2022/06/19 更新

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志波 優 (シワ ユウ)

SHIWA Yuh

准教授

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https://www.nodai.ac.jp/academics/life_sci/mole_micro/lab/146/

出身学校 【 表示 / 非表示

  • 2000年04月
    -
    2004年03月

    東京農業大学   応用生物科学部   バイオサイエンス学科   卒業

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 2004年04月
    -
    2006年03月

    東京農業大学  農学研究科  バイオサイエンス専攻  博士前期課程  修了

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 東京農業大学 -  博士(バイオサイエンス)

  • 東京農業大学 -  修士(バイオサイエンス)

  • 東京農業大学 -  学士(応用生物科学)

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 2017年04月
    -
    2019年03月

    東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   助教  

  • 2018年04月
    -
    継続中

    東京農業大学   生物資源ゲノム解析センター   主任研究員  

  • 2019年04月
    -
    2021年03月

    東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   学科主事  

  • 2019年04月
    -
    継続中

    東京農業大学   生命科学部   分子微生物学科   准教授  

学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 2006年04月
    -
    2008年09月

      三菱スペース・ソフトウエア株式会社   つくば事業部   -

  • 2009年04月
    -
    2013年03月

      東京農業大学   生物資源ゲノム解析センター   学術研究員

  • 2013年04月
    -
    2014年12月

      岩手医科大学   いわて東北メディカル・メガバンク機構 メガバンク・データ管理部門   特命助教

  • 2015年01月
    -
    2017年03月

      岩手医科大学   いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門   特命講師

  • 2017年11月
    -
    継続中

      岩手医科大学   いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門   非常勤講師

所属学会・委員会 等 【 表示 / 非表示

  • 2009年01月
    -
    継続中
     

    日本分子生物学会

  • 2018年01月
    -
    継続中
     

    日本ゲノム微生物学会

  • 2018年03月
    -
    継続中
     

    日本農芸化学会

  • 2018年06月
    -
    継続中
     

    日本バイオインフォマティクス学会

専門分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

  • 応用微生物学

  • ゲノム生物学

研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • バイオインフォマティクス

  • 微生物

  • ゲノム解析

学位論文 【 表示 / 非表示

  • Establishment of analysis methods for microbial genomics using next-generation sequencing and their applications for microbial genomics. (次世代シーケンサーを用いた微生物ゲノミクス解析手法の確立とその応用)

    Shiwa Y

    東京農業大学    2014年06月

    学位論文(博士)   単著

    本論文では第二世代・第三世代を含む次世代シーケンサーを用いた微生物ゲノム解析手法の確立とその応用を目的とした。第1章では、多サンプルのバイオインフォマティクス解析を併行して行うための解析パイプラインを構築し、枯草菌のリシーケンス解析へ応用した。第2章では、リシーケンス解析で検出された変異のアノテーションを行うソフトウェアを開発し、出芽酵母のリシーケンス解析へ応用した。第3章では、新規ゲノム配列決定とゲノムアノテーション手法を確立し、乳酸菌の新規完全ゲノム配列の決定へ応用した。本論文で確立した解析手法が、今後の微生物学の発展だけでなく、有用微生物の育種等の産業応用にも貢献できると期待される。

  • 枯草菌のパラログ遺伝子解析による新規必須機能の探索

    志波 優

    東京農業大学    2006年03月

    学位論文(修士)   単著

    グラム陽性菌のモデル生物である枯草菌は、約300遺伝子が栄養培地での生育に必須であることが見出された。これらの遺伝子は単独破壊で致死を示す。一方、枯草菌ゲノムにはマルチコピー遺伝子が多数存在し、互いに機能を相補しているために遺伝子破壊の影響が現れない遺伝子の存在も考えられた。本研究では相同性検索によりゲノム中に2コピー存在するダブレット・パラログを抽出し、二重欠損変異株を作製し新規の増殖必須機能の探索を試みた。

論文 【 表示 / 非表示

  • Antagonism of Bacillus velezensis Isolate from Anaerobically Digested Dairy Slurry against Fusarium Wilt of Spinach

    Sugiyama, T., Natsuaki, K. T., Tanaka, N., Shiwa, Y., & Irie, M.

    Agronomy   12 ( 5 ) 1058   2022年04月  [査読有り]

    研究論文(学術雑誌)   共著

    DOI

  • Orthologs of Saccharomyces cerevisiae SFH2, genes encoding Sec14 family proteins, implicated in utilization of n-alkanes and filamentous growth in response to n-alkanes in Yarrowia lipolytica

    Watanabe N, Iwama R, Murayama R, Suzawa T, He Z, Mizuike A, Shiwa Y, Yoshikawa H, Horiuchi H, Fukuda R.

    FEMS Yeast Res.   22 ( 1 ) foac006   2022年02月  [査読有り]

    研究論文(学術雑誌)   共著

    DOI

  • Draft Genome Sequence of the Polychlorinated Biphenyl Degrader Comamonas testosteroni Strain YAZ2, Isolated from a Natural Landscape in the Tohoku Region of Japan

    Hara T, Takatsuka Y, Shiwa Y, Yokota K.

    Microbiol Resour Announc.   11 ( 1 ) e0080621   2022年01月  [査読有り]

    研究論文(学術雑誌)   共著

    DOI

  • 環境試料へのシデロフォア添加によるバイオフィルム形成および構成菌種の特性

    久富 敦, 志波 優, 藤田 信之, 田中 尚人

    日本微生物資源学会誌   in press   2022年

    研究論文(学術雑誌)   共著

  • Bacterial community of water yam (Dioscorea alata L.) cv. A-19

    Shunta Kihara, Kosuke Yamamoto, Atsushi Hisatomi, Yuh Shiwa, Chia-Cheng Chu, Kanako Takada, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil, Hidehiko Kikuno, Naoto Tanaka, Hironobu Shiwachi

    Microbes and Environments   in press   2022年  [査読有り]

    研究論文(学術雑誌)   共著

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著書 【 表示 / 非表示

  • 実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ

    坊農 秀雅, 志波 優, 他15名 (担当: 共著 )

    羊土社  2021年12月

  • 実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に!

    荒川 和晴, 宮本 真理, 志波 優, 他19名 (担当: 共著 )

    羊土社  2021年09月

  • 次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版

    清水厚志、坊農秀雅、志波優、他33名 (担当: 共著 , 担当範囲: 「Level2(実践編)0からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。 )

    学研メディカル秀潤社  2019年12月

    本書では次世代シークエンサーにおいて、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介している。

  • 遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発

    兼崎友、志波優、吉川博文、他72名 (担当: 共著 , 担当範囲: 「第5章12節 微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」(p.176-182)を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。 )

    技術情報協会  2014年05月

    本書は、遺伝子、DNA利用に関わる規制、倫理問題への対応から、DNA解析装置の取り扱い、解析のコツとトラブル防止策まで幅広く解説したハンドブックである。

特許等 【 表示 / 非表示

  • 環境因子、中間形質または疾患と関連性のあるCpG部位の候補となるCpG部位を特定する方法

    特願 特願2017-7100  特開 特開2018-113911 

    八谷 剛史、清水 厚志、古川 亮平、志波 優、大桃 秀樹

その他研究活動 【 表示 / 非表示

  • 座長:第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」

    その他 

    2019年09月
     
     

  • 座長:日本農芸化学会2019年度大会:[生物科学]生物工学 - 解析技術・方法論 2019年3月27日

    その他 

    2019年03月
     
     

  • 座長:第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール,どうやってユーザーに届ける? 〜 Galaxy,Docker,クラウドを活用する」

    その他 

    2018年09月
     
     

学術関係受賞 【 表示 / 非表示

  • 2014年 Biosci. Biotechnol. Biochem. 論文賞

    2015年03月26日   日本農芸化学会   Cell motility and biofilm formation in Bacillus subtilis are affected by the ribosomal proteins, S11 and S21  

    受賞者:  Hiraku Takada, Masato Morita, Yuh Shiwa, Ryoma Sugimoto, Shota Suzuki, Fujio Kawamura & Hirofumi Yoshikawa

科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開

    若手研究(B)

    研究期間:  2017年04月  -  2019年03月  代表者:  志波 優

    Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinION は、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。しかしながら、フィールド研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化・高度化を目指して、MinION向けのクラウド型解析環境の構築と公開を行う。本研究計画により、研究者はシーケンスデータをインターネット経由でアップロードすることで、Webブラウザによるグラフィカルな操作系での解析が可能となる。研究者のバイオインフォマティクス解析能力の向上と、MinIONの幅広い応用に貢献することが期待される。

  • 震災ストレスによる動脈硬化性疾患感受性遺伝子の制御異常に関する網羅的解析

    基盤研究(C)

    研究期間:  2013年04月  -  2016年03月 

研究発表 【 表示 / 非表示

  • ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索

    松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優

    日本土壌微生物学会2022年度大会(オンライン開催)  (オンライン開催)  2022年06月  -  2022年06月 

  • サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み

    山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優

    日本微生物生態学会第 34 回大会(オンライン開催)  (オンライン開催)  2021年10月  -  2021年11月 

  • メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索

    松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優

    日本微生物生態学会第 34 回大会(オンライン開催)  (オンライン開催)  2021年10月  -  2021年11月 

  • サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み

    山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優

    第15回日本ゲノム微生物学会年会  (オンライン開催)  2021年03月  -  2021年03月 

  • Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose

    Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota

    BACELL2020  (The Kobe Chamber of Commerce and Industry and Ariston Hotel, Kobe, Japan)  2020年04月  -  2020年04月 

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