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Associate Professor |
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SHIWA Yuh Associate Professor |
From School 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Graduated
2000.04 - 2004.03
Country：Japan
From Graduate School 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Graduate School, Division of Agriculture Doctoral program (first term) Completed
2004.04 - 2006.03
Country：Japan
Degree 【 display / non-display 】
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博士（バイオサイエンス） ( 2014.06 東京農業大学 )
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修士（バイオサイエンス） ( 2006.03 東京農業大学 )
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学士（応用生物科学） ( 2004.03 東京農業大学 )
Employment Record in Research 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology Assistant Professor
2017.04 - 2019.03
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Tokyo University of Agriculture Genome Research Center Chief Researcher
2018.04
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology
2019.04 - 2021.03
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology Associate Professor
2019.04
External Career 【 display / non-display 】
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Iwate Medical University Docent
2017.11
Country：Japan
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Iwate Medical University
2015.01 - 2017.03
Country：Japan
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Iwate Medical University
2013.04 - 2014.12
Country：Japan
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Tokyo University of Agriculture
2009.04 - 2013.03
Country：Japan
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三菱スペース・ソフトウエア株式会社 つくば事業部 -
2006.04 - 2008.09
Country：Japan
Professional Memberships 【 display / non-display 】
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日本バイオインフォマティクス学会
2018.06
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日本農芸化学会
2018.03
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日本ゲノム微生物学会
2018.01
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日本分子生物学会
2009.01
Research Areas 【 display / non-display 】
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Life Science / Applied microbiology
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Life Science / Genome biology
Papers 【 display / non-display 】
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Antagonism of Bacillus velezensis Isolate from Anaerobically Digested Dairy Slurry against Fusarium Wilt of Spinach Reviewed
Sugiyama, T., Natsuaki, K. T., Tanaka, N., Shiwa, Y., & Irie, M.
Agronomy 12 ( 5 ) 1058 2022.04
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Orthologs of Saccharomyces cerevisiae SFH2, genes encoding Sec14 family proteins, implicated in utilization of n-alkanes and filamentous growth in response to n-alkanes in Yarrowia lipolytica Reviewed
Watanabe N, Iwama R, Murayama R, Suzawa T, He Z, Mizuike A, Shiwa Y, Yoshikawa H, Horiuchi H, Fukuda R.
FEMS Yeast Res. 22 ( 1 ) foac006 2022.02
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Draft Genome Sequence of the Polychlorinated Biphenyl Degrader Comamonas testosteroni Strain YAZ2, Isolated from a Natural Landscape in the Tohoku Region of Japan Reviewed
Hara T, Takatsuka Y, Shiwa Y, Yokota K.
Microbiol Resour Announc. 11 ( 1 ) e0080621 2022.01
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
DOI： 10.1128/mra.00806-21
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環境試料へのシデロフォア添加によるバイオフィルム形成および構成菌種の特性
久富 敦, 志波 優, 藤田 信之, 田中 尚人
日本微生物資源学会誌 in press 2022
Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Bacterial community of water yam (Dioscorea alata L.) cv. A-19 Reviewed
Shunta Kihara, Kosuke Yamamoto, Atsushi Hisatomi, Yuh Shiwa, Chia-Cheng Chu, Kanako Takada, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil, Hidehiko Kikuno, Naoto Tanaka, Hironobu Shiwachi
Microbes and Environments in press 2022
Authorship：Corresponding author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
坊農 秀雅, 志波 優, 他15名（ Role： Joint author）
羊土社 2021.12
Language：Japanese Book type：Scholarly book
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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に！
荒川 和晴, 宮本 真理, 志波 優, 他19名（ Role： Joint author）
羊土社 2021.09
Language：Japanese Book type：Scholarly book
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
清水厚志、坊農秀雅、志波優、他33名（ Role： Joint author , 「Level2（実践編）０からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。）
学研メディカル秀潤社 2019.12
Total pages：B5変型判 384ページ Language：Japanese Book type：Scholarly book
本書では次世代シークエンサーにおいて、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介している。
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遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発
兼崎友、志波優、吉川博文、他72名（ Role： Joint author , 「第5章12節 微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」（p.176-182）を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。）
技術情報協会 2014.05
Total pages：A4判 566頁 Responsible for pages：176-182 Language：Japanese Book type：Scholarly book
本書は、遺伝子、DNA利用に関わる規制、倫理問題への対応から、DNA解析装置の取り扱い、解析のコツとトラブル防止策まで幅広く解説したハンドブックである。
Industrial Property Rights 【 display / non-display 】
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環境因子、中間形質または疾患と関連性のあるＣｐＧ部位の候補となるＣｐＧ部位を特定する方法
八谷 剛史、清水 厚志、古川 亮平、志波 優、大桃 秀樹
Application no：特願2017-7100 Date applied：2017.01
Publication no：特開2018-113911 Date published：2018.07
Country of applicant：Domestic
Other research activities 【 display / non-display 】
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座長：第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」
2019.09
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座長：日本農芸化学会2019年度大会：[生物科学]生物工学 - 解析技術・方法論 2019年3月27日
2019.03
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座長：第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール，どうやってユーザーに届ける？ 〜 Galaxy，Docker，クラウドを活用する」
2018.09
Honours, Awards and Prizes 【 display / non-display 】
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2014年 Biosci. Biotechnol. Biochem. 論文賞
2015.03 日本農芸化学会 Cell motility and biofilm formation in Bacillus subtilis are affected by the ribosomal proteins, S11 and S21
Hiraku Takada, Masato Morita, Yuh Shiwa, Ryoma Sugimoto, Shota Suzuki, Fujio Kawamura & Hirofumi Yoshikawa
Award type：International academic award (Japan or overseas) Country：Japan
Scientific Research Funds Acquisition Results 【 display / non-display 】
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ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開
2017.04 - 2019.03
科学研究費補助金 若手研究(B)
志波 優
Authorship：Principal investigator
Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinION は、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。しかしながら、フィールド研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化・高度化を目指して、MinION向けのクラウド型解析環境の構築と公開を行う。本研究計画により、研究者はシーケンスデータをインターネット経由でアップロードすることで、Webブラウザによるグラフィカルな操作系での解析が可能となる。研究者のバイオインフォマティクス解析能力の向上と、MinIONの幅広い応用に貢献することが期待される。
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震災ストレスによる動脈硬化性疾患感受性遺伝子の制御異常に関する網羅的解析
2013.04 - 2016.03
科学研究費補助金 基盤研究(C)
Authorship：Coinvestigator(s)
Presentations 【 display / non-display 】
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ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索
松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本土壌微生物学会2022年度大会（オンライン開催） 2022.06
Event date： 2022.06
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021.10
Event date： 2021.10 - 2021.11
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索
松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021.10
Event date： 2021.10 - 2021.11
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021.03
Event date： 2021.03
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose International conference
Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota
BACELL2020 2020.04
Event date： 2020.04
Language：English Presentation type：Poster presentation
Venue：The Kobe Chamber of Commerce and Industry and Ariston Hotel, Kobe, Japan