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SHIWA Yuh Associate Professor |
From School 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Graduated
2000.04 - 2004.03
Country：Japan
From Graduate School 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Graduate School, Division of Agriculture Doctoral program (first term) Completed
2004.04 - 2006.03
Country：Japan
Degree 【 display / non-display 】
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博士（バイオサイエンス） ( 2014.06 東京農業大学 )
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修士（バイオサイエンス） ( 2006.03 東京農業大学 )
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学士（応用生物科学） ( 2004.03 東京農業大学 )
Employment Record in Research 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology Assistant Professor
2017.04 - 2019.03
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Tokyo University of Agriculture Genome Research Center Chief Researcher
2018.04
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology
2019.04 - 2021.03
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology Associate Professor
2019.04
External Career 【 display / non-display 】
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Iwate Medical University Docent
2017.11
Country：Japan
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Iwate Medical University
2015.01 - 2017.03
Country：Japan
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Iwate Medical University
2013.04 - 2014.12
Country：Japan
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Tokyo University of Agriculture
2009.04 - 2013.03
Country：Japan
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三菱スペース・ソフトウエア株式会社 つくば事業部 -
2006.04 - 2008.09
Country：Japan
Professional Memberships 【 display / non-display 】
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日本バイオインフォマティクス学会
2018.06
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日本ゲノム微生物学会
2018.01
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日本分子生物学会
2009.01
Research Areas 【 display / non-display 】
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Life Science / Genomics
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Life Science / Applied microbiology
Papers 【 display / non-display 】
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RNA-seq dataset of superworm (Zophobas atratus) feeding on polystyrene foam
Yuh Shiwa, Shinya Kudo, Ayano Watanabe, Takeshi Doi, Mariko Shimizu-Kadota
Data in Brief 2026.08
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Phylogenomic insights into Taphrinomycotina and genomic features of Saitoella coloradoensis based on whole-genome sequencing at the chromosome level, with a proposal of the new class Saitoellomycetes
Yuuki Kobayashi, Junta Sugiyama, Rahul Sk, Yuh Shiwa, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima
Mycologia 2026.03
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An APP-centered molecular gateway integrates innate immunity and retinoic acid signaling to drive irreversible metamorphic commitment
Ryohei Furukawa, Mizuki Taguchi, Narufumi Kameya, Keisuke Tanaka, Haruka Sato, Takehiko Itoh, Yuh Shiwa
2026.01
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Lactic acid production of bacteria from tree barks and proposal of Sporolactobacillus caesalpiniae sp. nov. International journal
Jenjuiree Mahittikon, Sitanan Thitiprasert, Nuttha Thongchul, Naoto Tanaka, Yuh Shiwa, Nitcha Chamroensaksri, Wongsakorn Phongsopitanun, Somboon Tanasupawat
International journal of systematic and evolutionary microbiology 75 ( 9 ) 2025.09
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Lactic acid bacteria are widely exploited in biotechnology due to their fermentation capacity and metabolite production. In this study, 19 isolates were recovered from tree bark collected across Thailand, representing the genera Enterococcus (11 isolates), Lactococcus (2 isolates), Weizmannia (3 isolates), Sporolactobacillus (2 isolates) and Terrilactibacillus (1 isolate). All exhibited homofermentative metabolism, producing l-, dl- or d-lactic acid. Among them, strain STCC-11T, isolated from the bark of Caesalpinia coriaria in Satun Province, Thailand, demonstrated strong potential for d-lactic acid production, achieving 96.31% optical purity, 1.082 g l-1 concentration and 0.451 g g-1 glucose yield. This novel Gram-positive, spore-forming, facultatively anaerobic bacterium STCC-11T grew at 30-45 °C, pH 6.0-9.0 and up to 3% NaCl. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene revealed 99.71% similarity with Sporolactobacillus nakayamae subsp. nakayamae ATCC 700379T. In addition, whole-genome analyses indicated that STCC-11T is distinct, with average nucleotide identity based on BLAST (ANIb) (94.12%), average nucleotide identity based on MUMmer (ANIm) (95.29%) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) (60.3%) values below species delineation thresholds. The genome (3.57 Mb, 43.8% G+C) encodes both ldhD and ldhL genes, and in silico safety assessment confirmed the absence of pathogenicity or transferable resistance genes. Based on polyphasic taxonomic evidence, STCC-11T represents a novel species of the genus Sporolactobacillus, for which the name Sporolactobacillus caesalpiniae sp. nov. is proposed. The type strain is STCC-11T (LMG 33980T =TISTR 10806T).
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Complete genome sequence of Levilactobacillus acidifarinae type strain JCM 15949 (DSM 19394)
Oshiro Mugihito, Nakamura Keisuke, Sk Rahul, Tashiro Yukihiro, Shiwa Yuh
Microbiology Resource Announcements 2025.06
Language：English
Here, we report the complete genome sequence of Levilactobacillus acidifarinae type strain JCM 15949 (DSM 19394), which was isolated from a Belgian artisanal wheat sourdough. The genome consisted of a circular chromosome (2,915,962 bp, 51.71% GC content) and a circular plasmid (30,910 bp, 39.78% GC content).
DOI： https://doi.org/10.1128/mra.00374-25
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
坊農 秀雅, 志波 優, 他15名（ Role： Joint author）
羊土社 2021.12
Language：Japanese Book type：Scholarly book
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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に！
荒川 和晴, 宮本 真理, 志波 優, 他19名（ Role： Joint author）
羊土社 2021.09
Language：Japanese Book type：Scholarly book
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
清水厚志、坊農秀雅、志波優、他33名（ Role： Joint author , 「Level2（実践編）０からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。）
学研メディカル秀潤社 2019.12
Total pages：B5変型判 384ページ Language：Japanese Book type：Scholarly book
本書では次世代シークエンサーにおいて、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介している。
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遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発
兼崎友、志波優、吉川博文、他72名（ Role： Joint author , 「第5章12節 微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」（p.176-182）を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。）
技術情報協会 2014.05
Total pages：A4判 566頁 Responsible for pages：176-182 Language：Japanese Book type：Scholarly book
本書は、遺伝子、DNA利用に関わる規制、倫理問題への対応から、DNA解析装置の取り扱い、解析のコツとトラブル防止策まで幅広く解説したハンドブックである。
Misc 【 display / non-display 】
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異なる土壌水分条件下におけるホワイトギニアヤム(Dioscorea rotundata Poir.)の共生細菌叢解析
木原駿太, 松本亮, 志波優, 志波優, 山本紘輔, 松谷峰之介, 松谷峰之介, 志和地弘信
日本微生物生態学会大会(Web) 37th 2024
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病原性酵母Candida glabrataにおけるリボソームタンパク質遺伝子の転写制御機構の解明
中村美春, 島村直希, 志波優, 松谷峰之介, 知花博治, 笠原浩司
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024
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Elucidation of function of FKBP12, target of immunosuppressive compounds rapamycin and FK506 in human cells
溝口明日香, 安藤悠里, 田口啓護, 志波優, 松谷峰之介, 片岡浩介, 笠原浩司
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023
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Regulatory mechanism for transcription of ribosomal protein genes in Candida glabrata.
中村美春, 島村直希, 竹内建樹, 中林幸佳, 志波優, 松谷峰之介, 古久保哲朗, 知花博治, 笠原浩司
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023
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Bacterial Community Analysis of Water Yam (Dioscorea alata L.) Under Different Water Condition
木原駿太, 山本紘輔, 志波優, 菊野日出彦, 松谷峰之介, 志和地弘信
日本微生物生態学会大会(Web) 36th 2023
Industrial Property Rights 【 display / non-display 】
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環境因子、中間形質または疾患と関連性のあるＣｐＧ部位の候補となるＣｐＧ部位を特定する方法
八谷 剛史、清水 厚志、古川 亮平、志波 優、大桃 秀樹
Application no：特願2017-7100 Date applied：2017.01
Publication no：特開2018-113911 Date published：2018.07
Country of applicant：Domestic
Other research activities 【 display / non-display 】
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座長：第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」
2019.09
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座長：日本農芸化学会2019年度大会：[生物科学]生物工学 - 解析技術・方法論 2019年3月27日
2019.03
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座長：第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール，どうやってユーザーに届ける？ 〜 Galaxy，Docker，クラウドを活用する」
2018.09
Honours, Awards and Prizes 【 display / non-display 】
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2014年 Biosci. Biotechnol. Biochem. 論文賞
2015.03 日本農芸化学会 Cell motility and biofilm formation in Bacillus subtilis are affected by the ribosomal proteins, S11 and S21
Hiraku Takada, Masato Morita, Yuh Shiwa, Ryoma Sugimoto, Shota Suzuki, Fujio Kawamura & Hirofumi Yoshikawa
Award type：International academic award (Japan or overseas) Country：Japan
Scientific Research Funds Acquisition Results 【 display / non-display 】
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大阪・関西万博とアジア競技大会における都市環境マイクロバイオームの変動調査
Grant number：25K03276 2025.04 - 2029.03
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
鈴木 治夫, 志波 優, 本多 了, 鈴木 留美子, クリュコフ キリル, 阿部 貴志, 岩埼 裕貴
Grant amount：\18850000 （ Direct Cost: \14500000 、 Indirect Cost：\4350000 ）
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Development of a highly sensitive and accurate virome analysis methodology from bioaerosols
Grant number：25K09604 2025.04 - 2028.03
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Grant amount：\4680000 （ Direct Cost: \3600000 、 Indirect Cost：\1080000 ）
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真核生物のリボソーム合成制御の新規機構：ラパマイシン結合タンパク質の真の役割
Grant number：23K05153 2023.04 - 2027.03
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
笠原 浩司, 志波 優
Grant amount：\4680000 （ Direct Cost: \3600000 、 Indirect Cost：\1080000 ）
Fpr1のアラニンスキャン変異体の機能解析の結果、タンパク質の安定性に影響がなく、その機能がほぼ失われた変異体を複数同定した。その内のいくつかは自身のRPGプロモーターへの結合が著しく低下していた。各種解析からFpr1はRPG転写の主要転写因子Rap1依存的にRPGプロモーターに結合することを明らかにしており、これらの変異はRap1との相互作用に影響を与える可能性が高い。その他のRPGプロモーターへの結合に影響のない変異体はプロモーター結合以降の機能に欠損があると考えられる。
RPG転写制御に関わるFhl1は好栄養条件下では生育に必須な転写因子Ifh1をリクルートし転写を促進する一方、飢餓時には抑制因子Crf1がIfh1と競合的にFhl1に結合することで転写を抑制すると考えられているが、我々はIfh1やCrf1との相互作用を担うFhl1のFHAドメインが、Ifh1の解離、あるいは欠損により露出し、それが何らかの仕組みで生育を阻害することを示した。このFHAドメインによる生育阻害を抑圧する変異の探索やFHAドメインと相互作用する因子の探索を行い、複数の変異株や相互作用因子を単離しつつある。
カンジダグラブラータのRPG転写因子として新たにMcm1a, Mcm1bを同定し、その標的分子をChIP-seqにより網羅的に同定した。また両因子の二重破壊株が致死となることから両者が生育に必須な機能を共有していることを明らかにした。
ヒト細胞のFKBP12遺伝子を破壊し、その遺伝子発現への影響をRNA-seqを用いて網羅的に調べた結果、RPGを含む多くの遺伝子の転写への影響が見いだされた。同時に行った他のFKBPタンパク質のKO細胞を用いた同解析でもFKBP12のKOと類似の遺伝子発現変動を示したことから、ある種のFKBPタンパク質が一群の遺伝子の転写に協調的に機能していることが示唆された。 -
真核生物のリボソーム合成制御の新規機構：ラパマイシン結合タンパク質の真の役割
Grant number：20K05965 2020.04 - 2023.03
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
笠原 浩司, 志波 優
Grant amount：\4420000 （ Direct Cost: \3400000 、 Indirect Cost：\1020000 ）
出芽酵母のFKBP12をコードするFPR1は、その遺伝子破壊（fpr1Δ）が、リボソームタンパク質遺伝子(以下RPG:ribosomal protein gene)の転写に関わるHmo1の遺伝子破壊（hmo1Δ）との二重破壊により、著しい生育阻害を示すという発見を元に、Fpr1とHmo1が協調的にRPGsの転写因子であるFhl1/Ifh1コアクティベーター複合体をプロモーターにリクルートするという転写制御の仕組みを明らかにした。しかし、もはやFpr1の役割が不要となるはずのFhl1遺伝子破壊株（fhl1Δ）にfpr1Δを組み合わせると、さらに著しい生育阻害を引き起こしたことから、Fpr1はFhl1/Ifh1のリクルート以外に重要な役割を持つことが強く示唆されたため、その役割の解明を中心に遺伝学的手法を駆使して研究を進めている。
また114aaからなるFpr1タンパク質の最初のメチオニンを除く全てのアミノ酸を一つずつアラニンに変えていった変異体を作製して解析を行い、Fpr1の既知、あるいは未知の機能に重要なアミノ酸残基、及びドメインの決定を目指している。こうして得られる各種機能が失われたFpr1変異株の生育異常をサプレスする変異を取得し、Fpr1 の機能に関連する他の因子、及びそれらが協調して働く仕組みを解明する。
一方、出芽酵母で見つかったFKBP12の転写因子としての機能が他の真核生物でも保存されているかという疑問についても分裂酵母、ヒト培養細胞、及び病原性真菌であるCandida glabrataを用いてChIP-seq、RNA-seqなど、出芽酵母の研究で用いたのと同様の手法で解析を行っている。 -
ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開
2017.04 - 2019.03
科学研究費補助金 若手研究(B)
志波 優
Authorship：Principal investigator
Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinION は、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。しかしながら、フィールド研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化・高度化を目指して、MinION向けのクラウド型解析環境の構築と公開を行う。本研究計画により、研究者はシーケンスデータをインターネット経由でアップロードすることで、Webブラウザによるグラフィカルな操作系での解析が可能となる。研究者のバイオインフォマティクス解析能力の向上と、MinIONの幅広い応用に貢献することが期待される。
Presentations 【 display / non-display 】
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ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索
松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本土壌微生物学会2022年度大会（オンライン開催） 2022.06
Event date： 2022.06
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021.10
Event date： 2021.10 - 2021.11
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索
松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021.10
Event date： 2021.10 - 2021.11
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021.03
Event date： 2021.03
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose International conference
Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota
BACELL2020 2020.04
Event date： 2020.04
Language：English Presentation type：Poster presentation
Venue：The Kobe Chamber of Commerce and Industry and Ariston Hotel, Kobe, Japan