2022/09/22 更新

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西田 暁史 (ニシダ アキフミ)

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助教

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助教

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外部リンク

学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(工学) ( 2018年03月   東京工業大学 )

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   助教

    2022年04月 - 現在

所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本微生物生態学会

    2016年 - 現在

  • 日本生物工学会

    2022年 - 現在

  • 日本農芸化学会

    2022年 - 現在

  • 日本バイオインフォマティクス学会

    2022年 - 現在

  • 日本ゲノム微生物学会

    2022年 - 現在

研究シーズ 【 表示 / 非表示

  • 機械学習を用いた無細胞タンパク質合成系の開発

  • メタゲノム解析を用いた河川・排水処理場の水質調査

  • 腸内微生物叢データからパーソナルデータを推測する機械学習モデルの開発

論文 【 表示 / 非表示

  • Hydrocarbon Cycling in the Tokamachi Mud Volcano (Japan): Insights from Isotopologue and Metataxonomic Analyses 査読あり

    Alexis Gilbert, Mayuko Nakagawa, Koudai Taguchi, Naizhong Zhang, Akifumi Nishida, Naohiro Yoshida

    Microorganisms   10 ( 7 )   1417   2022年07月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3390/microorganisms10071417

  • Alternative state transition control by regulating the spatial arrangement of organisms using a lattice model 査読あり

    Shuuki Takizawa, Akifumi Nishida, Masayuki Yamamura

    Ecosphere   13 ( 3 )   2022年03月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Wiley  

    DOI: 10.1002/ecs2.3981

    その他リンク: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/ecs2.3981

  • Determinism of microbial community assembly by drastic environmental change 査読あり

    Akifumi Nishida*, Mayuko Nakagawa, Masayuki Yamamura

    PLOS ONE   16 ( 12 )   e0260591 - e0260591   2021年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Public Library of Science (PLoS)  

    Microbial community assembly is shaped by deterministic and stochastic processes, but the relationship between these processes and the environment is not understood. Here we describe a rule for the determinism and stochasticity of microbial community assembly affected by the environment using in silico, in situ, and ex situ experiments. The in silico experiment with a simple mathematical model showed that the existence of essential symbiotic microorganisms caused stochastic microbial community assembly, unless the community was exposed to a non-adapted nutritional concentration. Then, a deterministic assembly occurred due to the low number of microorganisms adapted to the environment. In the in situ experiment in the middle of a river, the microbial community composition was relatively deterministic after the drastic environmental change caused by the treated wastewater contamination, as analyzed by 16S rRNA gene sequencing. Furthermore, by culturing microbial communities collected from the upstream natural area and downstream urban area of the river in test tubes with varying carbon source concentrations, the upstream community assembly became deterministic with high carbon concentrations while the downstream community assembly became deterministic with low carbon concentrations. These results suggest that large environmental changes, which are different from the original environment, result in a deterministic microbial community assembly.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0260591

  • A cross-sectional analysis from the Mykinso Cohort Study: establishing reference ranges for Japanese gut microbial indices 査読あり

    Satoshi WATANABE, Shoichiro KAMEOKA, Natsuko O. SHINOZAKI, Ryuichi KUBO, Akifumi NISHIDA, Minoru KURIYAMA, Aya K. TAKEDA

    Bioscience of Microbiota, Food and Health   40 ( 2 )   123 - 134   2021年04月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BMFH Press  

    DOI: 10.12938/bmfh.2020-038

  • Usefulness of Machine Learning-Based Gut Microbiome Analysis for Identifying Patients with Irritable Bowels Syndrome 査読あり

    Hirokazu Fukui (co-1st), Akifumi Nishida (co-1st), Satoshi Matsuda, Fumitaka Kira, Satoshi Watanabe, Minoru Kuriyama, Kazuhiko Kawakami, Yoshiko Aikawa, Noritaka Oda, Kenichiro Arai, Atsushi Matsunaga, Masahiko Nonaka, Katsuhiko Nakai, Masao Matsumoto, Shinji Morishita, Aya K. Takeda, Hiroto Miwa

    Journal of Clinical Medicine   9(8) ( 2403 )   2020年07月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3390/jcm9082403

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科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

その他競争的資金獲得実績 【 表示 / 非表示

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