|
職名 |
客員教授 |
|
外部リンク |
|
|
|
坂本 光央 (サカモト ミツオ) - 客員教授 |
論文 【 表示 ／ 非表示 】
-
次世代シーケンサーデータの解析手法 第 20 回 RNA-seq カウントデータの性質と統計モデル
牧野 磨音, 坂本 光央, 清水 謙多郎, 門田 幸二
日本乳酸菌学会誌 34 ( 1 ) 21 - 29 2023年03月
記述言語：日本語 出版者・発行元：日本乳酸菌学会
<p>RNA-seq 解析の目的の多くは、比較する状態または群間で発現の異なる遺伝子（DEG）の同定である。ほとんどのプログラムは R のパッケージとして提供されており、その入力は、カウントデータとよばれる各行が遺伝子、各列がサンプルからなる数値行列である。本稿では、なぜ負の二項分布とよばれる統計モデルが DEG 検出目的でよく用いられるのかについて、数式を交えて解説する。また、このカウントデータの性質を説明する手段としてよく用いられる平均－分散プロットについて、データの前処理から ggplot2 による描画まで述べる。</p>
DOI： 10.4109/jslab.34.21