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Associate Professor |
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SHIWA Yuh Associate Professor |
From School 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Graduated
2000.04 - 2004.03
Country：Japan
From Graduate School 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Graduate School, Division of Agriculture Doctoral program (first term) Completed
2004.04 - 2006.03
Country：Japan
Degree 【 display / non-display 】
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博士（バイオサイエンス） ( 2014.06 東京農業大学 )
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修士（バイオサイエンス） ( 2006.03 東京農業大学 )
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学士（応用生物科学） ( 2004.03 東京農業大学 )
Employment Record in Research 【 display / non-display 】
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology Assistant Professor
2017.04 - 2019.03
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Tokyo University of Agriculture Genome Research Center Chief Researcher
2018.04
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology
2019.04 - 2021.03
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Tokyo University of Agriculture Faculty of Life Sciences Department of Molecular Microbiology Associate Professor
2019.04
External Career 【 display / non-display 】
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Iwate Medical University Docent
2017.11
Country：Japan
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Iwate Medical University
2015.01 - 2017.03
Country：Japan
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Iwate Medical University
2013.04 - 2014.12
Country：Japan
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Tokyo University of Agriculture
2009.04 - 2013.03
Country：Japan
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三菱スペース・ソフトウエア株式会社 つくば事業部 -
2006.04 - 2008.09
Country：Japan
Professional Memberships 【 display / non-display 】
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日本バイオインフォマティクス学会
2018.06
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日本農芸化学会
2018.03
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日本ゲノム微生物学会
2018.01
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日本分子生物学会
2009.01
Research Areas 【 display / non-display 】
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Life Science / Applied microbiology
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Life Science / Genome biology
Papers 【 display / non-display 】
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一般家庭で飼養される健康なネコに対するガラクトオリゴ糖の機能性評価
法橋 亜都子, 柿山 明香, 志波 優, 加賀 千晶, 小林 稔秀, 野本 康二, 水澤 直美
ペット栄養学会誌 27 ( Suppl ) suppl_49 - suppl_50 2024.06
Language：Japanese Publisher：日本ペット栄養学会
<p>我々はこれまでにガラクトオリゴ糖（GOS）の継続摂取がイヌの腸内環境を良化させ、健康維持に有用であることを報告した。本研究では、GOSの継続摂取がネコの腸内環境に与える影響およびそれに伴う機能性を評価した。一般家庭で飼養される健康なネコにGOSを8週間摂取させた結果、Bifidobacteriaceaeなどの糞便中細菌叢の変化や糞便中有機酸の増加および血清中尿毒素の低下が認められた。以上の結果からGOSの継続摂取はネコの健康維持に有用であると考えられた。</p>
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NISHIMURA Hiroya, SHIWA Yuh, TOMITA Satoru, ENDO Akihito
Bioscience of Microbiota, Food and Health 43 ( 1 ) 29 - 42 2024
Language：English Publisher：BMFH Press
<p>Cocoa bean fermentation is typically performed in a spontaneous manner on farms in tropical countries or areas and involves several microbial groups. Metabolism by microbes markedly affects the quality of cocoa beans fermented and the chocolate produced thereof. The present study characterized the microbiota and their metabolic profiles in temperature- and humidity-controlled intra-factory cocoa fermentation in a semitropical area of Japan. Although environmental factors were uniform, the microbiota of cocoa beans subjected to intra-factory fermentation was not stable between tests, particularly in terms of the cell count levels and species observed. Fermentation was sometimes delayed, and fermenting microbes were present at very low levels after 24 hr of fermentation. Due to the unstable microbiota, the profiles of water-soluble compounds differed between tests, indicating the unstable qualities of the fermented cocoa beans. These results suggest the necessity of starter cultures not only in on-farm fermentation but also in machine-controlled intra-factory cocoa fermentation.</p>
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HOKKYO Atsuko, KAKIYAMA Sayaka, SHIWA Yuh, KAGA Chiaki, KOBAYASHI Toshihide, NOMOTO Koji, MIZUSAWA Naomi
Bioscience of Microbiota, Food and Health advpub ( 0 ) 2024
Language：English Publisher：BMFH Press
<p>Interest is growing in the relationship of the microbiota and intestinal environment with health in companion animals. Galacto-oligosaccharides (GOS), typical prebiotics, are expected to provide benefits in dogs. Previous studies of GOS in dogs have involved dogs with similar rearing conditions and diets, which may have biased the results. We conducted an open study of 26 healthy dogs kept in households with diverse rearing environments in order to evaluate how the intake of a GOS-containing syrup affects the intestinal microbiota and its metabolites. Each dog was fed 1.2–4.8 g of the GOS-containing syrup (GOS 0.5–2.0 g equivalent) for 8 weeks. Fecal microbiota, fecal concentrations of organic acids and putrefactive products, fecal odor, and serum uremic toxin concentrations were evaluated before intake (0 weeks), during the 8-week intake period (4 and 8 weeks), and 4 weeks after intake (12 weeks). The activity of <i>N</i>-benzoyl-DL-arginine peptidase in dental plaque, which may be associated with periodontal disease, was evaluated at 0 and 8 weeks. Continuous intake of GOS resulted in changes in fecal microbiota, with a particularly marked increase in the abundance of <i>Megamonas</i>, which produces propionic acid. Other findings included a significant increase in the fecal acetic, propionic, and n-butyric acid concentrations. Additionally, significant decreases in fecal odor, fecal phenol concentration, and serum indoxyl sulfate concentration. Intake of GOS was also associated with a significant decrease in <i>N</i>-benzoyl-DL-arginine peptidase activity in dental plaques. These results suggest that continuous intake of GOS may contribute to canine health.</p>
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一般家庭で飼養されている健康な犬に対するガラクトオリゴ糖の機能性評価
法橋 亜都子, 柿山 明香, 志波 優, 鈴木 英梨香, 加賀 千晶, 小林 稔秀, 野本 康二, 水澤 直美
ペット栄養学会誌 26 ( Suppl ) suppl_29 - suppl_30 2023.06
Language：Japanese Publisher：日本ペット栄養学会
<p>腸内環境の良化は健康維持や疾患予防に重要である。本研究は、ガラクトオリゴ糖（GOS）の継続摂取が犬の腸内環境に与える影響およびそれに伴う保健効果を評価することを目的とした。一般家庭で飼養されている健康な犬26匹を対象にGOSを8週間摂取させた結果、糞便中のプロピオン酸産生菌および有機酸の増加、有害菌、腐敗産物、血清中尿毒素および便臭の低下が認められた。これらの結果からGOSの継続摂取は犬の健康維持に有用であると考えられた。</p>
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Effects of Two Different Inoculation Methods Using a Synthetic Essential Core Bacterial Community on Water Yam (<i>Dioscorea alata</i> L.)
LISWADIRATANAKUL Sumetee, YAMAMOTO Kosuke, WATTANADATSAREE Vatanee, SHIWA Yuh, SHIWACHI Hironobu
Tropical Agriculture and Development 67 ( 2 ) 31 - 37 2023
Language：English Publisher：Japanese Society for Tropical Agriculture
<p>Biofertilizers containing plant growth–promoting bacteria are gaining interest as a sustainable solution to environmental problems caused by the inappropriate use of chemical compounds. However, the colonization and plant growth–promoting effects of inoculants can be affected by the method of inoculation. Therefore, this study aimed to compare the effects of two inoculation techniques—soil application and root dipping—using a synthetic bacterial community on water yam cv. A-19 growth under growth chamber conditions. Five plant growth–promoting bacteria in the <i>Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium</i> clade that were previously identified as essential core bacteria for water yam growth were used for synthetic bacterial inoculation. Compared with the root dipping technique, inoculation using the soil application technique significantly improved plant growth in terms of leaf number, area, and dry weight as well as SPAD value, suggesting that the soil application technique is an efficient method for bacterial inoculation in yam plants.</p>
DOI： 10.11248/jsta.67.31
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
坊農 秀雅, 志波 優, 他15名（ Role： Joint author）
羊土社 2021.12
Language：Japanese Book type：Scholarly book
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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に！
荒川 和晴, 宮本 真理, 志波 優, 他19名（ Role： Joint author）
羊土社 2021.09
Language：Japanese Book type：Scholarly book
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
清水厚志、坊農秀雅、志波優、他33名（ Role： Joint author , 「Level2（実践編）０からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。）
学研メディカル秀潤社 2019.12
Total pages：B5変型判 384ページ Language：Japanese Book type：Scholarly book
本書では次世代シークエンサーにおいて、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介している。
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遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発
兼崎友、志波優、吉川博文、他72名（ Role： Joint author , 「第5章12節 微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」（p.176-182）を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。）
技術情報協会 2014.05
Total pages：A4判 566頁 Responsible for pages：176-182 Language：Japanese Book type：Scholarly book
本書は、遺伝子、DNA利用に関わる規制、倫理問題への対応から、DNA解析装置の取り扱い、解析のコツとトラブル防止策まで幅広く解説したハンドブックである。
Industrial Property Rights 【 display / non-display 】
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環境因子、中間形質または疾患と関連性のあるＣｐＧ部位の候補となるＣｐＧ部位を特定する方法
八谷 剛史、清水 厚志、古川 亮平、志波 優、大桃 秀樹
Application no：特願2017-7100 Date applied：2017.01
Publication no：特開2018-113911 Date published：2018.07
Country of applicant：Domestic
Other research activities 【 display / non-display 】
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座長：第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」
2019.09
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座長：日本農芸化学会2019年度大会：[生物科学]生物工学 - 解析技術・方法論 2019年3月27日
2019.03
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座長：第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール，どうやってユーザーに届ける？ 〜 Galaxy，Docker，クラウドを活用する」
2018.09
Honours, Awards and Prizes 【 display / non-display 】
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2014年 Biosci. Biotechnol. Biochem. 論文賞
2015.03 日本農芸化学会 Cell motility and biofilm formation in Bacillus subtilis are affected by the ribosomal proteins, S11 and S21
Hiraku Takada, Masato Morita, Yuh Shiwa, Ryoma Sugimoto, Shota Suzuki, Fujio Kawamura & Hirofumi Yoshikawa
Award type：International academic award (Japan or overseas) Country：Japan
Scientific Research Funds Acquisition Results 【 display / non-display 】
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ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開
2017.04 - 2019.03
科学研究費補助金 若手研究(B)
志波 優
Authorship：Principal investigator
Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinION は、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。しかしながら、フィールド研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化・高度化を目指して、MinION向けのクラウド型解析環境の構築と公開を行う。本研究計画により、研究者はシーケンスデータをインターネット経由でアップロードすることで、Webブラウザによるグラフィカルな操作系での解析が可能となる。研究者のバイオインフォマティクス解析能力の向上と、MinIONの幅広い応用に貢献することが期待される。
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震災ストレスによる動脈硬化性疾患感受性遺伝子の制御異常に関する網羅的解析
2013.04 - 2016.03
科学研究費補助金 基盤研究(C)
Authorship：Coinvestigator(s)
Presentations 【 display / non-display 】
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ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索
松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本土壌微生物学会2022年度大会（オンライン開催） 2022.06
Event date： 2022.06
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021.10
Event date： 2021.10 - 2021.11
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索
松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優
日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021.10
Event date： 2021.10 - 2021.11
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み
山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優
第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021.03
Event date： 2021.03
Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)
Venue：オンライン開催
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Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose International conference
Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota
BACELL2020 2020.04
Event date： 2020.04
Language：English Presentation type：Poster presentation
Venue：The Kobe Chamber of Commerce and Industry and Ariston Hotel, Kobe, Japan