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志波 優 (シワ ユウ) SHIWA Yuh 准教授 |
学位 【 表示 ／ 非表示 】
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博士（バイオサイエンス） （ 2014年06月 東京農業大学 ）
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修士（バイオサイエンス） （ 2006年03月 東京農業大学 ）
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学士（応用生物科学） （ 2004年03月 東京農業大学 ）
学内職務経歴 【 表示 ／ 非表示 】
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東京農業大学 生命科学部 分子微生物学科 助教
2017年04月 - 2019年03月
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東京農業大学 生物資源ゲノム解析センター 主任研究員
2018年04月 - 現在
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東京農業大学 生命科学部 分子微生物学科 学科主事
2019年04月 - 2021年03月
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東京農業大学 生命科学部 分子微生物学科 准教授
2019年04月 - 現在
学外略歴 【 表示 ／ 非表示 】
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岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 非常勤講師
2017年11月 - 現在
国名：日本国
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岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命講師
2015年01月 - 2017年03月
国名：日本国
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岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 メガバンク・データ管理部門 特命助教
2013年04月 - 2014年12月
国名：日本国
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東京農業大学 生物資源ゲノム解析センター 学術研究員
2009年04月 - 2013年03月
国名：日本国
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三菱スペース・ソフトウエア株式会社 つくば事業部 -
2006年04月 - 2008年09月
国名：日本国
所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】
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日本バイオインフォマティクス学会
2018年06月 - 現在
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日本ゲノム微生物学会
2018年01月 - 現在
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日本分子生物学会
2009年01月 - 現在
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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RNA-seq dataset of superworm (Zophobas atratus) feeding on polystyrene foam
Yuh Shiwa, Shinya Kudo, Ayano Watanabe, Takeshi Doi, Mariko Shimizu-Kadota
Data in Brief 2026年08月
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Phylogenomic insights into Taphrinomycotina and genomic features of Saitoella coloradoensis based on whole-genome sequencing at the chromosome level, with a proposal of the new class Saitoellomycetes
Yuuki Kobayashi, Junta Sugiyama, Rahul Sk, Yuh Shiwa, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima
Mycologia 2026年03月
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An APP-centered molecular gateway integrates innate immunity and retinoic acid signaling to drive irreversible metamorphic commitment
Ryohei Furukawa, Mizuki Taguchi, Narufumi Kameya, Keisuke Tanaka, Haruka Sato, Takehiko Itoh, Yuh Shiwa
2026年01月
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Lactic acid production of bacteria from tree barks and proposal of Sporolactobacillus caesalpiniae sp. nov. 国際誌
Jenjuiree Mahittikon, Sitanan Thitiprasert, Nuttha Thongchul, Naoto Tanaka, Yuh Shiwa, Nitcha Chamroensaksri, Wongsakorn Phongsopitanun, Somboon Tanasupawat
International journal of systematic and evolutionary microbiology 75 ( 9 ) 2025年09月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Lactic acid bacteria are widely exploited in biotechnology due to their fermentation capacity and metabolite production. In this study, 19 isolates were recovered from tree bark collected across Thailand, representing the genera Enterococcus (11 isolates), Lactococcus (2 isolates), Weizmannia (3 isolates), Sporolactobacillus (2 isolates) and Terrilactibacillus (1 isolate). All exhibited homofermentative metabolism, producing l-, dl- or d-lactic acid. Among them, strain STCC-11T, isolated from the bark of Caesalpinia coriaria in Satun Province, Thailand, demonstrated strong potential for d-lactic acid production, achieving 96.31% optical purity, 1.082 g l-1 concentration and 0.451 g g-1 glucose yield. This novel Gram-positive, spore-forming, facultatively anaerobic bacterium STCC-11T grew at 30-45 °C, pH 6.0-9.0 and up to 3% NaCl. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene revealed 99.71% similarity with Sporolactobacillus nakayamae subsp. nakayamae ATCC 700379T. In addition, whole-genome analyses indicated that STCC-11T is distinct, with average nucleotide identity based on BLAST (ANIb) (94.12%), average nucleotide identity based on MUMmer (ANIm) (95.29%) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) (60.3%) values below species delineation thresholds. The genome (3.57 Mb, 43.8% G+C) encodes both ldhD and ldhL genes, and in silico safety assessment confirmed the absence of pathogenicity or transferable resistance genes. Based on polyphasic taxonomic evidence, STCC-11T represents a novel species of the genus Sporolactobacillus, for which the name Sporolactobacillus caesalpiniae sp. nov. is proposed. The type strain is STCC-11T (LMG 33980T =TISTR 10806T).
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Complete genome sequence of Levilactobacillus acidifarinae type strain JCM 15949 (DSM 19394)
Oshiro Mugihito, Nakamura Keisuke, Sk Rahul, Tashiro Yukihiro, Shiwa Yuh
Microbiology Resource Announcements 2025年06月
記述言語：英語
Here, we report the complete genome sequence of Levilactobacillus acidifarinae type strain JCM 15949 (DSM 19394), which was isolated from a Belgian artisanal wheat sourdough. The genome consisted of a circular chromosome (2,915,962 bp, 51.71% GC content) and a circular plasmid (30,910 bp, 39.78% GC content).
DOI： https://doi.org/10.1128/mra.00374-25
書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】
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実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
坊農 秀雅, 志波 優, 他15名（ 担当： 共著）
羊土社 2021年12月
記述言語：日本語 著書種別：学術書
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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に！
荒川 和晴, 宮本 真理, 志波 優, 他19名（ 担当： 共著）
羊土社 2021年09月
記述言語：日本語 著書種別：学術書
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
清水厚志、坊農秀雅、志波優、他33名（ 担当： 共著 , 範囲： 「Level2（実践編）０からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。）
学研メディカル秀潤社 2019年12月
総ページ数：B5変型判 384ページ 記述言語：日本語 著書種別：学術書
本書では次世代シークエンサーにおいて、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介している。
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遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発
兼崎友、志波優、吉川博文、他72名（ 担当： 共著 , 範囲： 「第5章12節 微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」（p.176-182）を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。）
技術情報協会 2014年05月
総ページ数：A4判 566頁 担当ページ：176-182 記述言語：日本語 著書種別：学術書
本書は、遺伝子、DNA利用に関わる規制、倫理問題への対応から、DNA解析装置の取り扱い、解析のコツとトラブル防止策まで幅広く解説したハンドブックである。
MISC 【 表示 ／ 非表示 】
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異なる土壌水分条件下におけるホワイトギニアヤム(Dioscorea rotundata Poir.)の共生細菌叢解析
木原駿太, 松本亮, 志波優, 志波優, 山本紘輔, 松谷峰之介, 松谷峰之介, 志和地弘信
日本微生物生態学会大会(Web) 37th 2024年
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病原性酵母Candida glabrataにおけるリボソームタンパク質遺伝子の転写制御機構の解明
中村美春, 島村直希, 志波優, 松谷峰之介, 知花博治, 笠原浩司
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
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免疫抑制剤ラパマイシン,及びFK506の標的分子FKBP12のヒト細胞における機能の解明
溝口明日香, 安藤悠里, 田口啓護, 志波優, 松谷峰之介, 片岡浩介, 笠原浩司
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
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次世代シーケンサーによるゴルフ場グリーン土壌の細菌叢および真菌叢の解析
宇城正和, 宇城正和, 渡邉秀富, 荒井賢一郎, 松谷峰之介, 志波優
芝草研究 52 ( 1 ) 2023年
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全ゲノム情報に基づいた担子菌酵母の変異と種分化の解析
小林裕樹, 栢森綺音, 青木敬太, 志波優, 松谷峰之介, 藤田信之, 杉田隆, 岩崎渉, 大熊盛也, 田中尚人, 高島昌子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
産業財産権 【 表示 ／ 非表示 】
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環境因子、中間形質または疾患と関連性のあるＣｐＧ部位の候補となるＣｐＧ部位を特定する方法
八谷 剛史、清水 厚志、古川 亮平、志波 優、大桃 秀樹
出願番号：特願2017-7100 出願日：2017年01月
公表番号：特開2018-113911 公表日：2018年07月
出願国：国内
その他研究活動 【 表示 ／ 非表示 】
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座長：第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」
2019年09月
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座長：日本農芸化学会2019年度大会：[生物科学]生物工学 - 解析技術・方法論 2019年3月27日
2019年03月
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座長：第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール，どうやってユーザーに届ける？ 〜 Galaxy，Docker，クラウドを活用する」
2018年09月
学術関係受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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2014年 Biosci. Biotechnol. Biochem. 論文賞
2015年03月 日本農芸化学会 Cell motility and biofilm formation in Bacillus subtilis are affected by the ribosomal proteins, S11 and S21
Hiraku Takada, Masato Morita, Yuh Shiwa, Ryoma Sugimoto, Shota Suzuki, Fujio Kawamura & Hirofumi Yoshikawa
受賞区分：国内外の国際的学術賞 受賞国：日本国
科研費（文科省・学振）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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大阪・関西万博とアジア競技大会における都市環境マイクロバイオームの変動調査
研究課題/領域番号：25K03276 2025年04月 - 2029年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
鈴木 治夫, 志波 優, 本多 了, 鈴木 留美子, クリュコフ キリル, 阿部 貴志, 岩埼 裕貴
配分額：18850000円 （ 直接経費：14500000円 、 間接経費：4350000円 ）
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バイオエアロゾルからの高感度・高精度ウイルス叢解析技術の開発
研究課題/領域番号：25K09604 2025年04月 - 2028年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
志波 優
配分額：4680000円 （ 直接経費：3600000円 、 間接経費：1080000円 ）
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真核生物のリボソーム合成制御の新規機構：ラパマイシン結合タンパク質の真の役割
研究課題/領域番号：23K05153 2023年04月 - 2027年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
笠原 浩司, 志波 優
配分額：4680000円 （ 直接経費：3600000円 、 間接経費：1080000円 ）
Fpr1のアラニンスキャン変異体の機能解析の結果、タンパク質の安定性に影響がなく、その機能がほぼ失われた変異体を複数同定した。その内のいくつかは自身のRPGプロモーターへの結合が著しく低下していた。各種解析からFpr1はRPG転写の主要転写因子Rap1依存的にRPGプロモーターに結合することを明らかにしており、これらの変異はRap1との相互作用に影響を与える可能性が高い。その他のRPGプロモーターへの結合に影響のない変異体はプロモーター結合以降の機能に欠損があると考えられる。
RPG転写制御に関わるFhl1は好栄養条件下では生育に必須な転写因子Ifh1をリクルートし転写を促進する一方、飢餓時には抑制因子Crf1がIfh1と競合的にFhl1に結合することで転写を抑制すると考えられているが、我々はIfh1やCrf1との相互作用を担うFhl1のFHAドメインが、Ifh1の解離、あるいは欠損により露出し、それが何らかの仕組みで生育を阻害することを示した。このFHAドメインによる生育阻害を抑圧する変異の探索やFHAドメインと相互作用する因子の探索を行い、複数の変異株や相互作用因子を単離しつつある。
カンジダグラブラータのRPG転写因子として新たにMcm1a, Mcm1bを同定し、その標的分子をChIP-seqにより網羅的に同定した。また両因子の二重破壊株が致死となることから両者が生育に必須な機能を共有していることを明らかにした。
ヒト細胞のFKBP12遺伝子を破壊し、その遺伝子発現への影響をRNA-seqを用いて網羅的に調べた結果、RPGを含む多くの遺伝子の転写への影響が見いだされた。同時に行った他のFKBPタンパク質のKO細胞を用いた同解析でもFKBP12のKOと類似の遺伝子発現変動を示したことから、ある種のFKBPタンパク質が一群の遺伝子の転写に協調的に機能していることが示唆された。 -
真核生物のリボソーム合成制御の新規機構：ラパマイシン結合タンパク質の真の役割
研究課題/領域番号：20K05965 2020年04月 - 2023年03月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
笠原 浩司, 志波 優
配分額：4420000円 （ 直接経費：3400000円 、 間接経費：1020000円 ）
出芽酵母のFKBP12をコードするFPR1は、その遺伝子破壊（fpr1Δ）が、リボソームタンパク質遺伝子(以下RPG:ribosomal protein gene)の転写に関わるHmo1の遺伝子破壊（hmo1Δ）との二重破壊により、著しい生育阻害を示すという発見を元に、Fpr1とHmo1が協調的にRPGsの転写因子であるFhl1/Ifh1コアクティベーター複合体をプロモーターにリクルートするという転写制御の仕組みを明らかにした。しかし、もはやFpr1の役割が不要となるはずのFhl1遺伝子破壊株（fhl1Δ）にfpr1Δを組み合わせると、さらに著しい生育阻害を引き起こしたことから、Fpr1はFhl1/Ifh1のリクルート以外に重要な役割を持つことが強く示唆されたため、その役割の解明を中心に遺伝学的手法を駆使して研究を進めている。
また114aaからなるFpr1タンパク質の最初のメチオニンを除く全てのアミノ酸を一つずつアラニンに変えていった変異体を作製して解析を行い、Fpr1の既知、あるいは未知の機能に重要なアミノ酸残基、及びドメインの決定を目指している。こうして得られる各種機能が失われたFpr1変異株の生育異常をサプレスする変異を取得し、Fpr1 の機能に関連する他の因子、及びそれらが協調して働く仕組みを解明する。
一方、出芽酵母で見つかったFKBP12の転写因子としての機能が他の真核生物でも保存されているかという疑問についても分裂酵母、ヒト培養細胞、及び病原性真菌であるCandida glabrataを用いてChIP-seq、RNA-seqなど、出芽酵母の研究で用いたのと同様の手法で解析を行っている。 -
ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開
2017年04月 - 2019年03月
科学研究費補助金 若手研究(B)
志波 優
担当区分：研究代表者
Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinION は、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。しかしながら、フィールド研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化・高度化を目指して、MinION向けのクラウド型解析環境の構築と公開を行う。本研究計画により、研究者はシーケンスデータをインターネット経由でアップロードすることで、Webブラウザによるグラフィカルな操作系での解析が可能となる。研究者のバイオインフォマティクス解析能力の向上と、MinIONの幅広い応用に貢献することが期待される。
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索
松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本土壌微生物学会2022年度大会（オンライン開催） 2022年06月
開催年月日： 2022年06月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
開催地：オンライン開催
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サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021年10月
開催年月日： 2021年10月 - 2021年11月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
開催地：オンライン開催
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メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索
松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021年10月
開催年月日： 2021年10月 - 2021年11月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
開催地：オンライン開催
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サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021年03月
開催年月日： 2021年03月
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
開催地：オンライン開催
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Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose 国際会議
Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota
BACELL2020 2020年04月
開催年月日： 2020年04月
記述言語：英語 会議種別：ポスター発表
開催地：The Kobe Chamber of Commerce and Industry and Ariston Hotel, Kobe, Japan