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田中 尚人 (タナカ ナオト) Naoto Tanaka 教授 |
出身大学院 【 表示 ／ 非表示 】
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東京農業大学 農学研究科 農芸化学専攻 博士後期課程 修了
1998年04月 - 2001年03月
国名：日本国
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東京農業大学 農学研究科 農芸化学専攻 博士前期課程 修了
1996年04月 - 1998年03月
国名：日本国
学内職務経歴 【 表示 ／ 非表示 】
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東京農業大学 応用生物科学部 生物応用化学科 副手
2001年04月 - 2001年06月
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東京農業大学 応用生物科学部 菌株保存室 講師
2007年04月 - 2010年09月
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東京農業大学 大学院農学研究科 環境共生学専攻 講師
2009年04月 - 2010年09月
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東京農業大学 大学院農学研究科 環境共生学専攻 准教授
2010年10月 - 2013年03月
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東京農業大学 応用生物科学部 准教授
2010年10月 - 2015年03月
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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Kosuke Yamamoto, Fumiya Watanabe, Riku Murakami, Hinako Kubo, Takao Iino, Moriya Ohkuma, Minenosuke Matsutani, Hikaru Sakamoto, Hiromasa Saitoh and Naoto Tanaka
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 76 ( 4 ) 1 - 10 2026年04月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Microbiology Society
Two novel bacterial strains, designated as strains 483ᵀ and 357ᵀ, were isolated from the rhizosphere and root, respectively, of Triglochin maritima L. collected from Lake Notoro, Hokkaido, Japan. Strain 357ᵀ was motile, whereas strain 483ᵀ was non-motile. Both strains grew at 10–40 °C (optimum, 30 °C), pH 5.5–9.0 (optimum, pH 6.0) and 0–15.94% (w/v) NaCl (optimum, 1.94%). Based on 16S rRNA gene sequences, strain 483ᵀ was most similar to Qipengyuania aestuarii GH1ᵀ (99.7%), while strain 357ᵀ was closely related to Alteriqipengyuania abyssalis NZ-12Bᵀ and Alteriqipengyuania lutimaris S-5ᵀ (both 98.7%). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that strains 483ᵀ and 357ᵀ clustered with Q. aestuarii GH1ᵀ and A. abyssalis NZ-12Bᵀ, respectively. Whole-genome phylogeny showed consistent results. DNA G+C contents were 59.9 mol% (strain 483ᵀ) and 65.4 mol% (strain 357ᵀ). The average nucleotide identity (ANI), fastANI and digital DNA–DNA hybridization values between the novel strains and their closest relatives were 82.8–85.5%, 82.8–85.5% and 25.2–26.3%, respectively. Both strains contained ubiquinone-10 as the sole respiratory quinone. The major fatty acids in strain 483ᵀ were C14 : 0 2-OH and summed feature 8 (C18 : 1 ω7c), differing from Q. aestuarii. In strain 357ᵀ, C17 : 1 ω6c and summed feature 8 predominated, similar to A. abyssalis and A. lutimaris. Polar lipids of strain 483ᵀ were mainly phosphatidylcholine, phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol, sphingoglycolipid and five unidentified lipids, whereas strain 357ᵀ mainly contained phosphatidylcholine, phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol, sphingoglycolipid and three unidentified lipids. Based on these results, strains 483ᵀ and 357ᵀ represent novel species of Qipengyuania and Alteriqipengyuania, for which the names Qipengyuania triglochinis sp. nov. and Alteriqipengyuania triglochinis sp. nov. are proposed. The type strains are strain 483ᵀ (=NRIC 2006ᵀ=JCM 36263ᵀ=NCIMB 15619ᵀ=DSM 120134T) and strain 357ᵀ (=NRIC 2005ᵀ=JCM 36262ᵀ=NCIMB 15618ᵀ=DSM 120133T).
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Yuuki Kobayashi, Junta Sugiyama, Rahul Sk , Yuh Shiwa, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima
Micologia 28 1 - 18 2026年01月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Taylor $ Francis
Taphrinomycotina, a subphylum of the phylum Ascomycota, comprises fungi with diverse morphologies and ecologies. Saitoella and Savitreella are genera of red-colored yeasts within Taphrinomycotina, but their precise phylogenetic positions have remained controversial. In this study, we sequenced the whole genomes of Saitoella coloradoensis and Savitreella phatthalungensis in order to elucidate their phylogenetic relationships using a phylogenomic approach based on chromosome-level genome assemblies generated by long-read sequencing technologies. Our phylogenetic analyses suggest that Saitoella is distinct from all currently described classes within Taphrinomycotina, whereas Savitreella seems to belong to the class Taphrinomycetes. Furthermore, Saitoella shares high average amino acid identity with all other classes in Taphrinomycotina, suggesting that it retains ancient gene sequences. Our findings enable us to propose a new class, order, and family-namely, Saitoellomycetes, Saitoellales, and Saitoellaceae-automatically typified by the genus Saitoella. Our chromosome-level assembly reveals that Saitoella coloradoensis possesses 38 chromosomes, the highest number of chromosomes among fungi reported to date. We also identify structural differences between two Saitoella species and a chromosome structure lacking the canonical palindromic centromeric repeat sequence.
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Yuuki Kobayashi, Moriya Ohkuma, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima
scientific reports 16 1732 2025年12月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Nature Portfolio
Rhodotorula toruloides is a basidiomycete yeast known for accumulating lipids within its cells. Owing to its oil-producing potential, many strains of this species have been isolated and studied. However, substantial genetic diversity has been reported within this species, making the true taxonomic boundaries of R. toruloides ambiguous. In this study, we sequenced the whole genomes of multiple strains of R. toruloides and related species, generated complete chromosome-level assemblies, and conducted comparative analyses. We found that the genomes of Rhodotorula and Rhodosporidiobolus generally comprise 17 chromosomes with conserved chromosomal synteny. However, some strains of R. toruloides exhibited chromosomal shuffling. Notably, several of these rearrangements were observed among strains that had diverged under laboratory conditions, suggesting that irregular structural mutations occurred in artificial culture environments. Our findings revealed such abnormal chromosomal evolution under artificial conditions and underscore the potential for cryptic mutations, which are undetectable by phenotype or gene sequence comparisons, to arise in laboratory strains. We also found that the genome of the haploid strain NP11, which is a descendant of the type strain of R. toruloides, comprises only one parental genome.
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2025年シンポジウム「微生物の分離とその利活用─食と健康へのアプローチ─」
田中 尚人
日本微生物資源学会誌 41 ( 2 ) 100 - 102 2025年12月
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Yuuki Kobayashi, Naoto Tanaka, Minenosuke Matsutani, Yuuna Kurokawa, Keita Aoki, Moriya Ohkuma, Ri-ichiroh Manabe, Masako Takashima
IMA Fungus 16 e141626 2025年05月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Pensoft Publishers
Sporidiobolales is a fungal order of Basidiomycota within the subphylum Pucciniomycotina. This order encompasses significant yeasts, such as the oleaginous species Rhodotorula toruloides and the opportunistic pathogen R. mucilaginosa. We present the sequencing and comparative analysis of 35 Sporidiobolales strains from 27 species, alongside a Leucosporidium strain (Leucosporidiales), and incorporating publicly available genomic data for related fungi. Based on the phylogenomics data, we found that the topologies obtained were relatively similar and in line with previous reports. A comparison between genomic makeup and previously described phenotypes revealed that the ability to utilize nitrate, raffinose, rhamnose, or sucrose clearly correlated with the existence of key enzymes involved in the corresponding metabolic pathways. However, similar associations could not be established for other carbon sources, such as maltose, galactose, or xylose. We further identified orthologs that are specifically present or absent in each taxon. These results and the genomic sequencing data will help in gaining a better understanding of these non-model yeast species.
書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】
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田中尚人（ 担当： 共著 , 範囲： 東京農業大学の乳酸菌コレクション）
(株)エヌ・ティー・エス 2023年09月 （ ISBN:978-4-86043-858-6 ）
記述言語：日本語 著書種別：一般書・啓蒙書
生物資源として、生きた研究材料として重要性が高まる中、研究の発展に寄与する微生物資源の利活用について解説している。また、微生物メタゲノム情報の解析や環境サンプルの直接研究により明らかになりつつ微生物の多様性・生態について記載している。
MISC 【 表示 ／ 非表示 】
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公益財団法人発酵研究所 学会・研究部会助成 駒形和男先生追悼公開シンポジウム 「新たな時代を拓く微生物分類学：現状と展望」
田中 尚人, 飯野 隆夫, 石田 達也, 伊藤 隆, 乙黒 美彩, 河地 正伸, 鈴木 誠, 高島 昌子
日本微生物資源学会誌 39 ( 1 ) 41 - 45 2023年
担当区分：筆頭著者, 責任著者 記述言語：日本語 掲載種別：会議報告等 出版者・発行元：日本微生物資源学会
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乳酸菌を分離するための基本 招待あり 査読あり
田中尚人
日本乳酸菌学会誌 30 ( 1 ) 3 - 7 2019年03月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
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ユーザーの求める機能性乳酸菌株のオンライン選抜システムの開発
田中尚人，宮崎智，鈴木智典，冨田理，梶川揚申，内野昌孝，五十君靜信，岡田早苗
日本微生物資源学会誌 33 ( 1 ) 31 - 37 2017年06月
担当区分：筆頭著者 記述言語：英語 掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）
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デルブレッキー菌は変な乳酸菌
田中尚人
生物工学会会誌 95 ( 4 ) 207 2017年04月
記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（大学・研究所紀要）
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これからのハラール研究
阿部尚樹、内野昌孝、野口治子、田中尚人、岡大貴
食品機械装置 2016年05月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
共同研究実施実績 【 表示 ／ 非表示 】
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発酵食品由来微生物の分類学的研究
2014年09月 - 2017年03月
独立行政法人製品評価技術基盤機構 国内共同研究 国内共同研究
国内外発酵食品由来乳酸菌の系統分布の解析および新種提唱
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新規機能性乳酸菌資源開発の共同事業
2011年08月 - 2014年03月
独立行政法人製品評価技術基盤機構 国内共同研究 国内共同研究
モンゴルの乳酸菌の分離及び系統解析による系統的分布と応用利用のための性状解析
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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Stenotrophomonas maltophilia 基準株と biovar2 群の再分類のための比較ゲノム解析 国際会議
小川 泰地、久富 敦、志波 優、藤田 信之、田中 尚人
日本農芸化学会2022年度大会 2022年03月
開催年月日： 2022年03月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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環境試料へのシデロフォア添加によるバイオフィルム形成および構成菌種の特性 国際会議
久富 敦、志波 優、藤田 信之、田中 尚人
日本農芸化学会2022年度大会 2022年03月
開催年月日： 2022年03月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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比較ゲノムによる Cutaneotrichosporon cavernicola の交配型遺伝子座の解析 国際会議
栢森 綺音、青木 敬太、志波 優、藤田 信之、杉田 隆、高島 昌子、田中 尚人
日本農芸化学会2022年度大会 2022年03月
開催年月日： 2022年03月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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生分解性プラスチックの河川微生物叢への影響 国際会議
田中 尚人、門屋 亨介、石井 大輔、藤田 信之、田口 精一
日本農芸化学会2019年度大会 2019年03月
開催年月日： 2019年03月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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微生物群集解析による生分解性プラスチックの河川への影響 国際会議
門屋 亨介、田中 尚人、藤田 信之、石井 大輔、田口 精一
日本農芸化学会2019年度大会 2019年03月
開催年月日： 2019年03月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
委員歴 【 表示 ／ 非表示 】
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日本微生物資源学会 理事（会計）
2014年09月 - 現在
団体区分：学協会
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日本微生物資源学会 理事（編集副委員長）
2009年04月 - 2014年08月
団体区分：学協会
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日本微生物系統分類研究会 理事（会計）
2008年01月 - 2015年03月