2022/06/19 更新

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志波 優 (シワ ユウ)

SHIWA Yuh

准教授

職名

准教授

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連絡先

外部リンク

出身学校 【 表示 / 非表示

  • 東京農業大学   応用生物科学部   バイオサイエンス学科   卒業

    2000年04月 - 2004年03月

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    国名:日本国

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 東京農業大学   農学研究科   バイオサイエンス専攻   博士前期課程   修了

    2004年04月 - 2006年03月

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    国名:日本国

学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(バイオサイエンス) ( 2014年06月   東京農業大学 )

  • 修士(バイオサイエンス) ( 2006年03月   東京農業大学 )

  • 学士(応用生物科学) ( 2004年03月   東京農業大学 )

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   助教

    2017年04月 - 2019年03月

  • 東京農業大学   生物資源ゲノム解析センター   主任研究員

    2018年04月 - 現在

  • 東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   学科主事

    2019年04月 - 2021年03月

  • 東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   准教授

    2019年04月 - 現在

学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 岩手医科大学   いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門   非常勤講師

    2017年11月 - 現在

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    国名:日本国

  • 岩手医科大学   いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門   特命講師

    2015年01月 - 2017年03月

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    国名:日本国

  • 岩手医科大学   いわて東北メディカル・メガバンク機構 メガバンク・データ管理部門   特命助教

    2013年04月 - 2014年12月

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    国名:日本国

  • 東京農業大学   生物資源ゲノム解析センター   学術研究員

    2009年04月 - 2013年03月

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    国名:日本国

  • 三菱スペース・ソフトウエア株式会社   つくば事業部   -

    2006年04月 - 2008年09月

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    国名:日本国

所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本バイオインフォマティクス学会

    2018年06月 - 現在

  • 日本農芸化学会

    2018年03月 - 現在

  • 日本ゲノム微生物学会

    2018年01月 - 現在

  • 日本分子生物学会

    2009年01月 - 現在

研究分野 【 表示 / 非表示

  • ライフサイエンス / 応用微生物学

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学

研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • ゲノム解析

  • 微生物

  • バイオインフォマティクス

論文 【 表示 / 非表示

  • Antagonism of Bacillus velezensis Isolate from Anaerobically Digested Dairy Slurry against Fusarium Wilt of Spinach 査読あり

    Sugiyama, T., Natsuaki, K. T., Tanaka, N., Shiwa, Y., & Irie, M.

    Agronomy   12 ( 5 )   1058   2022年04月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3390/agronomy12051058

  • Orthologs of Saccharomyces cerevisiae SFH2, genes encoding Sec14 family proteins, implicated in utilization of n-alkanes and filamentous growth in response to n-alkanes in Yarrowia lipolytica 査読あり

    Watanabe N, Iwama R, Murayama R, Suzawa T, He Z, Mizuike A, Shiwa Y, Yoshikawa H, Horiuchi H, Fukuda R.

    FEMS Yeast Res.   22 ( 1 )   foac006   2022年02月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/femsyr/foac006

  • Draft Genome Sequence of the Polychlorinated Biphenyl Degrader Comamonas testosteroni Strain YAZ2, Isolated from a Natural Landscape in the Tohoku Region of Japan 査読あり

    Hara T, Takatsuka Y, Shiwa Y, Yokota K.

    Microbiol Resour Announc.   11 ( 1 )   e0080621   2022年01月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1128/mra.00806-21

  • Bacterial community of water yam (Dioscorea alata L.) cv. A-19 査読あり

    Shunta Kihara, Kosuke Yamamoto, Atsushi Hisatomi, Yuh Shiwa, Chia-Cheng Chu, Kanako Takada, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil, Hidehiko Kikuno, Naoto Tanaka, Hironobu Shiwachi

    Microbes and Environments   in press   2022年

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • 環境試料へのシデロフォア添加によるバイオフィルム形成および構成菌種の特性

    久富 敦, 志波 優, 藤田 信之, 田中 尚人

    日本微生物資源学会誌   in press   2022年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • 実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ

    坊農 秀雅, 志波 優, 他15名( 担当: 共著)

    羊土社  2021年12月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • 実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に!

    荒川 和晴, 宮本 真理, 志波 優, 他19名( 担当: 共著)

    羊土社  2021年09月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • 次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版

    清水厚志、坊農秀雅、志波優、他33名( 担当: 共著 ,  範囲: 「Level2(実践編)0からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。)

    学研メディカル秀潤社  2019年12月 

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    総ページ数:B5変型判 384ページ   記述言語:日本語   著書種別:学術書

    本書では次世代シークエンサーにおいて、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介している。

  • 遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発

    兼崎友、志波優、吉川博文、他72名( 担当: 共著 ,  範囲: 「第5章12節 微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」(p.176-182)を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。)

    技術情報協会  2014年05月 

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    総ページ数:A4判 566頁   担当ページ:176-182   記述言語:日本語   著書種別:学術書

    本書は、遺伝子、DNA利用に関わる規制、倫理問題への対応から、DNA解析装置の取り扱い、解析のコツとトラブル防止策まで幅広く解説したハンドブックである。

産業財産権 【 表示 / 非表示

  • 環境因子、中間形質または疾患と関連性のあるCpG部位の候補となるCpG部位を特定する方法

    八谷 剛史、清水 厚志、古川 亮平、志波 優、大桃 秀樹

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    出願番号:特願2017-7100  出願日:2017年01月

    公表番号:特開2018-113911  公表日:2018年07月

    出願国:国内  

その他研究活動 【 表示 / 非表示

  • 座長:第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」

    2019年09月

  • 座長:日本農芸化学会2019年度大会:[生物科学]生物工学 - 解析技術・方法論 2019年3月27日

    2019年03月

  • 座長:第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール,どうやってユーザーに届ける? 〜 Galaxy,Docker,クラウドを活用する」

    2018年09月

学術関係受賞 【 表示 / 非表示

  • 2014年 Biosci. Biotechnol. Biochem. 論文賞

    2015年03月   日本農芸化学会   Cell motility and biofilm formation in Bacillus subtilis are affected by the ribosomal proteins, S11 and S21

    Hiraku Takada, Masato Morita, Yuh Shiwa, Ryoma Sugimoto, Shota Suzuki, Fujio Kawamura & Hirofumi Yoshikawa

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    受賞区分:国内外の国際的学術賞  受賞国:日本国

科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開

    2017年04月 - 2019年03月

    科学研究費補助金  若手研究(B)

    志波 優

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    担当区分:研究代表者 

    Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinION は、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。しかしながら、フィールド研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化・高度化を目指して、MinION向けのクラウド型解析環境の構築と公開を行う。本研究計画により、研究者はシーケンスデータをインターネット経由でアップロードすることで、Webブラウザによるグラフィカルな操作系での解析が可能となる。研究者のバイオインフォマティクス解析能力の向上と、MinIONの幅広い応用に貢献することが期待される。

  • 震災ストレスによる動脈硬化性疾患感受性遺伝子の制御異常に関する網羅的解析

    2013年04月 - 2016年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究分担者 

講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索

    松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優

    日本土壌微生物学会2022年度大会(オンライン開催)  2022年06月 

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    開催年月日: 2022年06月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン開催  

  • サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み

    山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優

    日本微生物生態学会第 34 回大会(オンライン開催)  2021年10月 

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    開催年月日: 2021年10月 - 2021年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン開催  

  • メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索

    松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優

    日本微生物生態学会第 34 回大会(オンライン開催)  2021年10月 

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    開催年月日: 2021年10月 - 2021年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン開催  

  • サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み

    山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優

    第15回日本ゲノム微生物学会年会  2021年03月 

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    開催年月日: 2021年03月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン開催  

  • Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose 国際会議

    Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota

    BACELL2020  2020年04月 

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    開催年月日: 2020年04月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:The Kobe Chamber of Commerce and Industry and Ariston Hotel, Kobe, Japan  

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