論文 - 鈴木 智典
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バイオメタデータベースの構築とその応用 査読あり
鈴木智典，宮崎智
情報知識学会誌 19 92 - 97 2009年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
生命科学関係のデータベースは、塩基配列やアミノ酸残基配列などの配列情報だけでなく、タンパク質立体構造、代謝経路、関連疾患など多種多様となり、解析手法の革新的発展により情報量は拡大の一途である。データベースの多くが無料で利用可能となっているが、利用者側にとってその全てを把握し、利用することは困難となっている。本研究では、ネット上に散在する様々な生命科学系データベースを取り纏めたメタデータベースをデザインし、ユーザーが使い易いツールを提供した。
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Basics of genome sequence analysis in bioinformatics ~its fundamental ideas and problems~（バイオインフォマティクスにおけるゲノム配列解析の基礎〜基本的な考え方と課題〜） 査読あり 国際誌
Suzuki T, Miyazaki S
Quantum Bio-Informatics 24 299 - 313 2009年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DNAシークエンサーの性能向上や解析技術の発展によって、様々な生物種のゲノム解析が進んでいる。近年、タンパク質がコードされている遺伝子だけでなく、転写因子が認識するシスエレメント配列の重要性が注目されるようになり、シスエレメント配列情報もデータベース等に蓄積されてきている。本研究では、種々の情報処理技術を用いてシスエレメント配列情報から遺伝子発現を予測するアルゴリズムを考案し、予測ツールを開発した。
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Molecular characterization of the protease from Clostridium botulinum serotype C responsible for nicking in botulinum neurotoxin complex（ボツリヌス神経毒素の分子内切断に関わる内因性プロテアーゼの分子特性） 査読あり 国際誌
Suzuki T, Yoneyama T, Miyata K, Mikami A, Chikai T, Inui K, Kouguchi H, Niwa K, Watanabe T, Miyazaki S, Ohyama T
Biochemical and Biophysical Research Communications 379 ( 2 ) 309 - 313 2009年02月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス菌が産生する神経毒素は内因性のプロテアーゼによる修飾を受け、分子内の特異的な部位が切断されることで活性化することが知られている。しかし、切断部位の特徴からトリプシン様プロテアーゼであると予想されているのみで、プロテアーゼの正体は不明であった。本研究では、プロテアーゼの生化学的、酵素化学的な性質および遺伝子構造を初めて明らかにし、クロストリパインであることを明らかにした。また、立体構造予測などから神経毒素の切断部位特異性についても考察した。
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Clostridium botulinum serotype D neurotoxin and toxin complex bind to bovine aortic endothelial cells via sialic acid（ボツリヌスD型神経毒素と毒素複合体のシアル酸を介したウシ血管内皮細胞への結合） 査読あり 国際誌
Yoneyama T, Miyata K, Chikai T, Mikami A, Suzuki T, Hasegawa K, Ikeda T, Watanabe T, Ohyama T, Niwa K
FEMS Immunology and Medical Microbiology 54 299 - 313 2008年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は神経毒素に無毒タンパク質群が結合したタンパク質複合体である。宿主に経口摂取された毒素は、小腸より取り込まれ、血管等を介して最終的に神経細胞に到達する。これまで、神経毒素や毒素複合体が神経細胞や小腸上皮細胞に結合することについては、研究が進んでおり、そのメカニズムなどが明らかにされつつある。しかし、その他の組織の細胞への結合性は不明である。本研究では、血管内皮細胞に対する毒素の結合性を調べた。
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A novel subunit structure of Clostridium botulinum serotype D toxin complex with three extended arms（ボツリヌスD型毒素複合体の新規3本アーム構造モデル） 査読あり 国際誌
Hasegawa K, Watanabe T, Suzuki T, Yamano A, Oikawa T, Sato Y, Kouguchi H, Yoneyama T, Niwa K, Ikeda T, Ohyama T
The Journal of Biological Chemistry 282 24777 - 24783 2007年08月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は神経毒素に4種の無毒タンパク質群（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合したヘテロ14量体の巨大なタンパク質複合体である。その分子量や複雑な複合体構造のため、複合体全体の結晶構造解析は難しく、サブユニット間の結合部位も不明な点が多い。本研究では、HA-33/HA-17複合体のX線結晶構造解析を行い、さらに、サブユニット数の異なる複数の複合体の電子顕微鏡像などから、毒素複合体の立体構造モデルを提唱した。
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Role of non-toxic components of serotype D botulinum toxin complex in permeation through a Caco-2 cell monolayer, a model for intestinal epithelium（小腸上皮モデルとしたCaco-2単層膜のボツリヌスD型毒素複合体透過における無毒タンパク質の役割） 査読あり 国際誌
Niwa K, Koyama K, Inoue S, Suzuki T, Hasegawa K, Watanabe T, Ikeda T, Ohyama T
FEMS Immunology and Medical Microbiology 49 346 - 352 2007年04月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は神経毒素に無毒なタンパク質群（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合することでタンパク質複合体を形成している。無毒タンパク質群は毒素が宿主に経口摂取された際に消化酵素による分解から神経毒素を保護するほか、小腸上皮からの生体内吸収を促進させる役割をもつと考えらている。しかし、いずれの無毒タンパク質が吸収促進に働くのかについて不明な点が多い。本研究では、サブユニット数の異なる様々な毒素複合体を調製し、腸管細胞への結合性や透過性を比較することで、吸収に関与する無毒タンパク質を調べた。
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Effect of nicking the C-terminal region of the Clostridium botulinum serotype D neurotoxin heavy chain on its toxicity and molecular properties（ボツリヌスD型神経毒素のC末端領域に生じる分子内切断による毒性と分子特性への影響） 査読あり 国際誌
Suzuki T, Kouguchi H, Watanabe T, Hasegawa K, Yoneyama T, Niwa K, Nishikawa A, Lee JC, Oguma K, Ohyama T
The Protein Journal 26 173 - 181 2007年04月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス神経毒素は、内因性のプロテアーゼによって特異的部位を切断され、分子量約50 kDaの軽鎖と約100 kDaの重鎖からなる構造を形成し、毒素活性が大きく上昇することが知られている。従前、これ以外の分子内切断に関する報告は見られなかったが、本研究では、プロテアーゼによる新たな切断部位を発見した。分子内切断の数による毒性や生化学的性状の変化、立体構造予測などから、ボツリヌス神経毒素の構造と機能について検討した。
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Expression and characterization of a recombinant unique acid phosphatase from kidney bean hypocotyl exhibiting chloroperoxidase activity in the yeast pichia pastoris（酵母によるインゲン豆胚軸由来酸性ホスファターゼの組換え体発現と特性） 査読あり 国際誌
Yoneyama T, Taira M, Suzuki T, Nakamura M, Niwa K, Watanabe T, Ohyama T
Protein Expression and Purification 53 31 - 39 2007年03月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
インゲン豆に含まれる酸性ホスファターゼはバナジウム存在下では活性が大きく変化し、クロロペルオキシダーゼ活性を有するようになる。本研究では、この酸性ホスファターゼの酵母発現系を構築し、種々の生化学的、酵素化学的性質を調べた。その結果、組換えタンパク質であっても、発現後の複合体構造や各種酵素活性がネイティブな酵素と同等であることを確認することができた。植物から本酵素を精製するには、インゲン豆の生育管理や酵素の精製効率が難しいという問題があったが、本研究によって、酸性ホスファターゼ実験の効率化が期待できる。
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Study on the Characterization of the Interaction between Subunits of the Botulinum Toxin Complex Produced by Serotype D（ボツリヌスD型毒素複合体のサブユニット間相互作用部位に関する研究）（博士（生物産業学）、東京農業大学第435号）
Suzuki T
2007年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：学位論文（その他）
ボツリヌス菌は産生する神経毒素（BoNT）の抗原性の差異によりA〜G型に分類される。CおよびD型菌が産生するL毒素は、BoNTに4種の無毒タンパク質（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合して形成されたタンパク質複合体である。分子量は740 kDaにおよび、非常に巨大で複雑な構造であるため、複合体全体の結晶構造解析は難しく、サブユニット間の相互作用部位も不明である。本研究では、サブユニットを分離精製し、様々なパターンでの複合体再構成実験を行うことで10種、さらに、それらのプロテアーゼ感受性試験を行った。さらに、分子内切断による毒性の変化を検証した。全ての実験結果を統合して、サブユニット間の相互作用部位を推定し、立体配置を示した複合体高次構造モデルを提唱した。
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Quantitative detection of gene expression and toxin complex produced by Clostridium botulinum serotype D strain 4947（ボツリヌスD型菌4947株が産生する毒素複合体遺伝子発現の定量的検出） 査読あり 国際誌
Kouguchi H, Suzuki T, Hasegawa K, Mutoh S, Watanabe T, Niwa K, Yoneyama T, Katoh Y, Ohyama T
Journal of Microbiological Methods 67 416 - 423 2006年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は神経毒素に無毒タンパク質群（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合したタンパク質複合体である。これまでの研究で、培養液中には分子量の異なる複数の複合体種があることが明らかとなってきた。これらの複合体種はHAサブユニットの結合数が異なることが電気泳動解析によって推定されたが、なぜそのようなものが生じるのかが不明であった。本研究では、各サブユニットの遺伝子発現量を解析し、毒素複合体を構成する各サブユニットには発現量に差があることを見出し、複合体種が生じる原因や形成機構について考察した。
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Identification of soluble proteins and relationship with mannan on mucilage of Dioscorea opposita Thunb (Chinese yam tuber)（ヤムイモに含まれる可溶性タンパク質の同定と粘り成分中のマンナンとの関連性） 査読あり 国際誌
Myoda T, Matsuda Y, Suzuki T, Nakagawa T, Nagai T, Nagashima T
Food Science and Technology Research 12 299 - 302 2006年10月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ヤムイモは、ヤマノイモ目ヤマノイモ科ヤマノイモ属(Dioscorea) のうち塊根（芋）を食用とする種の総称である。ヤマノイモ属には約600種が含まれるが、そのうち塊根を食用とするのは一部である。日本においてはヤマノイモが同属として知られている。本研究ではヤムイモに含まれる粘性物質について、関連物質の精製や生化学的性状について実験し、マンナン結合レクチンが重要な役割を担っていることを示唆した。
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Four molecules of the 33 kDa haemagglutinin component of the Clostridium botulinum serotype C and D toxin complexes are required to aggregate erythrocytes（ボツリヌスCおよびD型毒素複合体が血球凝集活性を示すには4分子のHA-33が必要であることに関する研究） 査読あり 国際誌
Mutoh S, Suzuki T, Hasegawa K, Nakazawa Y, Kouguchi H, Sagane Y, Niwa K, Watanabe T, Ohyama T
Microbiology-UK 151 1475 - 1483 2005年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は神経毒素に無毒なタンパク質群（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合した複合体構造を有する。構成するサブユニットのうち、HA-33は血球凝集活性や腸管吸収に重要であると考えられている。HA-33は菌株の違いよりアミノ酸配列に差があることが知られているが、結球凝集活性にも差があるかは不明である。本研究では、ボツリヌスC型およびD型菌が産生するHA-33について、アミノ酸配列や立体構造の特徴と血球凝集活性の関係を調べた。
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Characterization of the interaction between subunits of the botulinum toxin complex produced by serotype D through tryptic susceptibility of the isolated components and complex forms（ボツリヌスD型毒素複合体および構成成分単体のトリプシン感受性から推定したサブユニット間相互作用領域） 査読あり 国際誌
Suzuki T, Watanabe T, Mutoh S, Hasegawa K, Kouguchi H, Sagane Y, Fujinaga Y, Oguma K, Ohyama T
Microbiology-UK 151 3847 - 3858 2005年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は神経毒素に4種の無毒タンパク質（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合して形成されたタンパク質複合体である。非常に巨大で複雑な構造であるため、複合体全体の結晶構造解析は難しく、サブユニット間の相互作用部位も不明である。本研究では、サブユニットを分離精製し、様々なパターンでの複合体再構成実験を行い、さらに、それらのプロテアーゼ感受性試験を行うことで、サブユニットの立体配置を示す複合体構造モデルを提唱した。
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Characterization of a novel acid phosphatase from embryonic axes of kidney bean exhibiting vanadate-dependent chloroperoxidase activity（バナジウム依存性クロロペルオキシダーゼ活性を示すインゲン豆胚軸由来酸性ホスファターゼの特性） 査読あり 国際誌
Yoneyama T, Shiozawa M, Nakamura M, Suzuki T, Sagane Y, Katoh Y, Watanabe T, Ohyama T
The Journal of Biological Chemistry 279 37477 - 37484 2004年09月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
酸性ホスファターゼはインゲン豆などに含まれる種子の発芽時などに働く酵素である。本研究では、オオフク豆の軸からインゲン豆由来の紫色酸性ホスファターゼとは異なる新規の酵素を発見し精製した。この新規の酸性ホスファターゼは、バナジウム存在下ではクロロペルオキシダーゼ活性を示す非常に特徴的な酵素であった。基質特異性や金属依存性など酵素化学的実験、塩基配列解析、タンパク質構造の特徴などを詳細に調べた。
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Characterization of toxin complex produced by a unique strain of Clostridium botulinum serotype D 4947（ボツリヌスD型菌4947株が産生する毒素複合体の特性） 査読あり 国際誌
Hasegawa K, Watanabe T, Sato H, Sagane Y, Mutoh S, Suzuki T, Yamano A, Kouguchi H, Takeshi K, Kamaguchi A, Fujinaga Y, Oguma K, Ohyama T
The Protein Journal 23 371 - 378 2004年08月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は、神経毒素に無毒タンパク質群（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合したタンパク質複合体である。菌が産生する内因性のプロテアーゼによって神経毒素の特異的部位が切断され、これによって毒性が大きく上昇している。また、NTNHAやHA-70にも切断が生じる。しかし、ごく一部の菌はプロテアーゼによる切断が全くないintactな毒素を産生している。本研究では、そのようなintactな毒素を産生するD型菌を培養し、高純度な毒素の精製法を確立した。
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ボツリヌスD型菌4947株毒素複合体タンパク質の 単一構成成分および複合体のトリプシン感受性（修士（生物産業学）、東京農業大学第138号）
鈴木智典
2004年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：学位論文（その他）
ボツリヌス毒素は神経毒素に4種の無毒タンパク質（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合して形成されたタンパク質複合体である。非常に巨大で複雑な構造であるため、複合体全体の結晶構造解析は難しく、サブユニット間の相互作用部位も不明である。本研究では、サブユニットを分離精製し、様々なパターンでの複合体再構成実験を行い、さらに、それらのプロテアーゼ感受性試験を行うことで、サブユニットの立体配置を示す複合体構造モデルを提唱した。
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Complete subunit structure of the Clostridium botulinum type D toxin complex via intermediate assembly with nontoxic components（中間体に無毒タンパク質が結合することで形成されるボツリヌスD型毒素複合体の完成型構造） 査読あり 国際誌
Mutoh S, Kouguchi H, Sagane Y, Suzuki T, Hasegawa K, Watanabe T, Ohyama T
Biochemistry 42 10991 - 10997 2003年09月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
ボツリヌス毒素は、神経毒素（BoNT）に無毒タンパク質群（NTNHA、HA-70、HA-33、HA-17）が結合したタンパク質複合体である。従前、複合体には構成成分の異なる３パターンが確認されていたが、本研究では、HAサブユニット数の異なる新たに2種の複合体種を培養液中から発見した。その構造や活性について比較を行った結果、新たな複合体は複合体の形成途中の中間体であると思われ、毒素複合体の形成機構を推測した。
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Molecular characterization of GroES and GroEL homologues from Clostridium botulinum（ボツリヌス菌が産生するGroESおよびGroELの分子特性） 査読あり 国際誌
Sagane Y, Hasegawa K, Mutoh S, Kouguchi H, Suzuki T, Sunagawa H, Nakagawa T, Kamaguchi A, Okasaki S, Nakayama K, Watanabe T, Oguma K, Ohyama T
Journal of Protein Chemistry 22 99 - 108 2003年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
シャペロンとは、他のタンパク質分子が正しいフォールディングをして機能を獲得するのを助けるタンパク質の総称である。従前、ボツリヌス菌の分子シャペロンに関する研究はなかったが、我々は培養液中より60 kDaおよび10 kDaの分子シャペロン（GroELおよびGroES）を見出した。本研究では、その遺伝子配列解析、タンパク質の精製方法、ATPase活性測定などを行った。