotherian phylogeny as inferred from complete mitochondrial genomes
Yumie Murata, Masato Nikaido, Takeshi Sasaki, Ying Cao, Yukio Fukumoto, Masami Hasegawa,他１名
Molecular Phylogenetics and Evolution 2003.04
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
アフロセリアは形態変化に富んだ６つの目（order）の哺乳類が集まった分類群であり、ゴンドワナ大陸の分裂が起きた約1億年前に起源を持つとされている。この6目はその形態変異性から形態学的には遠縁のものと考えられてきたが、近年の分子系統解析によってその近縁性が証明された比較的新しい分類群である。本研究は分子系統解析を行いミトコンドリアゲノムの観点からもアフロセリアの単系統性が指示されることを示した。
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Genetic divergence of far-eastern dace species belonging to the genus Tribolodon (Pisces, Cyprinidae)
Yuri P. Kartavtsev, Vladimir V. Sviridov, Naoto Hanzawa, Takeshi Sasaki
Russian Journal of Genetics, 2002.04
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
極東産ウグイ属Tribolodonは現在4種に分類されているが、非常に似通った形態を示すことからその分類体系は混乱している。本研究ではウグイ属4種の遺伝的分化を検証するため、種間の遺伝的分化の指標として広く用いられているアロザイムマーカーの分析を行いウグイ属4種が極東地域全体で種ごとに遺伝的に分化していることを分子生物学的手法で証明した。