Papers - Naoto Tanaka
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Arthrobacter pokkalii sp nov, a Novel Plant Associated Actinobacterium with Plant Beneficial Properties, Isolated from Saline Tolerant Pokkali Rice, Kerala, India Reviewed International journal
Ramya Krishnan1, Rahul Ravikumar Menon1, Naoto Tanaka, Hans-Jürgen Busse,Srinivasan Krishnamurthi, Natarajan Rameshkumar
PLOS ONE 11 ( 3 ) 2016.03
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp. Reviewed International journal
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M.
BMC Genomics 16 1117 2015.12
Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Flavobacterium maris sp. nov., isolated from shallow sediments of the Sea of Japan. Reviewed International journal
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valeriya V. Kurilenko, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 ( 7 ) 941 - 947 2015.09
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Pseudomonas glareae sp. nov., a novel marine sediments-derived bacterium with antagonistic activity. (海洋由来の拮抗作用のある新種 Pseudomonas glareae について) Reviewed
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 693 - 699 2015.06
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Pseudomonas 属の新種であることが明らかとなり、Pseudomonas glareae と命名して提唱した。
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「せんだんご」製造工程中の菌叢解析 Reviewed
熊谷 浩一，渡辺 麻衣子，高橋 治男，梶川 揚申，佐藤 英一，田中 尚人，岡田 早苗
日本微生物資源学会誌 31 1 - 9 2015.06
Authorship：Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
長崎県対馬地方の伝統的発酵食品せんだんごは冬季にサツマイモを発酵させ、発酵物に含まれる分解されたデンプンと食物繊維を回収した後に団子状にして乾燥させた保存食品である。団子は水や湯で戻して捏ねた後に麺状などにして茹でて食べられる。その時の物性は弾力のある麺である。この物性をもたらすデンプンや食物繊維の分解に関わる発酵工程中の菌叢を微生物学的アプローチによって調査し、系統進化学的解析によりPenicillium 属の数種が関与していることが明らかとなった。
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「せんだんご」製造工程中に生息する糸状菌のサツマイモの発酵における役割 Reviewed
熊谷 浩一，岡 大貴，梶川 揚申，佐藤 英一，田中 尚人，岡田 早苗
Microb. Resour. Syst. 31 15 - 21 2015.06
Authorship：Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
長崎県対馬地方の伝統的発酵食品せんだんごはサツマイモを原料として発酵させ、発酵による分解物を回収して作られるものである。回収した成分はほとんど澱粉と食物繊維であり、これらが低分子化されたものである分解物は水で捏ね茹でると弾力のある独特な物性を有する物質になる。この発酵工程中の分解に関与する糸状菌 Penicillium 属の産生する酵素タンパクの分子生物学的アプローチによりその物性に関わる酵素の基質および分解産物について明らかにした。
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Sphingorhabdus pacificus sp. nov., isolated from sandy sediments of the Sea of Japan seashore. (海洋試料から分離した新種 Sphingorhabdus pacificus について) Reviewed
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 147 - 153 2015.05
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Sphingorhabdus属の新種であることが明らかとなり、Sphingorhabdus pacificusと命名して提唱した。
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Rheinheimera japonica sp. nov., a novel bacterium with antimicrobial activity from seashore sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した抗菌活性を有する新種 Rheinheimera japonica pacificus について) Reviewed
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev, Valery V. Mikhailov
Arch. Microbiol. 197 613 - 620 2015.05
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Rheinheimera属の新種であることが明らかとなり、Rheinheimera japonicaと命名して提唱した。
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Phylogenomic analysis of Oenococcus oeni reveals specific domestication of strains to cider and wines. (系統解析によるOenococcus oeni のシードルとワインへの適応化の研究) Reviewed
Hugo Campbell-Sills, Mariette El Khoury, Marion Favier, Andrea Romano, Franco Biasioli, Giuseppe Spano, David J. Sherman, Olivier Bouchez, Emmanuel Coton, Monika Coton, Sanae Okada, Naoto Tanaka, Marguerite Dols-Lafargue and Patrick M. Lucas
Genome Biol. Evol. 7 1506 - 1518 2015.05
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
ブドウジュースやリンゴジュースなどの発酵飲料（ワイン、シャンパン、シードル）に棲息する乳酸菌 Oenococcus oeni の棲息環境と系統進化関係を50株を用いて解析した。解析手法のベースは比較ゲノム解析で、オーソログ解析、一塩基多型解析、MLST 解析である。これらの解析の結果、50株は3グループに分かれ、グループA はワイン棲息株の多くが属し、グループBはシードルに棲息する株の多くが、グループCは一株のみでグループBに近いものであった。これらの結果から O. oeni はアルコール耐性獲得後それぞれの飲料に適合進化したと考えられた。
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Genome sequence of three strains of Lactobacillus paracasei of different origin with different cholate sensitivities. (分離源とコール酸耐性の異なる Lactobacillus paracasei 株のゲノム解析) Reviewed
Yuh Shiwa , Hotaka Atarashi , Naoto Tanaka , Sanae Okada , Hirofumi YOSHIKAWA , Akihito Endo , Tatsuro Miyaji, and Junichi Nakagawa
Genome Announc. 3 e00178-15 2015.04
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Lactobacillus paracasei はミルクはもとより植物由来の発酵物、動物やヒトの腸管にも棲息する乳酸菌である。同種のなかでもコール酸耐性の異なる3株 NRIC 0644, NRIC 1781, NRIC 1917 のゲノム配列決定を目的とした。Genome Analyzer II を使用し、ドラフトゲノム解析をした結果、2.95-3.15 Mb であることが明らかとなり、コール酸耐性の強さとゲノム構造の関係性について研究する基盤を構築した。
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Alicyclobacillus dauci sp. nov., a novel slightly thermophilic acidophilic bacterium isolated from a spoiled mixed vegetable and fruit juice product. (果汁試料から分離した耐酸耐熱性新種細菌 Alicyclobacillus dauci について) Reviewed
Chisa Nakano, Naoto Takahashi, Naoto Tanaka, Sanae Okada.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 65 716 - 722 2015.02
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
腐敗野菜ジュースから分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Alicyclobacillus属の新種であることが明らかとなり、Alicyclobacillus dauciと命名して提唱した。
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Description of Vogesella oryzae sp nov, isolated from the rhizosphere of saline tolerant pokkali rice Reviewed International journal
N. Rameshkumar, Elke Lang, Naoto Tanaka
Syst. Appl. Microbiol. 39 ( 1 ) 20 - 24 2015.02
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Lactobacillus plajomi sp. nov. and Lactobacillus modestisalitolerans sp. nov., isolated from traditional fermented foods in Thailand. Reviewed International journal
Mika Miyashita, Pattaraporn Yukphan, Winai Chaipitakchonlatarn, Taweesak Malimas, Masako Sugimoto, Mayumi Yoshino, Yuki Kamakura, Wanchern Potacharoen, Somboon Tanasupawat, Naoto Tanaka, Yasuyoshi Nakagawa, and Ken-ichiro Suzuki
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 65 ( 8 ) 2845 - 2490 2015
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
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Lactobacillus furfuricola sp. nov., isolated from Nukadoko, ricebran paste for Japanese pickles. (糠床試料から分離した新種 Lactobacillus furfuricola について) Reviewed
Tomohiro Irisawa, Naoto Tanaka, Maki Kitahara, Mitsuo Sakamoto, Moriya Ohkuma, Sanae Okada.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2902 - 2906 2014.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
糠床から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Lactobacillus属の新種であることが明らかとなり、Lactobacillus furfuricolaと命名して提唱した。
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Simiduia litorea sp. nov., isolated from seashore sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Simiduia litorea について) Reviewed
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Vassilii I. Svetashev, and Valery V. Mikhailov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2688 - 2692 2014.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Simiduia属の新種であることが明らかとなり、Simiduia litoreaと命名して提唱した。
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Tamlana sedimentorum sp. nov., isolated from shallow sand sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Tamlana sedimentorum について) Reviewed
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Valeriya V. Kurilenko, and Vassilii I. Svetashev
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2891 - 2896 2014.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Tamlana属の新種であることが明らかとなり、Tamlana sedimentorumと命名して提唱した。
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Loktanella maritima sp. nov. isolated from shallow sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Loktanella maritima について) Reviewed
Naoto Tanaka, Lyudmila A. Romanenko, Valeriya V. Kurilenko, Vassilii I. Svetashev, Natalia I. Kalinovskaya, and Valery V. Mikhailov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 2370 - 2375 2014.07
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海から分離した新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Loktanella属の新種であることが明らかとなり、Loktanella maritimaと命名して提唱した。
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Fructophilic characteristics of Fructobacillus spp. may be due to the absence of an alcohol/acetaldehyde dehydrogenase gene (adhE). (Fructobacillus 属の好フルクトース特性は adhE 遺伝子の欠失に由来する) Reviewed
Akihito Endo, Naoto Tanaka, Yo Oikawa, Sanae Okada, Leon M.T. Dicks
Curr Microbiol. 68 531 - 535 2014.04
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
好フルクトース乳酸菌であるFructobacillus 属は解糖系をスムーズに動かすための酸化還元バランス、いわゆる NAD/NADHサイクルを菌体外の電子受容体を利用して動かしている。これら乳酸菌のゲノム解析によって、代謝経路関連遺伝子の分布を調べた結果、通常は近縁のヘテロ型乳酸菌が有するアルコール脱水素酵素遺伝子が欠失していることが明らかとなった。この結果から、好フルクトース乳酸菌は進化過程でアルコール脱水素酵素によるNADH酸化ではなく菌体外の電子受容体に完全に依存したヘテロ型乳酸菌からの退行進化によるものであると推定した。
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Devosia submarina sp. nov. isolated from deep surface sediments of the Sea of Japan. (海洋試料から分離した新種 Devosia submarina について) Reviewed
Lyudmila A. Romanenko, Naoto Tanaka, Vassilii I. Svetashev
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63 3079 - 3085 2013.08
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
日本海の深海海底から分離した極限環境由来の新規性の高い細菌について、16S rRNA 遺伝子塩基配列を約1,500塩基決定し、近縁種との相同性や進化系統関係を配列アライメントおよび近隣結合法、最尤法、最大節約法にて解析し新種である可能性を見いだした。そしてさらに生理生化学的性状や化学分類学的性状について調査した結果、分離株は Devosia属の新種であることが明らかとなり、Devosia submarinaと命名して提唱した。
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Draft Genome Sequences of Porphyromonas crevioricanis JCM 15906T and Porphyromonas cansulci JCM 13913T Isolated from Canine Oral Cavity. (犬虫歯菌Porphyromonas crevioricanis JCM 15906T と Porphyromonas cansulci JCM 13913Tのドラフトゲノム解析) Reviewed
Mitsuo Sakamoto, Naoto Tanaka, Yu Shiwa, Hirofumi Yoshikawa, Moriya Ohkuma
Genome Announc. 1 e00483-13 2013.07
Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
犬の虫歯菌として分離された2株Porphyromonas crevioricanis JCM 15906 and Porphyromonas cansulci JCM13913 は 16S rRNA 遺伝子や hsp60 遺伝子の配列はほぼ同じであり、分類学的に種の識別は難しい。そこでこれらのドラフトゲノム配列を決定し、比較解析下結果、ゲノムの構造において再編成が起きている傾向が認められ、これがこの2種の発生につながったのではないかと推定した。