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Professor |
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Laboratory Address |
1-1-1 Sakuragaoka, Setagaya-ku,Tokyo |
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External Link |
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MATSUMOTO TAKASHI Professor |
From Graduate School 【 display / non-display 】
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The University of Tokyo Graduate School, Division of Agricultural Science Doctor Course Completed
1982.04 - 1985.03
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The University of Tokyo Graduate School, Division of Agricultural Science Master Course Completed
1980.04 - 1982.03
Degree 【 display / non-display 】
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Ph.D ( 1985.03 The University of Tokyo )
Employment Record in Research 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Genome Research Center Professor
2024.04
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Bioscience Professor
2017.04 - 2022.03
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Tokyo University of Agriculture Docent
2022.04 - 2024.03
External Career 【 display / non-display 】
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国立研究開発法人農業・食品研究開発機構次世代次世代作物開発研究センター 基盤研究領域 基盤研究領域長
2016.04 - 2017.03
Country：Japan
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国立研究開発法人農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター センター長
2014.04 - 2016.03
Professional Memberships 【 display / non-display 】
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International Symposium of Rice Functional Genomics
2002
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日本育種学会
1999.08
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日本分子生物学会
1986.09
Papers 【 display / non-display 】
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Genome-wide analysis of rice cis-natural antisense transcription under cadmium exposure using strand-specific RNA-Seq Reviewed
Oono, Y.,Yazawa, T.,Kanamori, H.,Sasaki, H.,Mori, S.,Matsumoto, T
BMC Genomics 18 ( 1 ) 761 - 761 2017
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Genome-Wide Transcriptome Analysis of Cadmium Stress in Rice
Oono, Y.,Yazawa, T.,Kanamori, H.,Sasaki, H.,Mori, S.,Handa, H.,Matsumoto, T
. Biomed Res Int 2016 ( 9739505 ) 2016
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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TENOR: Database for Comprehensive mRNA-Seq Experiments in Rice. Reviewed
Kawahara, Y.,Oono, Y.,Wakimoto, H.,Ogata, J.,Kanamori, H.,Sasaki, H.,Mori, S.,Matsumoto, T.,Itoh, T
Plant Cell Physiol 57 ( 1 ) e7 - e7 2016
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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The Nipponbare genome and the next-generation of rice genomics research in Japan Reviewed
Matsumoto, T.,Wu, J.,Itoh, T.,Numa, H.,Antonio, B.,Sasaki, T.
Rice 9 ( 1 ) 33 - 33 2016
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Expression level of a flavonoid 3′-hydroxylase gene determines pathogen-induced color variation in sorghum
93.Mizuno H, Yazawa T, Kasuga S, Sawada Y, Ogata J, Ando T, Kanamori H, Yonemaru J, Wu J, Yokota Hirai M, Matsumoto T, Kawahigashi H
BMC Research Note(BioMed Central)October, 2014 7 761 - 761 2014.10
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
RNA-seqおよびQTL解析手法を用いて、ソルガムの病害時の着色減少が色素合成系の酵素であるflavonoid 3′-hydroxylaseの発現レベルの差に由来することを突き止めた。
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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Subtelomeres
Mizuno H, Wu J, Matsumoto T（ Role： Joint author , Chp.10, Characterization of chromosomal ends on the basis of chromosome-specific telomere variants and subtelomeric repeats in rice (Oryza sativa L.)）
Springer 2013
Total pages：271 Responsible for pages：187-194 Language：English Book type：Scholarly book
染色体末端部に存在するサブテロメアについて生物ごとに構造・生成・機能について研究成果を発表。
イネの染色体の末端（テロメア）に存在する繰り返し配列の構造・構成を詳細に明らかにした。 -
Genetics and Genomics of Rice
Itoh T, Antonio B.A, Kawahara Y, Tanaka T, Sakai H, Matsumoto T, Sasaki T （ Role： Joint author , Chap.1,A reference rice genome sequence in the 10K genome era.）
Springer 2013
Total pages：402 Responsible for pages：1-7 Language：English Book type：Scholarly book
イネの分子生物学・遺伝学が進展し、様々な遺伝子の機能や、新しい育種のマーカーを手に入れつつある。本書は現在明らかになったイネの知識を結集して、作物開発に役立てる方策を探る。
技術の進歩により、多くのイネのゲノムが解読される時代になった現在、参照するための正確なゲノム配列が求められており、著者らは配列の正確性を追求してより正確な遺伝子配列予測を可能にした。
Misc 【 display / non-display 】
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The International barley sequencing consortium—At the threshold of efficient access to the barley genome
Daniela Schulte, Timothy J. Close, Andreas Graner, Peter Langridge, Takashi Matsumoto, Gary Muehlbauer, Kazuhiro Sato, Alan H. Schulman, Robbie Waugh, Roger P. Wise, and Nils Stein
Plant physilogy（American Society of Plant Biologists）November 2009 149 ( 1 ) 142 - 147 2009.11
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (bulletin of university, research institution)
オオムギのゲノム解読を目指したThe International barley sequencing consortiumによるオオムギの作物としての重要性、生物としての多様性、共同研究の進捗状況についての説明を記述した。
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A Bioinformatics Resource for Crop Functional Genomics: GFSelector Module in Automated Annotation System, RiceGAAS
Katsumi Sakata, Hiroshi Ikawa, Hiroyuki WatanabeE, Ikuo Ashikawa, Yuji Shimizu, Ikuo Horiuchi, Baltazar A. Antonio, Hisataka Numa, Yoshiaki Nagamura & Takashi Matsumoto
JARQ : Japan Agricultural Research Quarterly（JIRCAS）April 2009 43 ( 2 ) 103 - 113 2009.04
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (bulletin of university, research institution)
作物のゲノム配列に含まれるあらゆる可能性のある遺伝子構造を、全自動で予測する公開システムであるRiceGAASにさらに、予測したタンパクの機能を精度良く推定するソフトウエアGFSを実装した。作物の機能ゲノム研究の情報学的リソースとして使われる。
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“What if” challenge of the rice biology in the “next-generation” sequencing era
Antonio B.A, Matsumoto T
The Plant Genome (the Crop Science Society of America) March 2009 2 ( 1 ) 1 - 1 2009.03
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (bulletin of university, research institution)
イネゲノムの解読終了により、今後の育種がゲノムをベースにした育種に進んでいくと指摘。さらにシーケンスのコストが下落すれば、イネだけでなく育種交配用のすべての種・品種の全シーケンスを基に育種をデザインする事が可能になる。
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Development in Rice Genome Research Based on Accurate Genome Sequence
Takashi Matsumoto, Jianzhong Wu, Baltazar A. Antonio, and Takuji Sasaki
International Journal of Plant Genomics（Hindawi Publishing Corporation）December 2008 Article ID 348621 - 1 - 9 2008.12
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (bulletin of university, research institution)
イネゲノムの概要解読から完全解読に至るまでに行っている難解領域の解読法の説明、及びそれによって植物では初めて解読されたセントロメア、テロメアの構造について解説したもの。
Industrial Property Rights 【 display / non-display 】
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遺伝子機能の予測方法及びその装置
松本 隆
Announcement no：特開2004-252767 Date announced：2004.09
ゲノム情報から遺伝子機能を予測するソフトウエア
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単純反復配列を含む２本鎖ＤＮＡの単離方法
松本 隆
Announcement no：再表2006/059386 Date announced：2008.06
単純反復配列（SSR）濃縮法
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植物の種子休眠性を支配するＱｓｄ１遺伝子およびその利用
松本 隆
Announcement no：再表2013/080973 Date announced：2015.04
オオムギの休眠性遺伝子
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チトクロームＰ４５０をコードする遺伝子及びその利用
松本 隆
Announcement no：再表2013/054890 Date announced：2015.03
イネの農薬代謝遺伝子
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植物の開花性／閉花性を支配する遺伝子およびその利用
松本 隆
Announcement no：再表2013/054890 Date announced：2013.03
オオムギの開花遺伝子
Honours, Awards and Prizes 【 display / non-display 】
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イネゲノム塩基配列・遺伝情報の高精度解読研究
2003.04 日本育種学会
Award type：International academic award (Japan or overseas)
Presentations 【 display / non-display 】
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コムギ種子休眠性遺伝子Phs1の同定 International conference
乕田淳史, 小池倫也, 小川泰一, 竹之内悠, 呉健忠, 忠村一毅, 松本隆, 川浦香奈子, 荻原保成
日本育種学会第127回講演会要旨集2015 17(別1） 2015.03
Event date： 2015.03
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：玉川大学
コムギ第４染色体に座乗する休眠性遺伝子Phs1がタンパクリン酸化酵素であることを見いだした。
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Oryza sativaとO. rufipogon交雑後代にて見出されたF1花粉不稔の原因となる重複遺伝子座DGS1とDGS2の単離 International conference
Nguyen G.N, 山形悦透, 重松佑布子, 渡邉美弥子, 宮崎雄太, 土井一行, 伊藤友子, 金森裕之, 呉健忠, 松本隆, 吉村淳
日本育種学会第127回講演会要旨集2015 17(別1） 2015.03
Event date： 2015.03
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：玉川大学
栽培イネと野生イネを交雑させたときに起こる不稔の原因である、自家不和合性のいでんしとしてDGS1 およびDGS2を単離した。
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マップベースクローニングによるオオムギ種子休眠QTL SD2の原因遺伝子の単離 International conference
中村信吾, Pourkheirandish M, 森重弘美, 久保佑太, 中村雅子, 市村和也, 瀬尾茂美, 金森裕之, 呉健忠, 安藤露, Hensel G, Sameri M, Stein N, 佐藤和広, 松本隆, 矢野昌裕, 小松田隆夫
日本育種学会第127回講演会要旨集2015 17(別1） 2015.03
Event date： 2015.03
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：玉川大学
オオムギの種子休眠を司る遺伝子SD2の座乗領域を７ｋｂにしぼり込んだ。この領域にはリン酸化酵素が存在し、この酵素遺伝子がSD2であることが明らかになった。
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コムギ6B染色体におけるMTP BACクローンの配列情報の精度向上について International conference
金森裕之, 栗田加奈子, 片桐敏, 藤沢弘子, 唐沢渉, 濱田昌雄, 小林史典, 田中剛, 下村道彦, 並木信和, 伊川浩司, 松本隆, 片寄裕一, 呉健忠, 半田裕一
日本育種学会第126回講演会要旨集2014 16(別2） 2014.09
Event date： 2014.09
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：南九州大学
コムギ第6染色体ゲノム解読を行っているが、バーコード付けしたBACクローンそれぞれを解読・アセンブルしている。このためBACで構成した物理地図の制度を向上させ、正確な配列を得る事ができる。
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リン酸欠乏条件下におけるコムギトランスクリプトーム解析 International conference
大野陽子, 小林史典, 川原善浩, 谷澤隆之, 金森裕之, 佐々木晴美, 森聡美, 呉健忠, 伊藤剛, 松本隆, 半田裕一
日本育種学会第126回講演会要旨集2014 16(別2） 2014.09
Event date： 2014.09
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：南九州大学
コムギのストレス条件下でのトランスクリプトーム情報を得るため、RNA-seqを行い、得られたtranscriptをアセンブルしてコンティグを作成し、これに対するマッピングを行った。その結果数千の遺伝子が変動することが明らかになった。
Committee Memberships 【 display / non-display 】
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International Symposium of Rice Functional Genomics International scientific committe member
2007